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Pipeline used to tranfert gene annotation (GFF3) between different versions of assemblies.
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Site web de MIAT, avec wowchemy (hugo). Pour voir la version de dev: https://miat-com.pages.mia.inra.fr/miat_website
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Connecteur entre dataverse et jupyterhub
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Atelier développement d’une application interactive Shiny lors du hackathon inter-CATI omics 2020
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GraphstatsR est une application permettant le l'analyses de données de quantification métabolomiques prétraitées (MS, RMN). Elle permet la génération d'analyse descriptive (ACP), de représentations graphiques type boxplot avec tests statistiques associées, cela avec une interactivité permettant à l'utilisateur d'ajuster au mieux les analyses. Cette application peut traiter des données issues d'autres méthodes à condition de fournir des fichiers d'entrée au bon format. https://graphstatsr.sk8.inrae.fr
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Link to running app: https://matrixapp.sk8.inrae.fr
MATRiX is a shiny application dedicated to Mining and Analysis of Transcriptomics data using common biostatistic result files (statistical test result table, normalised data table and samples-groups information). This application helps biologists to perform data exploration with PCA, Venn diagrams, StripCharts, volcanoplots, and Heatmap clustering of genes lists (selecting statistical thresholds) and functional enrichment analyses using a connection to enrichr. https://matrixapp.sk8.inrae.fr
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SAMBA (R) est une interface pour analyser les résultats de sampling de réseaux métaboliques générés à partir de SAMBApy sous Python. Elle est composée d'une une partie comparaison (calcul de différence) et une partie visualisation graphique des résultats.
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