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metagWGS is a workflow dedicated to the analysis of metagenomic data. It allows assembly, taxonomic annotation, and functional annotation of predicted genes. Since release 2.3, binning step with the possibility of cross-alignment is included. It has been developed in collaboration with several CATI BIOS4biol agents. Funded by Antiselfish Project (Labex Ecofect), ExpoMicoPig project (France Futur elevage) and SeqOccIn project (CPER - Occitanie Toulouse / FEDER), ATB_Biofilm funded by PNREST Anses, France genomique (ANR-10-INBS-09-08) and Resalab Ouest.

nG6

Website

Site web de MIAT, avec wowchemy (hugo).

Pour voir vos modifications après un commit, la preview du site web est là : https://miat-com.pages.mia.inra.fr/miat_website

Assignez vos merges requests pour qu'elles soient passés sur le "vrai" site web, à votre correspondant d'équipe : @samuel.buchet, @gauthier.quesnel, @philippe.bordron ou @rtrepos

Ontologies

Ce dépôt donne à voir les résultats de l'expérimentation menée de façon transversale entre les pôles SENS, ASTRA, Num4Sci pour l'identification et la classification automatique des publications appartenant au domaine des Sciences et Recherches Participatives.

Cette expérimentation avait pour but de tester les bénéfices potentiels de l'utilisation de modèles de langues, LLM, pour l'automatisation de la catégorisation de publications scientifiques.

Dotplot large Genomes in an Interactive, Efficient and Simple way

panTEannot serially annotates transposable elements from multiple genomes using a common reference library. The annotation is a light version of TEannot from REPET package. These annotations can be used as input for the panREPET tool.

List of workflows (nextflow/snakemake) tested for Genotoul Cluster.