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Java library for metabolic networks

Site web de MIAT, avec wowchemy (hugo). Pour voir la version de dev: https://miat-com.pages.mia.inra.fr/miat_website

Pipeline used to tranfert gene annotation (GFF3) between different versions of assemblies.

Atelier développement d’une application interactive Shiny lors du hackathon inter-CATI omics 2020

Scripts related with database development in stacomi.

Bisulfite Sequencing Processing Software : Snakemake Pipeline

Application de reporting / datavisualisation qui a pour objectif de fournir une série d’indicateurs visuels et synthétiques représentatifs des volumes d’interventions sur les postes de secours ayant pris part au projet SWYM pour la collecte numérique de données via ODK.

https://smgbl-pcdep.sk8.inrae.fr

Connecteur entre dataverse et jupyterhub

Server : https://shiny.migale.inrae.fr/app/easy16S | Doc : https://easy16s.migale.inrae.fr/

planemo 4 SIWAA

Base docker image for Rare project

GraphstatsR est une application permettant le l'analyses de données de quantification métabolomiques prétraitées (MS, RMN). Elle permet la génération d'analyse descriptive (ACP), de représentations graphiques type boxplot avec tests statistiques associées, cela avec une interactivité permettant à l'utilisateur d'ajuster au mieux les analyses. Cette application peut traiter des données issues d'autres méthodes à condition de fournir des fichiers d'entrée au bon format. https://graphstatsr.sk8.inrae.fr

Link to running app: https://matrixapp.sk8.inrae.fr

MATRiX is a shiny application dedicated to Mining and Analysis of Transcriptomics data using common biostatistic result files (statistical test result table, normalised data table and samples-groups information). This application helps biologists to perform data exploration with PCA, Venn diagrams, StripCharts, volcanoplots, and Heatmap clustering of genes lists (selecting statistical thresholds) and functional enrichment analyses using a connection to enrichr. https://matrixapp.sk8.inrae.fr