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test dans le cadre de l'atelier Rshiny du cati baric

Lien vers l'application : https://baric-2024.sk8.inrae.fr

bedloadweb.sk8.inrae.fr

Benchmark second and third generation sequencing technologies on 3 synthetic microbial communities

Benchmark second and third generation sequencing technologies on 3 synthetic microbial communities

Ce projet est une implémentation Rshiny du modèle de culture BilHN. BilHN est un outil d’aide à la décision ayant été développé sur l’Unité Expérimentale d’Auzeville par Jean Marie NOLOT (UMR Agir, Toulouse). C’est un modèle de culture à pas de temps journalier qui permet, pour les principales espèces de grandes cultures et à l’échelle de la parcelle cultivée, d’établir un diagnostic des ressources en eau et en azote disponibles pour les plantes en fonction des conditions pédologique, climatiques et des interventions techniques. Intégrant les données climatiques et géographiques de la parcelle, les caractéristiques agronomiques et texturales du sol, ainsi que celles de la culture en place, il simule et fournit sous forme graphique l’évolution de l’indice d’interception lumineuse du couvert, son état hydrique et azoté, ainsi que le remplissage de la réserve utile et la quantité d’azote disponible dans le sol. Des paramètres permettent l’ajustement du modèle selon l’expertise des agents, sur la base d’observations et/ou de mesures réalisées au champ (qualité du semis, structuration du sol, teneur en eau dans le sol, reliquats azotés, etc.).

https://bilhn-app.sk8.inrae.fr

A utility R-package with consolidated tools and templates for staffs at PRC/BIOS

Bisulfite Sequencing Processing Software : Snakemake Pipeline

Bisulfite Sequencing Processing Software : Snakemake Pipeline