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Scripts related with database development in stacomi.

SHiNeMaS is a database with its web interface, dedicated to the management of the history of seed lots and related data like phenotyping, environment and cultural practices. SHiNeMaS is freely available under GNU Affero GPL Licence

Repository containing input and output datasets to perform tests on metaGWGS

Application de reporting / datavisualisation qui a pour objectif de fournir une série d’indicateurs visuels et synthétiques représentatifs des volumes d’interventions sur les postes de secours ayant pris part au projet SWYM pour la collecte numérique de données via ODK.

https://smgbl-pcdep.sk8.inrae.fr

SAMBA (R) est une interface pour analyser les résultats de sampling de réseaux métaboliques générés à partir de SAMBApy sous Python. Elle est composée d'une une partie comparaison (calcul de différence) et une partie visualisation graphique des résultats.

https://samba.sk8.inrae.fr/

Exploration interactive de scenario de simulation du modèle MF1.2-1ha du projet Atcha.

https://mf-12-1-ha.sk8.inrae.fr/ | https://shiny.sk8.inrae.fr/app/atcha-mf-12-1-ha | https://shiny.sk8.inrae.fr/app_direct/atcha-mf-12-1-ha

Technical presentation: Options for validating national risk maps using data from surveillance national programs. F Muñoz, R Lancelot (CIRAD). https://umr-astre.pages.mia.inra.fr/presentations/2022_eufmd-seen_risk-validation

Benchmark second and third generation sequencing technologies on 3 synthetic microbial communities

ExploreMetabar is a shiny application used to explore metabarcoding data (16S, ITS) with interactive plots, integrated statistical tests, and differential analysis.

https://explore-metabar.sk8.inrae.fr

Replication repository for the article "A comprehensive review and benchmark of differential analysis tools for Hi-C data"

L'application rflomics est un package R couplé à une interface shiny permettant la gestion, l'analyse et l'intégration statistique de plusieurs jeux et types de données -omics: RNAseq, proteomics et metabolomics (pour le moment).

Lien vers l'application : https://rflomics.sk8.inrae.fr