Paramètre intervalle de confiance peu clair
Dans la fonction nullModelDistributionStatistics du r4urep, la significativité de l’observé par rapport au null est calculé comme suit :
nullModelDistributionStatistics <- function(observedValue,
randomValues,
significanceThreshold = 0.05) {
meanRandom <- mean(randomValues)
sdRandom <- stats::sd(randomValues)
standardizedObserved <- (observedValue - meanRandom) / sdRandom
quant <- stats::quantile(x = randomValues,
probs = c(significanceThreshold / 2, 1 - significanceThreshold / 2))
return(list(standardizedObserved,
(quant[[1]] - meanRandom) / sdRandom,
(quant[[2]] - meanRandom) / sdRandom,
observedValue > quant[[2]] || observedValue < quant[[1]]))
Je me demande si l’intervalle de confiance calculé est 2,5% - 97,5% et non pas 5% - 95% comme on pourrait s’y attendre avec un significanceThreshold=0.05 pour moi (mais je me trompe peut etre) dans notre cas probs = c (0.025, 0.975).
(En gros j’ai calculé la signicativité en calculant à la mano mes SES et mes quantiles et en utilisant la fonction du r4urep et j’ai plus de choses qui ressortent significative à la mano)