keep only one hit with gmap (-n1)

bin/gmapRescue.sh

@@ -61,9 +61,9 @@ do
 	echo "3. run gmap on target and query"
 	if [ ! -s "$rootdir/gmap.target.gff3" ]
 	then 
-		gmap -d target -D $rootdir -f 2 $rootdir'/query.mrna.fasta' > $rootdir'/gmap.target.gff3' &
+		gmap -n 1 -d target -D $rootdir -f 2 $rootdir'/query.mrna.fasta' > $rootdir'/gmap.target.gff3' &
 		pid=$!
-		gmap -d query -D $rootdir -f 2 $rootdir'/query.mrna.fasta' > $rootdir'/gmap.query.gff3' &
+		gmap -n 1 -d query -D $rootdir -f 2 $rootdir'/query.mrna.fasta' > $rootdir'/gmap.query.gff3' &
 		pid2=$!
 		blastn -query $rootdir'/query.fasta' -subject $rootdir'/target.fasta' -outfmt 6 -out $rootdir'/blast_m8.tab' &
 		pid3=$!