Error in download.file(paste("ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/", : the 'internal' method for ftp:// URLs is defunct
Bonjour
Quand on lance
Uniprot<-ViSEAGO::Uniprot2GO()
myGENE2GO<-ViSEAGO::annotate("Uniprot_id",Uniprot);
On a l'erreur
Error in download.file(paste("ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/", :
the 'internal' method for ftp:// URLs is defunct
Le problème vient de la fonction download.file. En effet la méthode "internal" ne permet plus de télécharger les fichiers en FTP (source : https://developer.r-project.org/blosxom.cgi/R-devel/2021/05/26 ).
FIX : Il ne faut pas spécifier le paramètre method de download.file. Sa valeur par défaut va utiliser curl, qui contrairement à "internal" sait télécharger un fichier. De plus il y a plus de chances que les paramètres par défaut aient une valeur de méthode qui correspondent à ce qui sera maintenu dans le code futur, donc mieux vaut ne pas définir method pour download.file.
Pouvez vous mettre le code à jour?
Bonne journée!