Update Création fichier fq compatible FROGS

Création fichier fq compatible FROGS

@@ -10,6 +10,7 @@ for i in *.fasta.gz;
     done
 
 #pour 18S
+mkdir FROGS
 for i in *.fasta.gz;
     do a=$(basename $i .gz);
     zcat $i | awk '{if($0~">"){print $0}else{print "CGATAACGAACGAGACCT"$0"ANTACCGATGAATGGNT"}}' > FROGS/$a;
@@ -34,13 +35,3 @@ gzip *.fq
 for i in *fq.gz;do a=$(basename $i .fq.gz);echo $a;b=$(echo $a| sed 's/\./-/g');echo $b;mv $i $b\.fq.gz;done
 for i in *fq.gz;do a=$(basename $i .fq.gz);echo $a;b=$(echo $a| sed 's/Hpreprocess_//g');echo $b;mv $i $b\.fq.gz;done
 for i in *fq.gz;do a=$(basename $i .fq.gz);echo $a;b=$(echo $a| sed 's/JOUFFRAY-Drillaud_//g');echo $b;mv $i $b\.fq.gz;done
-
-
-Import dans galaxy des données
-création collection
-FastQC sur la collection
-MultiQC
-
-Version 3.2
-Problème de compatibilité fichier biom1 non reconnu par Cluster stat
-