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creation_fichier_fastq_pour_analyse_FROGS

+#création fichier fastq pour analyse FROGS
+#BIOCOM enlève les séquences des primers
+#besoin pour analyse FROGS
+#ajout des séquences
+mkdir FROGS
+#pour 16S
+for i in *.fasta.gz;
+    do a=$(basename $i .gz);
+    zcat $i | awk '{if($0~">"){print $0}else{print "CAGCMGCYGCNGTAANAC"$0"ACTYAAAKGAATTGRCGG"}}' > FROGS/$a;
+    done
+
+#pour 18S
+mkdir FROGS
+for i in *.fasta.gz;
+    do a=$(basename $i .gz);
+    zcat $i | awk '{if($0~">"){print $0}else{print "CGATAACGAACGAGACCT"$0"ANTACCGATGAATGGNT"}}' > FROGS/$a;
+    done
+
+
+
+cd FROGS
+for i in *.fasta;
+do echo $i;
+filename=$i;
+b=$(echo "${filename%.*}")
+perl /libNGS/fasta2fastq.pl $i > $b.fq;
+done
+
+gzip *.fq
+
+#Attention
+#pour le preprocessing frogs le nom est considéré avant le point.
+#ne pas mettre de point dans le nom de l'échantillon
+
+for i in *fq.gz;do a=$(basename $i .fq.gz);echo $a;b=$(echo $a| sed 's/\./-/g');echo $b;mv $i $b\.fq.gz;done
+for i in *fq.gz;do a=$(basename $i .fq.gz);echo $a;b=$(echo $a| sed 's/Hpreprocess_//g');echo $b;mv $i $b\.fq.gz;done
+for i in *fq.gz;do a=$(basename $i .fq.gz);echo $a;b=$(echo $a| sed 's/JOUFFRAY-Drillaud_//g');echo $b;mv $i $b\.fq.gz;done
+