azodyn_sunflo:image-azodynsunflo-1.1 disponible mais non opérationnelle pour galaxy/singularity azodyn & sunflo
l'image registry.forgemia.inra.fr/record/record/azodyn_sunflo:image-azodynsunflo-1.1 est dispo et sa génération fonctionne parfaitement.
Cependant la mise en conformité des tools 0f6fde80 a échoué ils ne sont plus opérationnels.
Pour aider à résoudre le pb...un Makefile comprenant des tests et des cas d'utilisation. les "cibles" :
- cleanUseCases
- usecaseAzodyn_2
- usecaseSunflo_2
- usecaseAzodyn_1
- usecaseSunflo_1
D'autres cibles sont dispo, ne pas hésiter à utiliser au maximum ce Makefile qui se trouve dans misc/galaxy_tools.
La seule contrainte pour les cas d'utilisation, il faut avoir singularity installé, et les paramètres de singularity ne sont pas modifiables.
Les cas d'utilisations et les tests passe avec la version précédente de l'image.
Bon après j'ai peut-être raté quelque-chose.
$ make cleanUseCases
rm -rf tmp
Insecure $ENV{ENV} while running with -t switch at /usr/share/safe-rm/bin/rm line 115.
Insecure $ENV{BASH_ENV} while running with -t switch at /usr/share/safe-rm/bin/rm line 115.
Insecure dependency in system while running with -t switch at /usr/share/safe-rm/bin/rm line 115.
$ make usecaseAzodyn_1
mkdir tmp \
&& cp -r azodyn/test-data/inputs/* tmp \
&& cd tmp \
&& unzip *.zip \
&& singularity exec docker://registry.forgemia.inra.fr/record/record/azodyn_sunflo:image-azodynsunflo-1.1 /bin/bash -c "Rscript \
--verbose /data/rAzodynSunflo.R \
AzodynPea.vpz \
AZODYN \
AzodynPea_input.csv \
AzodynPea_output.csv \
2";
Archive: AzodynPea_meteo.zip
inflating: meteo1.csv
inflating: meteo2.csv
/bin/bash: warning: setlocale: LC_ALL: cannot change locale (fr_FR.UTF-8)
running
'/usr/lib/R/bin/R --no-echo --no-restore --file=/data/rAzodynSunflo.R --args AzodynPea.vpz AZODYN AzodynPea_input.csv AzodynPea_output.csv 2'
/bin/bash: warning: setlocale: LC_ALL: cannot change locale (fr_FR.UTF-8)
During startup - Warning messages:
1: Setting LC_CTYPE failed, using "C"
2: Setting LC_COLLATE failed, using "C"
3: Setting LC_TIME failed, using "C"
4: Setting LC_MESSAGES failed, using "C"
5: Setting LC_MONETARY failed, using "C"
6: Setting LC_PAPER failed, using "C"
7: Setting LC_MEASUREMENT failed, using "C"
sysname
"Linux"
release
"5.4.0-124-generic"
version
"#140-Ubuntu SMP Thu Aug 4 02:23:37 UTC 2022"
nodename
"llosas"
machine
"x86_64"
login
"pchabrier"
user
"pchabrier"
effective_user
"pchabrier"
Loading required package: RUnit
[1] "getwd: /home/pchabrier/DEVS/RECORD/misc/galaxy_tools/tmp"
[1] "dir(getwd()): AzodynPea_input.csv" "dir(getwd()): AzodynPea_meteo.zip"
[3] "dir(getwd()): AzodynPea_output.csv" "dir(getwd()): meteo1.csv"
[5] "dir(getwd()): meteo2.csv"
*** caught illegal operation ***
address 0x7f06e6953ca8, cause 'illegal operand'
Traceback:
1: rvle.open(vpz_name, pkg_name)
An irrecoverable exception occurred. R is aborting now ...
Illegal instruction
make: *** [Makefile:67 : usecaseAzodyn_1] Erreur 132