Strange quantification value for tims tof data
J'ai observer des données quantitative tres etrange dans une manip de tims tof les aires retourner par masschroq sont tres faible (1,16) alors que le XIC est propre en visualisation par masschroq.
j'ai extrait les ligne ne question dans le fichier de sortie de masschroq avec la commande suivante
cat peptides_q1_All_samples.tsv| grep "ALLDDPVFRPLVEK" > verif_pepc220a1.tsv
les fichier d'origines sont disponible dans le repertoire /gorgone/pappso/moulon/users/Marlene/20221123_Balazadeh_41/masschroq/result_20221123_Balazadeh_41.d le masschroqml se trouve dans le repertoire /gorgone/pappso/moulon/users/Marlene/20221123_Balazadeh_41/masschroq
je joins une extraction du signal pour le peptide en question via i2masschroq avec d'autre msrun le msrun impacte est le /gorgone/pappso/moulon/raw/20221123_Balazadeh_41/11-26-2022_20221123_Balazadeh_41_BULK03_1_4129.d
les pic sont plutot joli et bien defini et ne devrai pas poser de probleme a l'extraction et les rt sont tres semblable pour l'ensemble des fichiers
Ce que je ne comprends pas c'est pourquoi on arrive a avoir une valeur si faible alors que le threshold est superieur.