Export du spectral count
Bonjour Olivier,
Comme énoncé la semaine derniere lors de notre réunion, j'ai une question concernant l export du spectral count. Lors d'une analyse pour un collaborateur, j'ai été obligé de travailler avec une base de données très redondante soit plusieurs protéines identiques dans un même sous groupe (protéines identiques avec un numéro d'accession different).
En regardant l'export SC je me suis aperçue que ces proteines du même sous groupe étaient présentes. cf chemin :
Carine/2023_TimsTof/20231117_73_Duchesne/xml_db_uniprot_867214entries > SC_73_Duchesnes.tsv
Ex : si je prends le sous groupe a2.a5, dans l'onglet proteins et dans l export SC nous avons 5 proteines identiques avec un numéro d'accession differents, par contre dans l'onglet compar spectra il n'y en a qu'une a2.a5. Je me demande si cela peut me poser problème pour la quantification. En déroulant le script de quanti, j'ai l'impression de perdre des proteines de sous groupes durant les premiers filtres en SC est ce normal? Qu en penses tu?