neutral loss of phosphorylated residue taken into account in CID fragmentation type

git-svn-id: https://subversion.renater.fr/xtandempipeline/trunk@176 b8ef2a07-7df7-436f-90b9-41648038564b

xtandempipeline/src/fr/inra/pappso/xtandempipeline/ui/results/Peptide_Details_item.java

@@ -31,6 +31,9 @@ import org.eclipse.swt.widgets.Widget;
 import fr.inra.moulon.proticport.model.Controller;
 import fr.inra.moulon.proticport.model.entities.Spectrum;
 import fr.inra.moulon.proticport.model.exceptions.ProticDataNotFoundException;
+import fr.inra.moulon.svgutils.svgspectrum.SvgAaMod;
+import fr.inra.moulon.svgutils.svgspectrum.SvgAaModPhospho;
+import fr.inra.moulon.svgutils.svgspectrum.SvgAminoAcid;
 import fr.inra.moulon.svgutils.svgspectrum.SvgPeptideSequence;
 import fr.inra.moulon.svgutils.svgspectrum.SvgSpectrumDocument;
 import fr.inra.pappso.xtandempipeline.XtandemPipelineSession;
@@ -360,8 +363,15 @@ public class Peptide_Details_item extends CTabItem {
 		SvgPeptideSequence mon_peptide = new SvgPeptideSequence(
 				pep.get_sequence());
 		for (Modifs mod : pep.get_Modifs()) {
-			mon_peptide.getAA(mod.get_posi()).addModification(
-					mod.get_modvalue());
+			if (mod.is_phopho_modifs()) {
+				SvgAaMod themod = new SvgAaModPhospho(); // phosphorylated
+															// residue
+				mon_peptide.getAA(mod.get_posi()).addModification(themod);
+			} else {
+				mon_peptide.getAA(mod.get_posi()).addModification(
+						mod.get_modvalue());
+			}
+
 		}
 		svgspectre.setSequence(mon_peptide);