moved microorganisms roots in a single file

microorganisms-roots/Prototheca

-/ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:33090/ncbi:3041/ncbi:2692248/ncbi:75966/ncbi:35460/ncbi:35461/ncbi:3110

microorganisms-roots/Retortamonadidae

-/ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:2611341/ncbi:207245/ncbi:193075

microorganisms-roots/Rhizaria

-/ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:2698737/ncbi:543769

microorganisms-roots/Stramenopiles

-/ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:2698737/ncbi:33634

microorganisms-roots/Viruses

-/ncbi:1/ncbi:10239

microorganisms-roots/_Crenarchaeota

-/ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2157/ncbi:1783275/ncbi:28889

microorganisms-roots/_Euryarchaeota

-/ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2157/ncbi:28890

microorganisms-roots/_Korarchaeota

-/ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2157/ncbi:1783275/ncbi:51967

microorganisms-roots/_Nanoarchaeota

-/ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2157/ncbi:1783276/ncbi:192989

microorganisms-roots/_Volvox

-/ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:33090/ncbi:3041/ncbi:2692248/ncbi:3166/ncbi:2812636/ncbi:3042/ncbi:3065/ncbi:3066

rewrite-taxonomy.snakefile

@@ -6,10 +6,10 @@ rule all:
         config['OUTDIR'] + '/finish.txt',
         config['OUTDIR'] + '/taxid_microorganisms.txt',
         config['OUTDIR'] + '/taxa+id_microorganisms.txt',
-        config['OUTDIR'] + '/taxa+id_microorganisms.trie',
+        # config['OUTDIR'] + '/taxa+id_microorganisms.trie',
         config['OUTDIR'] + '/taxid_full.txt',
         config['OUTDIR'] + '/taxa+id_full.txt',
-        config['OUTDIR'] + '/taxa+id_full.trie'
+        # config['OUTDIR'] + '/taxa+id_full.trie'
 
 
 rule check:
@@ -30,10 +30,10 @@ rule microorganisms:
 
     input:
         full=config['OUTDIR'] + '/{p}_full.txt',
-        roots='microorganisms-roots'
+        roots='microorganisms-roots.txt'
 
     shell:
-        '''./cut-root.py {input.roots}/* <{input.full} >{output}'''
+        '''./cut-root.py {input.roots} <{input.full} >{output}'''
 
 
 rule taxaid_full: