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Pretaitement_des_donnes_de_mapping.py

@@ -50,11 +50,11 @@ def recup_1_Pathways (input_fill, Dossier_sortie) :
     excel_file1.close()
 
 
-def recup_tout_les_pathways (Dossier, input_fill_name_without_num, output_fill, nombre_de_fichier):
+def recup_tout_les_pathways (Dossier, input_fill_name_without_num, output_fill, nombre_de_fichier,num_colonne_t_or_f=5):
 
     tout_les_pathways=[]
     for indice_fichier in range (1,nombre_de_fichier+1):
-        nom_fichier=Dossier+input_fill_name_without_num+str(indice_fichier)+".xlsx"
+        nom_fichier=Dossier+input_fill_name_without_num+str(indice_fichier)+").xlsx"
 
         fichier_en_cour_de_traitement= Workbook(nom_fichier) # chargement du fichier excel
         collection_entree = fichier_en_cour_de_traitement.getWorksheets()
@@ -64,10 +64,10 @@ def recup_tout_les_pathways (Dossier, input_fill_name_without_num, output_fill,
         Pathways_et_ces_metabolites.append(Nom_Pathway)
 
         feuille_Metabolites=collection_entree.get(3)
-        lignes = feuille_Metabolites.getCells().getMaxDataRow()
+        lignes = feuille_Metabolites.getCells().getMaxDataRow()+1 # la valeur s'arrete à l'avant derniére lignes si on ne met pas le +1
 
         for indice in range(lignes):
-            valeur = feuille_Metabolites.getCells().get(indice, 5).getValue()
+            valeur = feuille_Metabolites.getCells().get(indice, num_colonne_t_or_f).getValue() # mettre a jour le numéro de la colonne de présence dans le mapping (-1 car commence a 0)
             if (valeur=="true" and  feuille_Metabolites.getCells().get(indice, 0).getValue() not in Pathways_et_ces_metabolites ):
                 Pathways_et_ces_metabolites.append(feuille_Metabolites.getCells().get(indice, 0).getValue())
 
@@ -80,7 +80,7 @@ def recup_tout_les_pathways (Dossier, input_fill_name_without_num, output_fill,
     tout_les_pathways.to_excel(excel_sortie)
     excel_sortie.close()
 
-#recup_tout_les_pathways ("C:\\Users\\mumec\\Desktop\\fichier_en_cours_dutilisation\\", "ExportExcel_4311-", "C:\\Users\\mumec\\Desktop\\fichier_en_cours_dutilisation\\MetExplore_R22_L100_Pathways_avec_metabolites.xlsx", 59)
+#recup_tout_les_pathways ("C:\\Users\\mumec\\Desktop\\fichier_en_cours_dutilisation\\", "ExportExcel_4311-", "C:\\Users\\mumec\\Desktop\\fichier_en_cours_dutilisation\\MetExplore_R22_L100_Pathways_avec_metabolites.xlsx", 59,nombre_de_fichier,num_colonne_t_or_f=5)
 
 
 
@@ -188,4 +188,5 @@ def pretraitement_resultats_Ramp (Resultas_Ramp, output_file, pathways_IDs='oui'
   excel_file.close()
 
 
-pretraitement_resultats_Ramp ("C:\\Users\\mumec\\Desktop\\Mini_codes\\results_LTest_V0_ramp_pathways.csv", "C:\\Users\\mumec\\Desktop\\Mini_codes\\results_LTest_V0_ramp_pathways_listes.xlsx", pathways_IDs='oui')
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+
+#pretraitement_resultats_Ramp ("C:\\Users\\mumec\\Desktop\\Mini_codes\\results_LTest_V0_ramp_pathways.csv", "C:\\Users\\mumec\\Desktop\\Mini_codes\\results_LTest_V0_ramp_pathways_listes.xlsx", pathways_IDs='oui')
\ No newline at end of file