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CR/reunion-biostatinfo-2025-01-14.md

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+# Réunion BioStatInfo
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+*14 janvier 2025*
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+**personnes présentes : **Florence Jaffrezic, Andrea Rau, Arthur Leroy, Marie Courbariaux, Mathieu Charles, Odile Rogier, Denis Laloë
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+## Ordre du jour
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+- Mise en place du Mattermost et du Gitlab d'équipe
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+- Aperçu des projets en cours
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+## Groupe Gitlab GiBBS-BioStatInfo
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+Groupe gitlab privé BioStatInfo sur forgemia (gitlab institutionnel) : [https://forgemia.inra.fr/gibbs-biostatinfo](https://forgemia.inra.fr/gibbs-biostatinfo) ; lien d'invitation envoyé par Arthur
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+Un dossier Research-Projects avec :
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+    - un tableau Markdown décrivant les projets en cours (acronymes, participants, DOI associés, ...) ; 
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+    - un dossier Reproducibility pour le partage de codes et de données d'études déjà publiées
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+    - un dossier CR pour les compte-rendus de réunion
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+### Configuration initiale du Git
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+Pour faciliter l'utilisation, on conseille d'utiliser **Github Destop ~~Desktop~~**~~ ~~: [https://github.com/apps/desktop](https://github.com/apps/desktop) 
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+On peut y gérer tous les repos qui sont associés à ses comptes git (GitHub, gitlab, plmlab,...)
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+Pour y ajouter le gitlab BioStatInfo, il faut au préalable créer un **token** sur forgemia pour son ordinateur (un par ordinateur) ; suivre le tuto suivant : 
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+[https://github.com/desktop/desktop/blob/development/docs/integrations/gitlab.md](https://github.com/desktop/desktop/blob/development/docs/integrations/gitlab.md) 
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+Pour utiliser le gitlab en lignes de commandes** ou via RStudio** (sans GitHub Desktop), on peut, à la place, utiliser une clé ssh : 
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+   * [https://docs.gitlab.com/ee/user/ssh.html](https://docs.gitlab.com/ee/user/ssh.html)
+   * [https://docs.gitlab.com/ee/user/ssh.html#add-an-ssh-key-to-your-gitlab-account](https://docs.gitlab.com/ee/user/ssh.html#add-an-ssh-key-to-your-gitlab-account)
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+Mister GitHub, Roi du git : Denis ! 
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+Problème de switch entre les repos (nécessite la re-spécification du token après changement du repo de travail sur GitHub Desktop) 
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+### Utilisation de Git
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+Un super document qui explique bien l'utilisation de Git avec Rstudio: [https://happygitwithr.com/](https://happygitwithr.com/)
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+En ligne on voit le repo commun, visible par tous
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+On commence par en faire un clone en local sur notre ordinateur "**clone**"
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+Une fois des modifications faites localement, on peut en faire un "**commit**" avec un titre indiquant les modifications effectuées et les pousser sur le repo commun par un "**push**"
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+Pour le développement à plusieurs : une version prod (en l'état tel qu'utilisé normalement) = "**main**" et une version dev. Chacun fait une branche de la version dev sur laquelle chacun travaille syr des parties différentes. Une fois que chacun a effectué ses modifications, faire un "**merge**" des branches. Il y a alors en général quelques **conflits à résoudre** puis à "push"er. Attention à ne pas travailler en même temps exactement sur les mêmes choses. 
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+Avant de commencer à travailler, faire un "**pull**" pour partir de l'état actuel du commun
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+Faire des commit suffisamment réguliers 
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+### Tableau Markdown décrivant les projets en cours
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+LaTex Table peut être utilisé pour transformer un tableau csv en Markdown ([https://www.convertcsv.com/csv-to-markdown.htm)](https://www.convertcsv.com/csv-to-markdown.htm)). 
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+Colonne "expérimental design : nombre d'échantillons, appariés ou non, ...
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+## Point serveurs
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+MIGALE
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+GenoToul
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+dga20
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+ordonnanceurs différents (SGE vs Slurm)
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+gestion des environnements différente (pour l'installation d'un outil, on nous créée un environnement pour cet outil)
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+## Mattermost
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+Un channel par repo
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+## To Do 
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+Point formattage des données tidyverse, plotting ... @Arthur
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+Préparer un tuto pour la connexion aux clusters, ... à destination de la stagiaire de Michèle et Anaïs et mise à disposition sur le git @Mathieu
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+Préparer un tuto sur l'utilisation de GenoToul, MIGALE, ... @Mathieu
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+Enquêter sur le problème de switch entre les repos (nécessite la re-spécification du token après changement du repo de travail sur GitHub Desktop) @Arthur
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+Compléter la description des projets récents/en cours @all
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+Prochaine réunion biostatinfo: le 4 février 10h