Skip to content

add plotIndiv function

Julien Henry requested to merge plotind2 into master

Deux fichiers .R sont ajoutés. L'un contient la fonction à exporter plotIndiv, l'autre (mixPlot.R) contient des fonctions auxiliaires. Le code est essentiellement le même que celui de mixOmics, à quelques différences près :

  • un paramètre colour.var est ajouté à la fonction principale qui prend en entrée une variable numérique et permet de faire un dégradé de couleurs.
  • seuls les objets de la classe pca peuvent être passés en entrée.
  • la possibilité de tracer des ellipses est retirée.
  • le style du plot est nécessairement 'ggplot2'. Notamment, il n'est pas possible de faire un plot en 3D.

Pour tester, j'ai repris le code ici : http://mixkernel.clementine.wf/articles/mixKernelUsersGuide.html#exploratory-analysis-kernel-principal-component-analysis-kpca, en faisant varier certains paramètres (centroid = T/F, star = T/F, ind.names = T/F, avec ou sans pch) et en utilisant ou non colour.var.

Merge request reports