... | @@ -35,33 +35,34 @@ nextflow run -profile genotoul <metagwgs-src>/main.nf \ |
... | @@ -35,33 +35,34 @@ nextflow run -profile genotoul <metagwgs-src>/main.nf \ |
|
-c <bank>/hifi_data_workq.config
|
|
-c <bank>/hifi_data_workq.config
|
|
--skip_host_filter --skip_filtering \
|
|
--skip_host_filter --skip_filtering \
|
|
--kaiju_db_dir <bank>/kaijudb_refseq_2020-05-25 \
|
|
--kaiju_db_dir <bank>/kaijudb_refseq_2020-05-25 \
|
|
|
|
--taxdump '<bank>/new_taxdump' \
|
|
j'en suis là
|
|
--accession2taxid '<bank>/
|
|
--taxonomy_dir '<bank>/taxonomy_2021-08-23' \
|
|
--eggnog_mapper_db_dir '<bank>/db_eggnog_mapper' \
|
|
--eggnog_mapper_db_dir '<bank>/eggnog-mapper-2.0.4-rf1/data' \
|
|
--diamond_bank '<bank>/diamond_nr_subselected_db.dmnd' \
|
|
--diamond_bank '<bank>/refseq_bacteria_2021-05-20/refseq_bacteria.dmnd' \
|
|
--gtdbtk_bank $gtdbtk_dir \
|
|
|
|
--binning_cross_alignment "all" \
|
|
-with-report -with-timeline -with-trace -with-dag
|
|
-with-report -with-timeline -with-trace -with-dag
|
|
```
|
|
```
|
|
|
|
|
|
**Remplacez** `<metagwgs-src>` par le chemin de l’endroit où vous avez installé le workflow.
|
|
**Remplacez** `<metagwgs-src>` par le chemin de l’endroit où vous avez installé le workflow.
|
|
|
|
|
|
**Remplacer** `<datasets>` par le chemin vers vos inputs fastq récupérées en 3.2.
|
|
**Remplacer** `<datasets>` par le chemin vers votre input fastq récupérée en 3.2.
|
|
|
|
|
|
**Remplacer** `<bank>` par le répertoire suivant : `/home/formation/work/datasetsMetaGWGS/banques`
|
|
**Remplacer** `<bank>` par le répertoire suivant : `/home/formation/work/datasetsMetaGWGS/banques`
|
|
|
|
|
|
**Commande de lancement :**
|
|
**Commande de lancement :**
|
|
|
|
|
|
`sbatch -J functional_test --mem=6G launch.sh`
|
|
`sbatch launch.sh`
|
|
|
|
|
|
**Vous pouvez suivre l’avancée du workflow dans le fichier** `trace.txt`.
|
|
**Vous pouvez suivre l’avancée du workflow dans le fichier** `trace.txt`.
|
|
|
|
|
|
**Prendre un des process marqués COMPLETED et trouver les fichiers de sortie dans le répertoire work de travail du workflow. Le début du nom du dossier se trouve dans la deuxième colonne.**
|
|
**Prendre un des process marqués COMPLETED et trouver les fichiers de sortie dans le répertoire work de travail du workflow. Le début du nom du dossier se trouve dans la deuxième colonne.**
|
|
|
|
|
|
4. Si dans le fichier trace.txt ou trace.txt.n si vous avez des process FAILED et/ou ABORTED, il vous faut investiguer ce qu’il s’est passé.
|
|
4. Si dans le fichier trace.txt vous avez des process FAILED et/ou ABORTED, il vous faut investiguer ce qu’il s’est passé.
|
|
|
|
|
|
**Pour cela allez voir dans le répertoire work et faites afficher les fichiers cachés avec la commande** `ls –la`**.**
|
|
**Pour cela allez voir dans le répertoire work et faites afficher les fichiers cachés avec la commande** `ls –la`**.**
|
|
|
|
|
|
**Investiguez les fichiers** `.command.log`**,** `.command.err`**et** `.command.sh` **pour trouver l’erreur.** La corriger et relancer le workflow avec l’option **–resume** de nextflow (changer le launch.sh). Monitorez les jobs avec un` squeue –u nomdeFleur` et ce qui s’écrit dans le nouveau trace.txt.
|
|
**Investiguez les fichiers** `.command.log`**,** `.command.err`**et** `.command.sh` **pour trouver l’erreur.** La corriger et relancer le workflow avec l’option **-resume** de nextflow (changer le launch.sh). Monitorez les jobs avec un` squeue –u nomdeFleur` et ce qui s’écrit dans le nouveau trace.txt.
|
|
|
|
|
|
**Questions :**
|
|
**Questions :**
|
|
|
|
|
... | | ... | |