... | ... | @@ -52,7 +52,9 @@ nextflow run -profile genotoul <metagwgs-src>/main.nf \ |
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`sbatch launch.sh`
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**Vous pouvez suivre l’avancée du workflow dans le fichier** `trace.txt`.
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**Vous pouvez suivre l’avancée du workflow dans les fichiers `slurmXXXXX.out` et ** `trace.txt`.
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**N'oubliez pas l'utile commande `ls -ltr` pour trier les fichiers par date de modification pour connaître les derniers fichiers modifiés.
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**Prendre un des process marqués COMPLETED et trouver les fichiers de sortie dans le répertoire work de travail du workflow. Le début du nom du dossier se trouve dans la deuxième colonne.**
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... | ... | @@ -82,4 +84,6 @@ nextflow run -profile genotoul <metagwgs-src>/main.nf \ |
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- Qu'observez-vous dans les résultats du binning ? Combien de bins obtenez-vous ? Sont-ils de bonne qualité ? Comment mesure-t-on cette qualité ? Obtenez-vous des génomes que l'on peut considérer entiers ? Parmi ces génomes certains sont-ils complets (sans trous) ?
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9. Téléchargez et comparez les résultats du profil taxonomique (affiliation et abondance) des lectures : les kronas faits à partir des résultats de kaiju (dans l’étape 01_clean_qc/01_3_taxonomic_affiliation_reads), du profil taxonomique des contigs (dans l'étape 07_taxo_affi/plots, ne pas oublier de regarder les différents rangs taxonomique dans la page most_abundant_taxa.html) et du profil taxonomique des bins (visible dans la heatmap bins_abondance dans le multiQC et dans le fichier genomes_abundances dans l'étape 08_binning).
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- Qu’en pensez-vous ? que remarquez-vous ? Sont-ils cohérents ? Y-a-t-il des différences ? Si oui lesquelles ?
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10. La matrice d’abondance fonctionnelle est `06_3_functional_annotation/Quantifications_and_functional_annotations.tsv`. Elle a été produite après clusterisation des gènes annotés sur les contigs, puis annotation fonctionnelle par EggNog_mapper. Que signifie chacune des colonnes ? |
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\ No newline at end of file |
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10. La matrice d’abondance fonctionnelle est `06_3_functional_annotation/Quantifications_and_functional_annotations.tsv`. Elle a été produite après clusterisation des gènes annotés sur les contigs, puis annotation fonctionnelle par EggNog_mapper. Que signifie chacune des colonnes ?
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Note pour l'année prochaine : poser une question sur git et gitlab |
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\ No newline at end of file |