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8. Téléchargez et regardez attentivement le fichier `multiqc_report.html`.
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- Que pensez-vous de l'assemblages ? Pour cela commentez les résultats de Quast (Assembly statistics et number of contigs).
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- Qu'observez-vous dans les résultats du binning ? Combien de bins obtenez-vous ? Sont-ils de bonne qualité ? Comment mesure-t-on cette qualité ? Obtenez-vous des génomes que l'on peut considérer entiers ? Parmi ces génomes certains sont-ils complets (sans trous) ?
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-j'en suis là
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9. Téléchargez et regardez les kronas faits à partir des résultats de kaiju (dans l’étape clean_qc et taxonomic affiliation à partir des lectures)
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- Qu’en pensez-vous ? Mettez votre observation en parallèle avec la qualité de l’assemblage.
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10. La matrice d’abondance taxonomique faite à partir des résultats des diamond sur les ORF annotées sur les contigs est dans le répertoire `07_taxo_affi`. Regardez le fichier `quantification_by_contig_lineage_all.tsv`. Que contient-il ? Que signifie chacune des colonnes ?
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11. La matrice d’abondance fonctionnelle est `06_3_functional_annotation/Quantifications_and_functional_annotations.tsv`. Elle a été produite après clusterisation des gènes annotés sur les contigs, puis annotation fonctionnelle par EggNog_mapper. Que signifie chacune des colonnes ? |
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9. Téléchargez et comparez les résultats du profil taxonomique (affiliation et abondance) des lectures : les kronas faits à partir des résultats de kaiju (dans l’étape 01_clean_qc/01_3_taxonomic_affiliation_reads), du profil taxonomique des contigs (dans l'étape 07_taxo_affi/plots, ne pas oublier de regarder les différents rangs taxonomique dans la page most_abundant_taxa.html) et du profil taxonomique des bins (visible dans la heatmap bins_abondance dans le multiQC et dans le fichier genomes_abundances dans l'étape 08_binning).
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- Qu’en pensez-vous ? que remarquez-vous ? Sont-ils cohérents ? Y-a-t-il des différences ? Si oui lesquelles ?
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10. La matrice d’abondance fonctionnelle est `06_3_functional_annotation/Quantifications_and_functional_annotations.tsv`. Elle a été produite après clusterisation des gènes annotés sur les contigs, puis annotation fonctionnelle par EggNog_mapper. Que signifie chacune des colonnes ? |
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