... | @@ -20,16 +20,23 @@ Aujourd’hui nous allons lancer un workflow NextFlow de métagénomique sur des |
... | @@ -20,16 +20,23 @@ Aujourd’hui nous allons lancer un workflow NextFlow de métagénomique sur des |
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```shell
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```shell
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#!/bin/bash
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#!/bin/bash
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#SBATCH -p workq
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#SBATCH --mem=3G
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#SBATCH -J metagwgs
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#SBATCH --output=slurm-%x.%j.out
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module load bioinfo/Nextflow-v21.04.1
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module load bioinfo/Nextflow-v21.04.1
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module load system/singularity-3.7.3
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module load system/singularity-3.7.3
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nextflow run -profile test_genotoul_workq <metagwgs-src>/main.nf \
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--step '01_clean_qc,02_assembly,03_filtering,04_structural_annot,05_alignment,06_func_annot,07_taxo_affi' \
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nextflow run -profile genotoul <metagwgs-src>/main.nf \
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--reads '<datasets>/input/*_{R1,R2}.fastq.gz' \
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--type 'HIFI' \
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--host_fasta '<datasets>/input/host/genome.hg38.chr21_10000bp_region.fa' \
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--input "samplesheet.csv" \
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--host_bwa_index '<datasets>/input/host/genome.hg38.chr21_10000bp_region.fa.{amb,ann,bwt,pac,sa}' --min_contigs_cpm 1 \
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-c <bank>/hifi_data_workq.config
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--kaiju_db_dir '<bank>/kaijudb_refseq_2020-05-25' \
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--skip_host_filter --skip_filtering \
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--kaiju_db_dir <bank>/kaijudb_refseq_2020-05-25 \
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j'en suis là
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--taxonomy_dir '<bank>/taxonomy_2021-08-23' \
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--taxonomy_dir '<bank>/taxonomy_2021-08-23' \
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--eggnog_mapper_db_dir '<bank>/eggnog-mapper-2.0.4-rf1/data' \
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--eggnog_mapper_db_dir '<bank>/eggnog-mapper-2.0.4-rf1/data' \
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--diamond_bank '<bank>/refseq_bacteria_2021-05-20/refseq_bacteria.dmnd' \
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--diamond_bank '<bank>/refseq_bacteria_2021-05-20/refseq_bacteria.dmnd' \
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... | @@ -40,7 +47,7 @@ nextflow run -profile test_genotoul_workq <metagwgs-src>/main.nf \ |
... | @@ -40,7 +47,7 @@ nextflow run -profile test_genotoul_workq <metagwgs-src>/main.nf \ |
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**Remplacer** `<datasets>` par le chemin vers vos inputs fastq récupérées en 3.2.
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**Remplacer** `<datasets>` par le chemin vers vos inputs fastq récupérées en 3.2.
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**Remplacer** `<bank>` par le répertoire suivant : `/home/formation/work/datasetsMetaGWGS/FT_banks_2021-10-19`
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**Remplacer** `<bank>` par le répertoire suivant : `/home/formation/work/datasetsMetaGWGS/banques`
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**Commande de lancement :**
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**Commande de lancement :**
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