... | ... | @@ -15,6 +15,8 @@ Aujourd’hui nous allons lancer un workflow NextFlow de métagénomique sur des |
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Il y a un fichier fastq HiFi Pacbio à analyser. Ce jeu de données est un jeu de test réduit permettant de manipuler le workflow dans des temps d’exécution et avec un besoin en ressources raisonnable. **Vous utiliserez les banques fournies ici :** `/home/formation/work/datasetsMetaGWGS/banques` **mais vous ne les copierez pas** (même si ce sont des banques de taille réduite elles prennent tout de même de la place, ne les dupliquez pas).
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- **Suivez la documentation d’usage du workflow** : [docs/usage.md · master · genotoul-bioinfo / metagWGS · GitLab (inra.fr)](https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/metagwgs/-/blob/master/docs/usage.md) **sauf vous n'avez pas besoin de tenir compte de la doc sur les tests fonctionnels**. Vous lancerez tout le workflow hormis le filtre des lectures contaminantes de l'hôte et le filtre de l'assemblage. **Commencez par écrire la samplesheet. Et ne retéléchargez pas les banques !**
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Nos avons un problème temporaire avec les images singularity disponibles sur la forge, remplacez vos fichiers .sif dans metagwgs/env par ceux-ci : /work/project/plateforme/metaG/functional_test/singularity_img/v2.3.1/*.sif
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Ecrivez un script `launch.sh` tel que celui-ci :
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```shell
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