... | ... | @@ -79,8 +79,8 @@ nextflow run -profile test_genotoul_workq <metagwgs-src>/main.nf \ |
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6.5. Auriez-vous des idées pour les optimiser ?
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7. Téléchargez et regardez attentivement le fichier `multiqc_report.html`.
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1. Que pensez-vous des assemblages ? Pour cela commentez les résultats de Quast.
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- Que pensez-vous des assemblages ? Pour cela commentez les résultats de Quast.
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8. Téléchargez et regardez les kronas faits à partir des résultats de kaiju (dans l’étape clean_qc et taxonomic affiliation à partir des lectures)
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1. Qu’en pensez-vous ? Mettez votre observation en parallèle avec la qualité de l’assemblage.
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- Qu’en pensez-vous ? Mettez votre observation en parallèle avec la qualité de l’assemblage.
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9. La matrice d’abondance taxonomique faite à partir des résultats des diamond sur les ORF annotées sur les contigs est dans le répertoire `07_taxo_affi`. Regardez le fichier `quantification_by_contig_lineage_all.tsv`. Que contient-il ? Que signifie chacune des colonnes ?
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10. La matrice d’abondance fonctionnelle est `06_3_functional_annotation/Quantifications_and_functional_annotations.tsv`. Elle a été produite après clusterisation des gènes annotés sur les contigs, puis annotation fonctionnelle par EggNog_mapper. Que signifie chacune des colonnes ? |
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