... | ... | @@ -13,7 +13,7 @@ Aujourd’hui nous allons lancer un workflow NextFlow de métagénomique sur des |
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- **Vous trouverez dans ** `/home/formation/work/datasetsMetaGWGS/input`, le fichier d’entrée à analyser.
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Il y a un fichier fastq HiFi Pacbio à analyser. Ce jeu de données est un jeu de test réduit permettant de manipuler le workflow dans des temps d’exécution et avec un besoin en ressources raisonnable. **Vous utiliserez les banques fournies ici :** `/home/formation/work/datasetsMetaGWGS/banques` **mais vous ne les copierez pas** (même si ce sont des banques de taille réduites elles prennent tout de même de la place, ne les dupliquez pas).
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- **Suivez la documentation d’usage du workflow** : [docs/usage.md · master · genotoul-bioinfo / metagWGS · GitLab (inra.fr)](https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/metagwgs/-/blob/master/docs/usage.md) **sauf que vous utiliserez la branche master** que vous avez installée précédemment, et que vous n'avez pas besoin de tenir compte de la doc sur les tests fonctionnels. Vous lancerez tout le workflow hormis le filtre des lectures contaminantes de l'hôte et le filtre de l'assemblage. Commencez par écrire la samplesheet.
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- **Suivez la documentation d’usage du workflow** : [docs/usage.md · master · genotoul-bioinfo / metagWGS · GitLab (inra.fr)](https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/metagwgs/-/blob/master/docs/usage.md) **sauf vous n'avez pas besoin de tenir compte de la doc sur les tests fonctionnels**. Vous lancerez tout le workflow hormis le filtre des lectures contaminantes de l'hôte et le filtre de l'assemblage. **Commencez par écrire la samplesheet.**
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Ecrivez un script `launch.sh` tel que celui-ci :
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