... | ... | @@ -80,7 +80,9 @@ nextflow run -profile genotoul <metagwgs-src>/main.nf \ |
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- Quelles sont les étapes les plus utilisatrices d’I/O ?
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- Auriez-vous des idées pour les optimiser ? Lesquelles ?
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8. Téléchargez et regardez attentivement le fichier `multiqc_report.html`.
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- Que pensez-vous des assemblages ? Pour cela commentez les résultats de Quast.
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- Que pensez-vous de l'assemblages ? Pour cela commentez les résultats de Quast (Assembly statistics et number of contigs).
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- Qu'observez-vous dans les résultats du binning ? Combien de bins obtenez-vous ? Sont-ils de bonne qualité ? Comment mesure-t-on cette qualité ? Obtenez-vous des génomes que l'on peut considérer entiers ? Parmi ces génomes certains sont-ils complets (sans trous) ?
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-j'en suis là
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9. Téléchargez et regardez les kronas faits à partir des résultats de kaiju (dans l’étape clean_qc et taxonomic affiliation à partir des lectures)
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- Qu’en pensez-vous ? Mettez votre observation en parallèle avec la qualité de l’assemblage.
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10. La matrice d’abondance taxonomique faite à partir des résultats des diamond sur les ORF annotées sur les contigs est dans le répertoire `07_taxo_affi`. Regardez le fichier `quantification_by_contig_lineage_all.tsv`. Que contient-il ? Que signifie chacune des colonnes ?
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