... | ... | @@ -63,16 +63,15 @@ nextflow run -profile test_genotoul_workq <metagwgs-src>/main.nf \ |
|
|
3. Que signifient les options NextFlow suivantes, à quoi servent-elles ? `-profile, -with-report, -with-timeline, -with-trace, -with-dag, -resume` ?
|
|
|
4. Explicitez en quoi consistent les étapes 1 à 7 du workflow en un résumé d’une page maximum en tout.
|
|
|
5. Qu’y a-t-il dans les répertoires avec des noms bizarres (ceux dont le début est dans le fichier trace.txt) dans le dossier work ? Qu’y a-t-il dans le dossier results ?
|
|
|
6. Que fait l’option –resume de NextFlow ?
|
|
|
7. Lorsque le workflow a terminé, allez voir le fichier report.html. Téléchargez le en local pour l’ouvrir.
|
|
|
6. Lorsque le workflow a terminé, allez voir le fichier report.html. Téléchargez le en local pour l’ouvrir.
|
|
|
1. Que montre-t-il ?
|
|
|
2. Quelles sont les étapes les plus longues ?
|
|
|
3. Quelles sont les étapes les plus gourmandes en mémoire ?
|
|
|
4. Quelles sont les étapes les plus utilisatrices d’I/O ?
|
|
|
5. Auriez-vous des idées pour les optimiser ?
|
|
|
8. Téléchargez et regardez attentivement le fichier `multiqc_report.html`.
|
|
|
7. Téléchargez et regardez attentivement le fichier `multiqc_report.html`.
|
|
|
1. Que pensez-vous des assemblages ? Pour cela commentez les résultats de Quast.
|
|
|
9. Téléchargez et regardez les kronas faits à partir des résultats de kaiju (dans l’étape clean_qc et taxonomic affiliation à partir des lectures)
|
|
|
8. Téléchargez et regardez les kronas faits à partir des résultats de kaiju (dans l’étape clean_qc et taxonomic affiliation à partir des lectures)
|
|
|
1. Qu’en pensez-vous ? Mettez votre observation en parallèle avec la qualité de l’assemblage.
|
|
|
10. La matrice d’abondance taxonomique faite à partir des résultats des diamond sur les ORF annotées sur les contigs est dans le répertoire `07_taxo_affi`. Regardez le fichier `quantification_by_contig_lineage_all.tsv`. Que contient-il ? Que signifie chacune des colonnes ?
|
|
|
11. La matrice d’abondance fonctionnelle est `06_3_functional_annotation/Quantifications_and_functional_annotations.tsv`. Elle a été produite après clusterisation des gènes annotés sur les contigs, puis annotation fonctionnelle par EggNog_mapper. Que signifie chacune des colonnes ? |
|
|
\ No newline at end of file |
|
|
9. La matrice d’abondance taxonomique faite à partir des résultats des diamond sur les ORF annotées sur les contigs est dans le répertoire `07_taxo_affi`. Regardez le fichier `quantification_by_contig_lineage_all.tsv`. Que contient-il ? Que signifie chacune des colonnes ?
|
|
|
10. La matrice d’abondance fonctionnelle est `06_3_functional_annotation/Quantifications_and_functional_annotations.tsv`. Elle a été produite après clusterisation des gènes annotés sur les contigs, puis annotation fonctionnelle par EggNog_mapper. Que signifie chacune des colonnes ? |
|
|
\ No newline at end of file |