... | ... | @@ -13,7 +13,7 @@ Aujourd’hui nous allons lancer un workflow NextFlow de métagénomique sur des |
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2. **Récupérer le contenu de** `/home/formation/public_html/M2_bioinfo/TPMetaG_WF/input`, il s’agit des fichiers d’entrée à analyser.
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Il y a des fastq qui sont les lectures pairées (R1 et R2) à analyser. L’échantillon 2 a été dupliqué, considérez-le comme un troisième échantillon. Dans le répertoire host, vous trouverez un génome de l’hôte réduit indexé pour bwa-mem. Il s’agit en fait du chromosome 21 humain. Ce jeu de données est un jeu de test réduit permettant de manipuler le workflow dans des temps d’exécution et avec un besoin en ressources raisonnable. **Vous utiliserez les banques fournies ici :** `/home/formation/work/datasetsMetaGWGS/FT_banks_2021-10-19` **mais vous ne les copierez pas** (même si ce sont des banques de taille réduites elles prennent tout de même de la place, ne les dupliquez pas).
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3. **Suivez la documentation d’usage du workflow** : [docs/usage.md · master · genotoul-bioinfo / metagWGS · GitLab (inra.fr)](https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/metagwgs/-/blob/master/docs/usage.md) **sauf que vous utiliserez la branche master** que vous avez installée précédemment et que vous lancerez tout le workflow hormis le binning (étape 8).
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3. **Suivez la documentation d’usage du workflow** : [docs/usage.md · master · genotoul-bioinfo / metagWGS · GitLab (inra.fr)](https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/metagwgs/-/blob/master/docs/usage.md) **sauf que vous utiliserez la branche master** que vous avez installée précédemment, et que vous n'avez pas besoin de tenir compte de la doc sur les tests fonctionnels (nous faisons comme-ci vous travaillez sur un vrai projet). Vous lancerez tout le workflow hormis le binning (étape 8).
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Ecrivez un script `launch.sh` tel que celui-ci :
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... | ... | @@ -26,7 +26,7 @@ module load system/singularity-3.7.3 |
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nextflow run -profile test_genotoul_workq <metagwgs-src>/main.nf \
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--step '01_clean_qc,02_assembly,03_filtering,04_structural_annot,05_alignment,06_func_annot,07_taxo_affi' \
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--reads '<datasets>/input/\*_{R1,R2}.fastq.gz' \
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--reads '<datasets>/input/*_{R1,R2}.fastq.gz' \
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--host_fasta '<datasets>/input/host/genome.hg38.chr21_10000bp_region.fa' \
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--host_bwa_index '<datasets>/input/host/genome.hg38.chr21_10000bp_region.fa.{amb,ann,bwt,pac,sa}' --min_contigs_cpm 1 \
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--kaiju_db_dir '<bank>/kaijudb_refseq_2020-05-25' \
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... | ... | @@ -61,7 +61,7 @@ nextflow run -profile test_genotoul_workq <metagwgs-src>/main.nf \ |
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1. Qu’est-ce que la répétabilité d’une analyse ? La reproductibilité d’une analyse ?
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2. En quoi NextFlow et Singularity peuvent aider à améliorer répétabilité et reproductibilité ?
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3. Que signifie les options nextFlow suivantes, à quoi servent-elles ?` -profile, -with-report, -with-timeline, -with-trace, -with-dag, -resume` ?
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4. Explicitez-en quoi consiste les étapes 1 à 7 du workflow en un résumé d’une page maximum.
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4. Explicitez-en quoi consiste les étapes 1 à 7 du workflow en un résumé d’une page maximum en tout.
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5. Qu’y a-t-il dans les répertoires avec des noms bizarres (ceux dont le début est dans le fichier trace.txt) dans le dossier work ? Qu’y a-t-il dans le dossier results ?
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6. Que fait l’option –resume de nextFlow ?
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7. Lorsque le workflow a terminé, allez voir le fichier report.html. Téléchargez le en local pour l’ouvrir.
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