... | ... | @@ -71,17 +71,17 @@ nextflow run -profile genotoul <metagwgs-src>/main.nf \ |
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2. En quoi NextFlow et Singularity peuvent aider à améliorer répétabilité et reproductibilité ?
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3. Que signifient les options NextFlow suivantes, à quoi servent-elles ? `-profile, -with-report, -with-timeline, -with-trace, -with-dag, -resume` ?
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4. A quoi sert le fichier de config : hifi_data_workq.config ?
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4. Explicitez en quoi consistent les étapes 1 à 7 du workflow en un résumé d’une page maximum en tout.
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5. Qu’y a-t-il dans les répertoires avec des noms bizarres (ceux dont le début est dans le fichier trace.txt) dans le dossier work ? Qu’y a-t-il dans le dossier results ?
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6. Lorsque le workflow a terminé, allez voir le fichier report.html. Téléchargez le en local pour l’ouvrir.
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5. Explicitez en quoi consistent les étapes 1 à 8 du workflow en un résumé d’une page maximum en tout.
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6. Qu’y a-t-il dans les répertoires avec des noms bizarres (ceux dont le début est dans le fichier trace.txt) dans le dossier work ? Qu’y a-t-il dans le dossier results ?
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7. Lorsque le workflow est terminé, allez voir le fichier report.html. Téléchargez le en local pour l’ouvrir.
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- Que montre-t-il ?
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- Quelles sont les étapes les plus longues ?
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- Quelles sont les étapes les plus gourmandes en mémoire ?
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- Quelles sont les étapes les plus utilisatrices d’I/O ?
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- Auriez-vous des idées pour les optimiser ? Lesquelles ?
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7. Téléchargez et regardez attentivement le fichier `multiqc_report.html`.
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8. Téléchargez et regardez attentivement le fichier `multiqc_report.html`.
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- Que pensez-vous des assemblages ? Pour cela commentez les résultats de Quast.
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8. Téléchargez et regardez les kronas faits à partir des résultats de kaiju (dans l’étape clean_qc et taxonomic affiliation à partir des lectures)
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9. Téléchargez et regardez les kronas faits à partir des résultats de kaiju (dans l’étape clean_qc et taxonomic affiliation à partir des lectures)
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- Qu’en pensez-vous ? Mettez votre observation en parallèle avec la qualité de l’assemblage.
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9. La matrice d’abondance taxonomique faite à partir des résultats des diamond sur les ORF annotées sur les contigs est dans le répertoire `07_taxo_affi`. Regardez le fichier `quantification_by_contig_lineage_all.tsv`. Que contient-il ? Que signifie chacune des colonnes ?
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10. La matrice d’abondance fonctionnelle est `06_3_functional_annotation/Quantifications_and_functional_annotations.tsv`. Elle a été produite après clusterisation des gènes annotés sur les contigs, puis annotation fonctionnelle par EggNog_mapper. Que signifie chacune des colonnes ? |
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10. La matrice d’abondance taxonomique faite à partir des résultats des diamond sur les ORF annotées sur les contigs est dans le répertoire `07_taxo_affi`. Regardez le fichier `quantification_by_contig_lineage_all.tsv`. Que contient-il ? Que signifie chacune des colonnes ?
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11. La matrice d’abondance fonctionnelle est `06_3_functional_annotation/Quantifications_and_functional_annotations.tsv`. Elle a été produite après clusterisation des gènes annotés sur les contigs, puis annotation fonctionnelle par EggNog_mapper. Que signifie chacune des colonnes ? |
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