... | ... | @@ -15,9 +15,7 @@ Aujourd’hui nous allons lancer un workflow nextflow de métagénomique sur des |
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Il y a des fastq qui sont les lectures pairées (R1 et R2) à analyser. L’échantillon 2 a été dupliqué, considérez-le comme un troisième échantillon. Dans le répertoire host, vous trouverez un génome de l’hôte réduit indexé pour bwa mem. Il s’agit en fait du chromosome 21 humain. Ce jeu de données est un jeu de test réduit permettant de manipuler le workflow dans des temps d’exécution et avec un besoin en ressources raisonnable. **Vous utiliserez les banques fournies ici :**` /home/formation/work/datasetsMetaGWGS/FT_banks_2021-10-19` **mais vous ne les copierez pas** (même si ce sont des banques de taille réduites elles prennent tout de même de la place, ne les dupliquez pas).
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3. **Suivez la documentation d’usage du workflow** : [docs/usage.md · dev · genotoul-bioinfo / metagWGS · GitLab (inra.fr)](https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/metagwgs/-/blob/dev/docs/usage.md) **sauf que vous utiliserez la branche master** que vous avez installée précédemment et que vous lancerez tout le workflow hormis le binning (étape 8).
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Ecrivez un script tel que celui-ci :
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more launch.sh
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Ecrivez un script `launch.sh` tel que celui-ci :
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```shell
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... | ... | @@ -52,7 +50,7 @@ nextflow run -profile test_genotoul_workq <metagwgs-src>/main.nf \ |
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**Prendre un des process marqué COMPLETED et trouver les fichiers de sortie dans le répertoire work de travail du workflow. Le début du nom du dossier se trouve dans la deuxième colonne.**
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4. Si dans le fichier trace.txt ou trace.txt.n vous avez des process FAILED et/ou ABORTED, il vous faut investiguer ce qu’il s’est passé.
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4. Si dans le fichier trace.txt ou trace.txt.n si vous avez des process FAILED et/ou ABORTED, il vous faut investiguer ce qu’il s’est passé.
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**Pour cela allez voir dans le répertoire work et faites affiché les fichiers cachés par la commande ls –la.**
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