... | ... | @@ -119,9 +119,9 @@ Nous utilisons le script home-made suivant pour renommer les gènes et les conti |
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Pour le lancer et renommer le fichier .faa :
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sed -e 's/>.*_/>Sample/' PROKKA_Sample/Sample.fna > Sample_renamed.fna
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grep "^gnl" PROKKA_Sample/Sample.gff > Sample_only_gnl.gff
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Script_renameVcn.py -f Sample_only_gnl.gff -faa PROKKA_Sample/Sample.faa -ffn PROKKA_Sample/Sample.ffn -p Sample -oGFF Sample_renamed.gff -oFAA Sample_renamed.faa -oFFN Sample_renamed.ffn
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sed -f contig_table.csv.sed PROKKA_Sample/Sample.fna > Sample_renamed.fna
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## 4/ CD-HIT individuels
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