Reduce number of alignment reads vs contigs
Alignement entre reads et contigs a l'etape 02_assembly pour faire la deduplication (uniquement pour le SR) et le filtrage (donc pour le hifi est ce que c'est util de le mettre quand l'etape de filtre n'est pas faite). Autre alignement fait a l'etape 05_alignment, fait apres prokka pour avoir les contigs filtrés (par l'etape de filtre et prokka) et renommés par prokka, necessaire pour faire le feature counts et l'affi taxo