Update pour la session 2023 - partie Nextflow
Session 2022 :
- version 3 de nfcore/sarek laissée de coté car pas de possibilité de générer un gVCF par échantillon. Voir si option dispo pour la prochaine session.
- partie Nextflow abordée aux alentours de 15h du jour 2. Le temps consacré au TP est assez court et les participants peu réactifs. Envisager de supprimer du TP la partie plantage volontaire avec l'utilisation du fichier de variants connus non compressé. Peut-être conserver cet exemple de plantage pour une explication en live de comment rechercher le répertoire et la commande à l'origine de l'incident sans manipulation par les participants.
Reminder - les pages web accessibles par https://bios4biol.pages.mia.inra.fr/training-aln-variant-calling sont mises à jour après commit des fichiers EXERCICEX.md grâce au bouton Paramètres -> Pages -> Enregistrer les modifications