V4 - Phase 5 (déploiement)
Milestone ID: 634
Statut du projet : Actif
1. Contexte scientifique
Le projet ASTERICS (A Tool for the ExploRation and Integration of omiCS data) financé par la Région Occitanie, fédère les plateformes bioinformatique http://bioinfo.genotoul.fr/ et biostatistique https://perso.math.univ-toulouse.fr/biostat/ de Genotoul et a pour objectif de développer une solution logicielle d’analyse statistique et d’intégration interactive des données « omiques » permettant aux biologistes d’explorer et de combiner les données de leurs projets de manière intuitive et guidée.
2. Description de la demande
Le développement de l’outil est basé sur le déploiement d’une interface web qui interagira avec des scripts R (développés par les ingénieur⋅e⋅s en statistique impliqué⋅e⋅s dans le projet) via Python (server Flask). R est utilisé pour mettre en œuvre les analyses, avec Rserve. L'interface est développée par les ingénieur⋅e⋅s en bioinformatique impliqué.e.s dans le dossier. En outre, une graphiste web pilote l'amélioration de l'ergonomie de l'outil et est en charge de la mise en place d'images pour l'aide à la navigation et à l'interprétation (documentation).
3. Organisation
3.1 Planning
Phase 1a : 15/09/20-14/01/21 : Mise en place de l'architecture technique, et faire la preuve de concept avec les technologies choisie. Définition fine du cahier des charges. [Phase 1a - terminée]
Phase 1b : 15/09/20-14/01/21 : Préparation des données test. [Phase 1b - terminée]
Phase 2a : 14/12/20-15/01/22 : Conception de l'interface (ergonomie et navigation). [Phase 2a - terminée]
Phase 2b : 14/12/20-15/01/22 : Définition des workflows. [Phase 2b - terminée]
Phase 3 : 14/03/21-31/07/22 : Implémentation. [Phase 3 - terminée]
Phase 4 : 14/01/22-14/03/23 : Tests complets. [débutés]
Phase 5 : 01/07/22-14/09/22 : Mise en production. [Phase 5 - terminée le 30/09/2022]
3.2 Personnes
Responsable scientifique : Nathalie Vialaneix
Implémentation :
- Informatique / web : Jérôme Mariette, Céline Noirot, Nathan Goron (CDD 01/01/21-31/12/21), Arielle Krebs (CDD graphiste web 01/12/2021-31/05/2022) (soutien d'Hyphen Stat)
- Statistique : Yaa Adu Kesawah (CDD 01/01/21-30/12/21), Nathalie Vialaneix, Élise Maigné, Fanny Mathevet (CDD 10/09/21-31/12/21), Julien Henry (CDD 01/11/21-31/12/22)
Ergonomie / aide utilisateur
- Statistique (cas d'études) : Sébastien Déjean, Valentine Rossi
- Statistique (aide utilisateur) : Nathalie Vialaneix, Camille Guilmineau, Sébastien Déjean
- Graphisme : Arielle Krebs
Intervenant/Testeur :
Hyphen Stat, Christine Gaspin, Laurence Liaubet
Tests de l'interface, des fonctionnalités et revue de code : Tous
Revue de code et beta tests en cours et fin de projet : Nathalie Vialaneix, Christine Gaspin, Laurence Liaubet
3.3 Ressources matérielles
Trois machines virtuelles (dev, pré-prod et prod) sont nécessaires et seront fournies par la plateforme Bioinfo (les trois en fonctionnement au moment de cette revue de projet : dev et prod ont été changées au mois de juin 2022 et pré-prod a été déployée à cette date).
3.4 Ressources financières
Projet ASTERICS financé par la Région Occitanie.
4. Critères de validation
Validation :
- du code R par mise en place de tests unitaires systématiques, validés au moment de la fusion dans
dev
(réalisés sur les données "TCGA") - par des tests utilisateurs, hors développeurs, de l'interface (Laurence Liaubet, Christine Gaspin, ...)
- par le suivi des bugs et améliorations au travers d'issues validées et liées (si pertinent) aux commits de résolution
5. Suivi du projet
Les CR des réunions du projets sont disponibles là : https://nextcloud.inrae.fr/s/8aKJqnKMoXKDdyn
6. Revue du 30 septembre 2022
- Les trois images dockers ont été stabilisées et sont disponibles dans le dossier
docker
du dépôt. - Une documentation utilisateur pour l'installation a été réalisée et envoyée à Hyphen pour test et retour chez eux.
- Une documentation administrateur interne a été réalisée dans un répertoire privé pour le déploiement des nouvelles versions et validée le 30/09/2022.