V3 - Phase 4 (Tests)
Milestone ID: 633
Statut du projet : Actif
1. Contexte scientifique
Le projet ASTERICS (A Tool for the ExploRation and Integration of omiCS data) financé par la Région Occitanie, fédère les plateformes bioinformatique http://bioinfo.genotoul.fr/ et biostatistique https://perso.math.univ-toulouse.fr/biostat/ de Genotoul et a pour objectif de développer une solution logicielle d’analyse statistique et d’intégration interactive des données « omiques » permettant aux biologistes d’explorer et de combiner les données de leurs projets de manière intuitive et guidée.
2. Description de la demande
Le développement de l’outil est basé sur le déploiement d’une interface web qui interagira avec des scripts R (développés par les ingénieur⋅e⋅s en statistique impliqué⋅e⋅s dans le projet) via Python (server Flask). R est utilisé pour mettre en œuvre les analyses, avec Rserve. L'interface est développée par les ingénieur⋅e⋅s en bioinformatique impliqué.e.s dans le dossier. En outre, une graphiste web pilote l'amélioration de l'ergonomie de l'outil et est en charge de la mise en place d'images pour l'aide à la navigation et à l'interprétation (documentation).
3. Organisation
3.1 Planning
Phase 1a : 15/09/20-14/01/21 : Mise en place de l'architecture technique, et faire la preuve de concept avec les technologies choisie. Définition fine du cahier des charges. [Phase 1a - terminée]
Phase 1b : 15/09/20-14/01/21 : Préparation des données test. [Phase 1b - terminée]
Phase 2a : 14/12/20-15/01/22 : Conception de l'interface (ergonomie et navigation). [Phase 2a - terminée]
Phase 2b : 14/12/20-15/01/22 : Définition des workflows. [Phase 2b - terminée]
Phase 3 : 14/03/21-31/07/22 : Implémentation. [Phase 3 - terminée]
Phase 4 : 14/01/22-14/03/23 : Tests complets. [Phase 4 - terminée]
Phase 5 : 01/07/22-14/09/22 : Mise en production. [Phase 5 - terminée]
3.2 Personnes
Responsable scientifique : Nathalie Vialaneix
Implémentation :
- Informatique / web : Jérôme Mariette (jusqu'en juin 2022), Céline Noirot (jusqu'en août 2022), Nathan Goron (CDD 01/01/21-31/12/21), Arielle Krebs (CDD graphiste web 01/12/2021-31/05/2022) (soutien d'Hyphen Stat)
- Statistique : Yaa Adu Kesawah (CDD 01/01/21-30/12/21), Nathalie Vialaneix, Élise Maigné, Fanny Mathevet (CDD 10/09/21-31/12/21), Julien Henry (CDD 01/11/21-31/12/22), Camille Guilmineau (01/04/2022-31/08/2022)
Ergonomie / aide utilisateur
- Statistique (cas d'études) : Sébastien Déjean, Valentine Rossi, Julien Henry, Laurence Liaubet
- Statistique (aide utilisateur) : Nathalie Vialaneix, Camille Guilmineau, Élise Maigné, Céline Noirot, Sébastien Déjean
- Graphisme : Arielle Krebs
Intervenant/Testeur :
Hyphen Stat, Christine Gaspin, Laurence Liaubet
Tests de l'interface, des fonctionnalités et revue de code : Tous
Revue de code et beta tests en cours et fin de projet : Nathalie Vialaneix, Christine Gaspin, Laurence Liaubet
3.3 Ressources matérielles
Trois machines virtuelles (dev, pré-prod et prod) sont nécessaires et seront fournies par la plateforme Bioinfo (les trois en fonctionnement au moment de cette revue de projet : dev et prod ont été changées au mois de juin 2022 et pré-prod a été déployée à cette date).
3.4 Ressources financières
Projet ASTERICS financé par la Région Occitanie.
4. Critères de validation
Validation :
- du code R par mise en place de tests unitaires systématiques, validés au moment de la fusion dans
dev
(réalisés sur les données "TCGA") - par des tests utilisateurs, hors développeurs, de l'interface (Laurence Liaubet, Christine Gaspin, ...)
- par le suivi des bugs et améliorations au travers d'issues validées et liées (si pertinent) aux commits de résolution
- retours utilisateurs depuis juillet 2022 (email de contact et dépôt d'issues)
5. Suivi du projet
Les CR des réunions du projets sont disponibles là : https://nextcloud.inrae.fr/s/8aKJqnKMoXKDdyn
6. Revue du 15 mars 2023
Fin de projet : passage en maintenance.
- interface fonctionnelle et utilisée avec interface utilisateur complète ainsi que deux cas d'études détaillées
- mise en place d'un support utilisateur (email et repo d'issues)
- mise en place d'un processus de déploiement documenté et de monitoring des 3 serveurs (serveur dev appelé à être supprimé)
- mise en place d'une documentation technique pour les développeur
- soumission d'une application note à Bioinformatics le 15 mars 2023