V2 - Phase 3 (Implémentation)
Milestone ID: 538
Statut du projet : Actif
1. Contexte scientifique
Le projet ASTERICS (A Tool for the ExploRation and Integration of omiCS data) financé par la Région Occitanie, fédère les plateformes bioinformatique http://bioinfo.genotoul.fr/ et biostatistique https://perso.math.univ-toulouse.fr/biostat/ de Genotoul et a pour objectif de développer une solution logicielle d’analyse statistique et d’intégration interactive des données « omiques » permettant aux biologistes d’explorer et de combiner les données de leurs projets de manière intuitive et guidée.
2. Description de la demande
Le développement de l’outil est basé sur le déploiement d’une interface web qui interagira avec des scripts R (développés par les ingénieur⋅e⋅s en statistique impliqué⋅e⋅s dans le projet) via Python (server Flask). R est utilisé pour mettre en œuvre les analyses, avec Rserve. L'interface est développée par les ingénieur⋅e⋅s en bioinformatique impliqué.e.s dans le dossier. En outre, une graphiste web pilote l'amélioration de l'ergonomie de l'outil et est en charge de la mise en place d'images pour l'aide à la navigation et à l'interprétation (documentation).
3. Organisation
3.1 Planning
Phase 1a : 15/09/20-14/01/21 : Mise en place de l'architecture technique, et faire la preuve de concept avec les technologies choisie. Définition fine du cahier des charges. [Phase 1a - terminée]
Phase 1b : 15/09/20-14/01/21 : Préparation des données test. [Phase 1b - terminée]
Phase 2a : 14/12/20-15/01/22 : Conception de l'interface (ergonomie et navigation). [Phase 2a - terminée]
Phase 2b : 14/12/20-15/01/22 : Définition des workflows. [Phase 2b - terminée]
Phase 3 : 14/03/21-31/07/22 : Implémentation. [Phase 3 - terminée]
Phase 4 : 14/01/22-14/03/23 : Tests complets. [débutés (voir détails dans la section 6)]
Phase 5 : 01/07/22-14/09/22 : Mise en production. [version de pré-production déployée (voir détails dans la section 6)] (avance sur le planning)
3.2 Personnes
Responsable scientifique : Nathalie Vialaneix
Implémentation :
- Informatique / web : Jérôme Mariette, Céline Noirot, Nathan Goron (CDD 01/01/21-31/12/21), Arielle Krebs (CDD graphiste web 01/12/2021-31/05/2022) (soutien d'Hyphen Stat)
- Statistique : Yaa Adu Kesawah (CDD 01/01/21-30/12/21), Nathalie Vialaneix, Élise Maigné, Fanny Mathevet (CDD 10/09/21-31/12/21), Julien Henry (CDD 01/11/21-31/12/22)
Ergonomie / aide utilisateur
- Statistique (cas d'études) : Sébastien Déjean, Valentine Rossi
- Statistique (aide utilisateur) : Nathalie Vialaneix, Camille Guilmineau Sébastien Déjean
- Graphisme : Arielle Krebs
Intervenant/Testeur :
Hyphen Stat, Christine Gaspin, Laurence Liaubet
Tests de l'interface, des fonctionnalités et revue de code : Tous
Revue de code et beta tests en cours et fin de projet : Nathalie Vialaneix, Christine Gaspin, Laurence Liaubet
3.3 Ressources matérielles
Trois machines virtuelles (dev, pré-prod et prod) sont nécessaires et seront fournies par la plateforme Bioinfo (les trois en fonctionnement au moment de cette revue de projet : dev et prod ont été changées au mois de juin 2022 et pré-prod a été déployée à cette date).
3.4 Ressources financières
Projet ASTERICS financé par la Région Occitanie.
4. Critères de validation
Validation :
- du code R par mise en place de tests unitaires systématiques, validés au moment de la fusion dans
dev
(réalisés sur les données "TCGA") - par des tests utilisateurs, hors développeurs, de l'interface (Laurence Liaubet, Christine Gaspin, ...)
- par le suivi des bugs et améliorations au travers d'issues validées et liées (si pertinent) aux commits de résolution
5. Suivi du projet
Les CR des réunions du projets sont disponibles là : https://nextcloud.inrae.fr/s/8aKJqnKMoXKDdyn
6. Revue du 8 août 2022
Phase 3 finalisée. La période du 14 mars 2022 au 31 juillet 2022 a été consacrée à :
-
Phase 3 : implémentation
- implémentation côté R des divers workflows planifiés (dont édition de données, extraction de rapport) [À FINALISER : NORMALISATION]
- intégration des workflows dans l'interface
- mise en place et implémentation de la charte graphique du site web
- intégration de l'aide utilisateur dans l'interface
-
nous avons embauché au 01/12/2021 une graphiste web (6 mois) qui est venue soutenir les développeurs web sur les aspects graphismes et navigation
En conclusion, l'avancement de la Phase 3 est complète, à l'exception de la normalisation pour laquelle il manque les données métagénomiques (reportées sur la phase 4).
- Phase 4 (prévue 14/01/22-14/03/23 après prolongation du contrat) : Tests complets et rédaction des cas d'études. Les tests complets ont été commencés dès l'été 2021 (très en avance sur le planning) et ont permis de consolider l'utilisation de l'interface. Un certain nombre d'améliorations mineures ont été listées et sont en cours de résolution. Les cas d'études débutent à peine à la fin de la Phase 3 et leur rédaction devrait occuper la fin du projet. La Phase 4 est donc en avance sur le planning.
- Phase 5 (prévue 01/07/22-14/09/22) : Mise en production. La procédure de déploiement complet est en cours de finalisation et de documentation. L'image docker a été réalisée et testée/validée par Hyphen.