V1.0 - Phase 0 (Première preuve de concept avant l'arrivée des CDD développeurs)
Milestone ID: 291
Status du projet : Actif
1. Contexte scientifique
Le projet ASTERICS (A Tool for the ExploRation and Integration of omiCS data) financé par la Région Occitanie, fédère les plateformes bioinformatique http://bioinfo.genotoul.fr/ et biostatistique https://perso.math.univ-toulouse.fr/biostat/ de Genotoul et a pour objectif de développer une solution logicielle d’analyse statistique et d’intégration interactive des données « omiques » permettant aux biologistes d’explorer les données de leurs projets de manière intuitive et guidée.
2. Description de la demande
Le développement de l’outil sera basé sur le déploiement d’une interface web qui interagira avec des scripts R (développés par les ingénieur⋅e⋅s en statistique impliqué⋅e⋅s dans le projet) via Python (Rpy). R sera utilisé pour mettre en œuvre les analyses. La mission de l’ingénieur⋅e d’études recruté⋅e consistera à développer l’interface web, sous la supervision des ingénieurs de la plateforme bioinformatique impliqués dans le projet.
3. Organisation
3.1 Planning
Phase 1 : De Octobre à Decembre 2020 : Mise en place de l'architechture technique, et faire la preuve de concept avec les technologies choisie. Definition fine du cahier des charges.
Phase 2 : Janvier à Decembre 2021: Recrutement de deux CDD, un dev web & un dev stat
3.2 Personnes
Responsable scientifique : Nathalie Vialaniex Implémentation : Philippe, Jerome, Céline
Intervenant/Testeur : Boite stat?, Christine,
Tests de l'interface, des fonctionnalités et revue de code : Tous
Revue de code et beta tests en fin de projet : Nathalie & Biologiste
3.3 Ressources matériels
Une machine virtuelle est nécessaire pour la production et sera fournis par la plateforme Bioinfo.
3.4 Ressources financières
REGION: Projet ASTERISC
4. Échéancier
A préciser avec Nath
5. Critères de validations
Deux jeux de test sont en cours de realisation pour evaluer les resultats que l'interface produira.
6. Revue de projet et modifications du planning et des ressources
Veuillez completer lors des points d'étapes important (au moins un point a mi-projet et un point en fin de projet.
6.1 Revue du 28/12/2020
Indiquer les modifications de planning, les pb rencontrés et les solutions mise en place
- La premiere solution technique envisagé avec Rpy, n'a finalement pas fonctionné , pb multithread avec Flask.
- Le visalisation centralisée sur le graphe ne semble pas la plus adaptée l'iteration suivante aura pour but de trouver une visualisation adapté, et d'implementer cela.
Actuellement la solution fonctionnelle est Flask + Rserve + VueJS. Ce prototype a permis de faire une preuve de concept.