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Discussion avec Christine
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Les 15 et 20 et 28 mai 2020
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Les 15 et 20 et 28 mai, le 11 juin 2020
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**Points techniques**
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1) comprendre comment fonctionne une branche dans un projet git
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... | ... | @@ -61,16 +61,9 @@ Différences : |
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→ travail à faire [Christine]
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1) combiner la fonction Load_Data_File et la fonction POPS pour charger les données même quand le fichier Target n’est pas donné
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2) La fonction Quality_Control : faire les ACP sur les 3 premiers axes au lieu de 2
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2) La fonction Quality_Control : reecriture de code, correction foc filterByExpr, min au lieu de max pour NbReplicate (11/06). Prochaine modifs : les graphiques comme faire les ACP sur les 3 premiers axes au lieu de 2
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3) Vérifier l’arborescence des résultats de l’analyse différentielle est compatible avec l’organisation POPS.
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→ Filtration des faibles comptage
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Filtration par edgeR : FilterByExpr
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La fonction filtre sur les cpm pour ne pas favoriser les grandes tailles de librairie.
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Le cutoff est moins choisi arbitrairement, il s’adapte aux tailles de librairies en regardant la mediane des tailles de librarie.
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1) envoi d’un Rmarkdown [Christine]
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2) corriger le bug dans DiCoExpress [Marie-Laure]
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→ a réfléchir et faire évoluer [Christine]
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1) le modèle quand il y a 3 facteurs
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2) l’écriture des contraste : la solution du package contraste de Christine
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