... | ... | @@ -27,6 +27,20 @@ créer une mailing liste DiCoExpress pour annoncer les changements |
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**Mise au point d'un pipeline pour POPS**
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Le but est d’atteindre l’Objectif 3 de la politique 2020 = Faire évoluer les analyses pour les designs expérimentaux multifactoriels.
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DicoExpress, publié récemment, est un outil général pour analyser des données RNAseq. Il est prévu que Christine en fasse un pipeline pour POPS afin de permettent aux opérateurs de le lancer et qu’il soit déployable sur un cluster. Compte tenu des conditions actuelles, développement du pipeline sur l’ordinateur de Christine avec une version de R récente.
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A partir de maintenant, pour faciliter la mise en place de ce pipeline et donc de façon transitoire :
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* Les analyses seront lancées jusqu’au comptage par l’opérateur.
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* Christine lancera les analyses différentielles de la plateforme pour le moment, ce qui lui permettra de finaliser le pipeline.
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* Christine fera un retour à l’opérateur pour expliquer le lancement des analyses (en visio pour le moment ?).
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* Christine fera un retour sur les sorties de l’analyse en réunion d’équipe afin de nous former.
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* La mise en forme des résultats sous Excel sera faite par l’opérateur.
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* Les résultats seront envoyés par l’opérateur avec le bilan des analyses validé par un binome par défaut défini par Christine et Etienne.
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Changement de point de vue sur l'analyse d'expression différentielle pour la plateforme.
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Atouts et difficultés liés à ce changement de modélisation.
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