update pubmed (données microbio)

Mise à jour des données de microbio à partir de la banque Pubdmed qui est dans /db/pubmed

une commande de lancement (vérifier les paramètres avant)

conda activate snakemake-5.13.0-env
snakemake --nolock --verbose --printshellcmds --use-singularity --use-conda --reason --latency-wait 60 --jobs 5 --snakefile update_microbio_corpus.snakefile --cluster "qsub -v PYTHONPATH='' -l mem_free=24G -V -cwd -e log/ -o log/ -q short.q,long.q" --dryrun