données cirm-cfbp 7 juin 2021 : entrées non conforme

Les entrées de la nouvelle extraction de cirm cfbp ne sont pas conformes. Les colonnes ne correspondent pas à ce qui est attendu par les scripts.

Le fichier en entrée pour les scripts actuels doit admettre les colonnes suivantes :

Numéro CFBP    Espèce    Race    Souche type    NCBI     GOLD     Noms dans d'autres collections    Autres noms    Isoleur    Hote d'isolement    Prélèvement    Année isolement    Pays isolement    Région isolement    Lieu isolement    Transmis par    Année entrée collection    Remarque    Organisme de quarantaine    EPPO alert list    Référence publication espèce    Bien à double usage    Groupe de risque    Pouvoir pathogène    Recommandé    Authentification    Reçue comme    Historique

Le fichier reçu (20210617_PPortier.xlsx) contient deux feuilles avec des colonnes différentes :

colonnes de la feuille 1 :

Especes::Nom_taxonomique    Isole_de    Isolement_annee    Isolement_pays    Isolement_region    Isolement_lieu    OGM    OGM_mere    Pouvoir_pathogene    Prelevement    Recue_comme    Annee_entree    Remarques    Remarques_catalogue    Restriction_distribution    Validation_moléculaire_rem_web    Validation_moléculaire_statut    Valide_    Suppression_date    Suppression_raison    APA_commentaires    APA_statut    Especes::Nom_espece    Especes::Nom_genre    Especes::Nom_sous_espece    Date_premiere_lyo    Double_usage    Genome_sequence    Genome_sequence_gold    Genome_sequence_ncbi    Historique_nom_souche    Publications    Race    Sequence_nucleotidique_ref    Sequence_nucleotidique_seq    Validation_acq_cr_purete    Validation_client    Especes::Auteurs    Especes::Groupe_II    Especes::Milieu    Especes::Organisme_quarantaine    Especes::Temperature

colonne de la feuille 2

Collections::Acronyme_collection    Numero_dans_la_collection    Souche_type    Especes::Nom_taxonomique    Autres_collections    Autres_noms    Isole_de    Isolement_annee    Isolement_pays    Isolement_region    Isolement_lieu    OGM    OGM_mere    Pouvoir_pathogene    Prelevement    Recue_comme    Annee_entree    Remarques    Remarques_catalogue    Restriction_distribution    Validation_moléculaire_rem_web    Validation_moléculaire_statut    Valide_    Suppression_date    Suppression_raison    APA_commentaires    APA_statut    Especes::Nom_espece    Especes::Nom_genre    Especes::Nom_sous_espece    Date_premiere_lyo    Double_usage    Genome_sequence    Genome_sequence_gold    Genome_sequence_ncbi    Historique_nom_souche    Publications    Race    Sequence_nucleotidique_ref    Sequence_nucleotidique_seq    Validation_acq_cr_purete    Validation_client    Especes::Auteurs    Especes::Groupe_II    Especes::Milieu    Especes::Organisme_quarantaine    Especes::Temperature