Problème GTDB-Tk avec génomes non placés

Dans le log, on apercoit ceci:

[2023-07-10 11:38:15] WARNING: 10 out of 22 have not been properly placed by pplacer. This is a known issue with pplacer but we do not have a solution currently. Those missing genomes are written to the gtdbtk.bac120.disappearing_genomes.tsv file. We recommend rerunning those genomes through GTDB-Tk to 'fix' the problem.

Certains génomes ne sont pas placés et disparaissent des sorties finales, par contre en relancant gtdb-tk à la main, ceci sont bien affiliés quand on récupère les génomes non placés dans le fichier gtdbtk.bac120.disappearing_genomes.tsv.

Ligne de commande utilisée:

sbatch --mem=200G --cpus-per-task=16 --wrap="singularity exec --env GTDBTK_DATA_PATH=/mnt/gtdbtk_db/ --bind /bank/GTDB/GTDB/GTDB_2023-6-9/flat/release214/:/mnt/gtdbtk_db/,/work/project/metabifmetaG/metafunc/data/disappearing_genomes/:/mnt/data/,/work/project/metabifmetaG/metafunc/gtdbtk_15_disappearing_genomes/output/:/mnt/output/ ../launch_nextflow/metagwgs/env/binning.sif gtdbtk classify_wf --genome_dir /mnt/data/ -x fa --out_dir /mnt/output/ --pplacer_cpus 16 --cpus 16"