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urgi-is
FAIDARE
Commits
8384033f
Commit
8384033f
authored
May 21, 2019
by
Raphaël Flores
Browse files
Merge branch 'chore/rename_gpds' into 'master'
Rename GPDS application in FAIDARE.
GNP-5519
. See merge request
!25
parents
50513533
4ecc3432
Changes
377
Hide whitespace changes
Inline
Side-by-side
.gitlab-ci.yml
View file @
8384033f
...
...
@@ -16,7 +16,7 @@ image: urgi/docker-browsers:latest
variables
:
GRADLE_OPTS
:
"
-Dorg.gradle.daemon=false"
GRADLE_USER_HOME
:
$CI_PROJECT_DIR/.gradle
APP_NAME
:
gpds
APP_NAME
:
faidare
JAR_PATH
:
"
backend/build/libs/${APP_NAME}.jar"
...
...
CONTRIBUTING.md
View file @
8384033f
# How to contribute to
GPDS
# How to contribute to
FAIDARE
## Git management
...
...
@@ -27,9 +27,9 @@
Total 0 (delta 0), reused 0 (delta 0)
remote:
remote: To create a merge request for chore/explaining_how_to_merge, visit:
remote: https://forgemia.inra.fr/urgi-is/
gpds
/merge_requests/new?merge_request%5Bsource_branch%5D=chore/explaining_how_to_merge
remote: https://forgemia.inra.fr/urgi-is/
faidare
/merge_requests/new?merge_request%5Bsource_branch%5D=chore/explaining_how_to_merge
remote:
To forgemia.inra.fr:urgi-is/
gpds
.git
To forgemia.inra.fr:urgi-is/
faidare
.git
* [new branch] chore/explaining_how_to_merge -> chore/explaining_how_to_merge
La branche 'chore/explaining_how_to_merge' est paramétrée pour suivre la branche distante 'chore/explaining_how_to_merge' depuis 'origin'.
```
...
...
README.md
View file @
8384033f
...
...
@@ -65,10 +65,10 @@ If you just need access to API (to run the `ng serve` on top of it), you can run
Otherwise, for the complete server (backend APIs + frontend interface), you can run:
```
sh
./gradlew assemble
&&
java
-jar
backend/build/libs/
gpds
.jar
./gradlew assemble
&&
java
-jar
backend/build/libs/
faidare
.jar
```
The server should then be accessible at http://localhost:8380/
gpds
-dev
The server should then be accessible at http://localhost:8380/
faidare
-dev
## Run frontend development server
...
...
@@ -105,7 +105,7 @@ The details of this remote server are filled in the `bootstrap.yml` file.
By default, it tries to connect to the remote server on http://localhost:8888
but it can of course be changed, or even configured via the
`SPRING_CONFIG_URI`
environment variable.
It will try to fetch the configuration for the application name
`
gpds
`
, and the default profile.
It will try to fetch the configuration for the application name
`
faidare
`
, and the default profile.
If such a configuration is not found, it will then fallback to the local
`application.yml`
properties.
To avoid running the Spring Cloud config server every time when developing the application,
all the properties are still available in
`application.yml`
even if they are configured on the remote Spring Cloud server as well.
...
...
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
gpds
/Application.java
→
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
faidare
/Application.java
View file @
8384033f
package
fr.inra.urgi.
gpds
;
package
fr.inra.urgi.
faidare
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.config.
GPDS
Properties
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.config.
Faidare
Properties
;
import
org.springframework.boot.SpringApplication
;
import
org.springframework.boot.autoconfigure.SpringBootApplication
;
import
org.springframework.boot.context.properties.EnableConfigurationProperties
;
import
org.springframework.scheduling.annotation.EnableAsync
;
/**
* The main
gpds
Application
* The main
faidare
Application
*
* @author gcornut
*/
@SpringBootApplication
@EnableAsync
@EnableConfigurationProperties
(
GPDS
Properties
.
class
)
@EnableConfigurationProperties
(
Faidare
Properties
.
class
)
public
class
Application
{
public
static
void
main
(
String
[]
args
)
{
SpringApplication
.
run
(
Application
.
class
,
args
);
...
...
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
gpds
/api/BadRequestException.java
→
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
faidare
/api/BadRequestException.java
View file @
8384033f
package
fr.inra.urgi.
gpds
.api
;
package
fr.inra.urgi.
faidare
.api
;
import
org.springframework.http.HttpStatus
;
import
org.springframework.web.bind.annotation.ResponseStatus
;
...
...
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
gpds
/api/NotFoundException.java
→
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
faidare
/api/NotFoundException.java
View file @
8384033f
package
fr.inra.urgi.
gpds
.api
;
package
fr.inra.urgi.
faidare
.api
;
import
org.springframework.http.HttpStatus
;
import
org.springframework.web.bind.annotation.ResponseStatus
;
...
...
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
gpds
/api/brapi/v1/BrapiExceptionHandler.java
→
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
faidare
/api/brapi/v1/BrapiExceptionHandler.java
View file @
8384033f
package
fr.inra.urgi.
gpds
.api.brapi.v1
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.api.BadRequestException
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.api.NotFoundException
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.api.brapi.v1.exception.BrapiPaginationException
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.response.BrapiPagination
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.response.BrapiStatus
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.response.ApiResponseFactory
;
package
fr.inra.urgi.
faidare
.api.brapi.v1
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.api.BadRequestException
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.api.NotFoundException
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.api.brapi.v1.exception.BrapiPaginationException
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.response.BrapiPagination
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.response.BrapiStatus
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.response.ApiResponseFactory
;
import
org.springframework.http.HttpStatus
;
import
org.springframework.http.ResponseEntity
;
import
org.springframework.validation.BindException
;
...
...
@@ -26,7 +26,7 @@ import java.util.List;
*
* @author gcornut
*/
@ControllerAdvice
(
basePackages
=
"fr.inra.urgi.
gpds
.api.brapi.v1"
)
@ControllerAdvice
(
basePackages
=
"fr.inra.urgi.
faidare
.api.brapi.v1"
)
public
class
BrapiExceptionHandler
{
private
static
ResponseEntity
<
Object
>
createErrorResponse
(
...
...
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
gpds
/api/brapi/v1/BrapiJSONViewHandler.java
→
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
faidare
/api/brapi/v1/BrapiJSONViewHandler.java
View file @
8384033f
package
fr.inra.urgi.
gpds
.api.brapi.v1
;
package
fr.inra.urgi.
faidare
.api.brapi.v1
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.JSONView
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.JSONView
;
import
org.springframework.core.MethodParameter
;
import
org.springframework.core.Ordered
;
import
org.springframework.core.annotation.Order
;
...
...
@@ -20,7 +20,7 @@ import java.util.List;
*
* @author gcornut
*/
@ControllerAdvice
(
basePackages
=
"fr.inra.urgi.
gpds
.api.brapi.v1"
)
@ControllerAdvice
(
basePackages
=
"fr.inra.urgi.
faidare
.api.brapi.v1"
)
@Order
(
Ordered
.
HIGHEST_PRECEDENCE
)
public
class
BrapiJSONViewHandler
extends
AbstractMappingJacksonResponseBodyAdvice
{
...
...
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
gpds
/api/brapi/v1/CallsController.java
→
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
faidare
/api/brapi/v1/CallsController.java
View file @
8384033f
package
fr.inra.urgi.
gpds
.api.brapi.v1
;
package
fr.inra.urgi.
faidare
.api.brapi.v1
;
import
com.google.common.collect.ImmutableSet
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.data.BrapiCall
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.response.BrapiListResponse
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.criteria.base.PaginationCriteriaImpl
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.data.CallVO
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.response.ApiResponseFactory
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.data.BrapiCall
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.response.BrapiListResponse
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.criteria.base.PaginationCriteriaImpl
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.data.CallVO
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.response.ApiResponseFactory
;
import
io.swagger.annotations.Api
;
import
io.swagger.annotations.ApiOperation
;
import
org.springframework.beans.factory.annotation.Autowired
;
...
...
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
gpds
/api/brapi/v1/GermplasmController.java
→
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
faidare
/api/brapi/v1/GermplasmController.java
View file @
8384033f
package
fr.inra.urgi.
gpds
.api.brapi.v1
;
package
fr.inra.urgi.
faidare
.api.brapi.v1
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.api.NotFoundException
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.data.BrapiGermplasm
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.data.BrapiGermplasmAttributeValueList
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.data.BrapiPedigree
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.data.BrapiProgeny
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.response.BrapiListResponse
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.response.BrapiResponse
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.criteria.GermplasmAttributeCriteria
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.criteria.GermplasmGETSearchCriteria
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.criteria.GermplasmPOSTSearchCriteria
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.criteria.GermplasmSearchCriteria
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.criteria.base.PaginationCriteriaImpl
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.response.ApiResponseFactory
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.response.PaginatedList
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.response.Pagination
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.repository.es.GermplasmAttributeRepository
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.service.es.GermplasmService
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.api.NotFoundException
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.data.BrapiGermplasm
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.data.BrapiGermplasmAttributeValueList
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.data.BrapiPedigree
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.data.BrapiProgeny
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.response.BrapiListResponse
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.response.BrapiResponse
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.criteria.GermplasmAttributeCriteria
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.criteria.GermplasmGETSearchCriteria
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.criteria.GermplasmPOSTSearchCriteria
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.criteria.GermplasmSearchCriteria
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.criteria.base.PaginationCriteriaImpl
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.response.ApiResponseFactory
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.response.PaginatedList
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.response.Pagination
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.repository.es.GermplasmAttributeRepository
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.service.es.GermplasmService
;
import
io.swagger.annotations.Api
;
import
io.swagger.annotations.ApiOperation
;
import
org.slf4j.Logger
;
...
...
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
gpds
/api/brapi/v1/LocationController.java
→
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
faidare
/api/brapi/v1/LocationController.java
View file @
8384033f
package
fr.inra.urgi.
gpds
.api.brapi.v1
;
package
fr.inra.urgi.
faidare
.api.brapi.v1
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.api.NotFoundException
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.data.BrapiLocation
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.response.BrapiListResponse
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.response.BrapiResponse
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.criteria.LocationCriteria
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.response.ApiResponseFactory
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.response.PaginatedList
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.repository.es.LocationRepository
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.api.NotFoundException
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.data.BrapiLocation
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.response.BrapiListResponse
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.response.BrapiResponse
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.criteria.LocationCriteria
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.response.ApiResponseFactory
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.response.PaginatedList
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.repository.es.LocationRepository
;
import
io.swagger.annotations.Api
;
import
io.swagger.annotations.ApiOperation
;
import
org.springframework.beans.factory.annotation.Autowired
;
...
...
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
gpds
/api/brapi/v1/ObservationVariableController.java
→
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
faidare
/api/brapi/v1/ObservationVariableController.java
View file @
8384033f
package
fr.inra.urgi.
gpds
.api.brapi.v1
;
package
fr.inra.urgi.
faidare
.api.brapi.v1
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.api.NotFoundException
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.data.BrapiObservationVariable
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.data.BrapiOntology
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.response.BrapiListResponse
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.response.BrapiResponse
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.criteria.ObservationVariableCriteria
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.criteria.base.PaginationCriteriaImpl
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.response.ApiResponseFactory
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.repository.file.CropOntologyRepository
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.api.NotFoundException
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.data.BrapiObservationVariable
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.data.BrapiOntology
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.response.BrapiListResponse
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.response.BrapiResponse
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.criteria.ObservationVariableCriteria
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.criteria.base.PaginationCriteriaImpl
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.response.ApiResponseFactory
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.repository.file.CropOntologyRepository
;
import
io.swagger.annotations.Api
;
import
io.swagger.annotations.ApiOperation
;
import
io.swagger.annotations.ApiParam
;
...
...
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
gpds
/api/brapi/v1/PhenotypeController.java
→
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
faidare
/api/brapi/v1/PhenotypeController.java
View file @
8384033f
package
fr.inra.urgi.
gpds
.api.brapi.v1
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.data.BrapiObservationUnit
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.response.BrapiListResponse
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.criteria.ObservationUnitCriteria
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.response.ApiResponseFactory
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.response.PaginatedList
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.repository.es.ObservationUnitRepository
;
package
fr.inra.urgi.
faidare
.api.brapi.v1
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.data.BrapiObservationUnit
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.response.BrapiListResponse
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.criteria.ObservationUnitCriteria
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.response.ApiResponseFactory
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.response.PaginatedList
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.repository.es.ObservationUnitRepository
;
import
io.swagger.annotations.Api
;
import
io.swagger.annotations.ApiOperation
;
import
org.springframework.beans.factory.annotation.Autowired
;
...
...
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
gpds
/api/brapi/v1/ProgramController.java
→
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
faidare
/api/brapi/v1/ProgramController.java
View file @
8384033f
package
fr.inra.urgi.
gpds
.api.brapi.v1
;
package
fr.inra.urgi.
faidare
.api.brapi.v1
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.api.NotFoundException
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.data.BrapiProgram
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.response.BrapiListResponse
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.response.BrapiResponse
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.criteria.ProgramCriteria
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.data.ProgramVO
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.response.ApiResponseFactory
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.response.PaginatedList
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.repository.es.ProgramRepository
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.api.NotFoundException
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.data.BrapiProgram
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.response.BrapiListResponse
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.response.BrapiResponse
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.criteria.ProgramCriteria
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.data.ProgramVO
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.response.ApiResponseFactory
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.response.PaginatedList
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.repository.es.ProgramRepository
;
import
io.swagger.annotations.Api
;
import
io.swagger.annotations.ApiOperation
;
import
io.swagger.annotations.ApiParam
;
...
...
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
gpds
/api/brapi/v1/StudyController.java
→
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
faidare
/api/brapi/v1/StudyController.java
View file @
8384033f
package
fr.inra.urgi.
gpds
.api.brapi.v1
;
package
fr.inra.urgi.
faidare
.api.brapi.v1
;
import
com.google.common.collect.Lists
;
import
com.google.common.collect.Sets
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.api.NotFoundException
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.data.*
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.response.BrapiListResponse
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.response.BrapiResponse
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.criteria.*
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.criteria.base.PaginationCriteriaImpl
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.data.germplasm.GermplasmVO
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.data.phenotype.ObservationUnitVO
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.data.study.StudyDetailVO
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.data.study.StudySummaryVO
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.data.variable.ObservationVariableVO
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.response.ApiResponseFactory
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.response.PaginatedList
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.response.Pagination
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.repository.es.GermplasmRepository
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.repository.es.ObservationUnitRepository
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.repository.es.StudyRepository
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.repository.file.CropOntologyRepository
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.utils.StringFunctions
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.api.NotFoundException
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.data.*
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.response.BrapiListResponse
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.response.BrapiResponse
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.criteria.*
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.criteria.base.PaginationCriteriaImpl
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.data.germplasm.GermplasmVO
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.data.phenotype.ObservationUnitVO
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.data.study.StudyDetailVO
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.data.study.StudySummaryVO
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.data.variable.ObservationVariableVO
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.response.ApiResponseFactory
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.response.PaginatedList
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.response.Pagination
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.repository.es.GermplasmRepository
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.repository.es.ObservationUnitRepository
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.repository.es.StudyRepository
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.repository.file.CropOntologyRepository
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.utils.StringFunctions
;
import
io.swagger.annotations.Api
;
import
io.swagger.annotations.ApiOperation
;
import
org.apache.commons.collections.CollectionUtils
;
...
...
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
gpds
/api/brapi/v1/TrialController.java
→
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
faidare
/api/brapi/v1/TrialController.java
View file @
8384033f
package
fr.inra.urgi.
gpds
.api.brapi.v1
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.api.NotFoundException
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.data.BrapiTrial
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.response.BrapiListResponse
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.response.BrapiResponse
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.criteria.TrialCriteria
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.data.TrialVO
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.response.ApiResponseFactory
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.response.PaginatedList
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.repository.es.TrialRepository
;
package
fr.inra.urgi.
faidare
.api.brapi.v1
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.api.NotFoundException
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.data.BrapiTrial
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.response.BrapiListResponse
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.response.BrapiResponse
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.criteria.TrialCriteria
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.data.TrialVO
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.response.ApiResponseFactory
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.response.PaginatedList
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.repository.es.TrialRepository
;
import
io.swagger.annotations.Api
;
import
io.swagger.annotations.ApiOperation
;
import
org.springframework.beans.factory.annotation.Autowired
;
...
...
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
gpds
/api/brapi/v1/exception/BrapiException.java
→
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
faidare
/api/brapi/v1/exception/BrapiException.java
View file @
8384033f
package
fr.inra.urgi.
gpds
.api.brapi.v1.exception
;
package
fr.inra.urgi.
faidare
.api.brapi.v1.exception
;
/**
* @author gcornut
...
...
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
gpds
/api/brapi/v1/exception/BrapiPaginationException.java
→
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
faidare
/api/brapi/v1/exception/BrapiPaginationException.java
View file @
8384033f
package
fr.inra.urgi.
gpds
.api.brapi.v1.exception
;
package
fr.inra.urgi.
faidare
.api.brapi.v1.exception
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.api.BadRequestException
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.response.BrapiPagination
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.api.BadRequestException
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.response.BrapiPagination
;
/**
* @author gcornut
...
...
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
gpds
/api/gnpis/v1/DataDiscoveryController.java
→
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
faidare
/api/gnpis/v1/DataDiscoveryController.java
View file @
8384033f
package
fr.inra.urgi.
gpds
.api.gnpis.v1
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.brapi.v1.response.BrapiListResponse
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.datadiscovery.criteria.DataDiscoveryCriteriaImpl
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.datadiscovery.data.DataSource
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.datadiscovery.response.DataDiscoveryResponse
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.domain.response.ApiResponseFactory
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.repository.es.DataDiscoveryRepository
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.repository.file.DataSourceRepository
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.utils.StringFunctions
;
package
fr.inra.urgi.
faidare
.api.gnpis.v1
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.brapi.v1.response.BrapiListResponse
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.datadiscovery.criteria.DataDiscoveryCriteriaImpl
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.datadiscovery.data.DataSource
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.datadiscovery.response.DataDiscoveryResponse
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.domain.response.ApiResponseFactory
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.repository.es.DataDiscoveryRepository
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.repository.file.DataSourceRepository
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.utils.StringFunctions
;
import
io.swagger.annotations.Api
;
import
io.swagger.annotations.ApiOperation
;
import
org.springframework.beans.factory.annotation.Autowired
;
...
...
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
gpds
/api/gnpis/v1/GnpISExceptionHandler.java
→
backend/src/main/java/fr/inra/urgi/
faidare
/api/gnpis/v1/GnpISExceptionHandler.java
View file @
8384033f
package
fr.inra.urgi.
gpds
.api.gnpis.v1
;
package
fr.inra.urgi.
faidare
.api.gnpis.v1
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.api.BadRequestException
;
import
fr.inra.urgi.
gpds
.api.NotFoundException
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.api.BadRequestException
;
import
fr.inra.urgi.
faidare
.api.NotFoundException
;
import
org.springframework.http.HttpStatus
;
import
org.springframework.http.ResponseEntity
;
import
org.springframework.validation.BindException
;
...
...
@@ -18,7 +18,7 @@ import org.springframework.web.bind.annotation.ExceptionHandler;
*
* @author gcornut
*/
@ControllerAdvice
(
basePackages
=
"fr.inra.urgi.
gpds
.api.gnpis.v1"
)
@ControllerAdvice
(
basePackages
=
"fr.inra.urgi.
faidare
.api.gnpis.v1"
)
public
class
GnpISExceptionHandler
{
/**
...
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