ViSEAGO issueshttps://forgemia.inra.fr/umr-boa/viseago/-/issues2023-05-11T11:30:07+02:00https://forgemia.inra.fr/umr-boa/viseago/-/issues/6Erreur dans hm$x$data[[col]] : un tel index n'existe pas au niveau 22023-05-11T11:30:07+02:00Sebastien Theilsebastien.theil@inra.frErreur dans hm$x$data[[col]] : un tel index n'existe pas au niveau 2Bonjour,
petit "bug" que je n'arrive pas à comprendre dans la fonction `ViSEAGO::GOterms_heatmap` avec l'ontology 'CC' (fonctionne avec les autres ontologies).
Voici mon code (copier coller du tuto) :
```
Wang_clusters_wardD2 <- ViSEAG...Bonjour,
petit "bug" que je n'arrive pas à comprendre dans la fonction `ViSEAGO::GOterms_heatmap` avec l'ontology 'CC' (fonctionne avec les autres ontologies).
Voici mon code (copier coller du tuto) :
```
Wang_clusters_wardD2 <- ViSEAGO::GOterms_heatmap(
myGOs,
showIC=TRUE,
showGOlabels=TRUE,
GO.tree=list(
tree=list(
distance="Wang",
aggreg.method="ward.D2"
),
cut=list(
dynamic=list(
pamStage=TRUE,
pamRespectsDendro=TRUE,
deepSplit=2,
minClusterSize =2
)
)
),
samples.tree=NULL
)
```
Voici mon objet `myGOs`.
[myGOs.rda](/uploads/7ff2031aaffad53a960ba830ba3f11ba/myGOs.rda)
Merci pour ce super package et merci d'avance pour votre aide !
Sébastienhttps://forgemia.inra.fr/umr-boa/viseago/-/issues/7Error in download.file(paste("ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/", : ...2023-09-04T15:03:48+02:00Pierre BlavyError in download.file(paste("ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/", : the 'internal' method for ftp:// URLs is defunctBonjour
Quand on lance
```
Uniprot<-ViSEAGO::Uniprot2GO()
myGENE2GO<-ViSEAGO::annotate("Uniprot_id",Uniprot);
```
On a l'erreur
```
Error in download.file(paste("ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/", :
the 'internal' method ...Bonjour
Quand on lance
```
Uniprot<-ViSEAGO::Uniprot2GO()
myGENE2GO<-ViSEAGO::annotate("Uniprot_id",Uniprot);
```
On a l'erreur
```
Error in download.file(paste("ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/", :
the 'internal' method for ftp:// URLs is defunct
```
Le problème vient de la fonction download.file. En effet la méthode "internal" ne permet plus de télécharger les fichiers en FTP
(source : https://developer.r-project.org/blosxom.cgi/R-devel/2021/05/26 ).
FIX :
Il ne faut pas spécifier le paramètre method de download.file. Sa valeur par défaut va utiliser curl, qui contrairement à "internal" sait télécharger un fichier. De plus il y a plus de chances que les paramètres par défaut aient une valeur de méthode qui correspondent à ce qui sera maintenu dans le code futur, donc mieux vaut ne pas définir method pour download.file.
Pouvez vous mettre le code à jour?
Bonne journée!https://forgemia.inra.fr/umr-boa/viseago/-/issues/9Error in ViSEAGO::EntrezGene2GO() function2024-01-12T10:00:08+01:00FRANKLIN EllisError in ViSEAGO::EntrezGene2GO() functionOne of the first steps in the ViSEAGO workflow is to access the GO annotation database of choice. In my case, I am choosing the EntrezGene database. I applied this line of code :
`EntrezGene <- ViSEAGO::EntrezGene2GO()`
Nevertheless, af...One of the first steps in the ViSEAGO workflow is to access the GO annotation database of choice. In my case, I am choosing the EntrezGene database. I applied this line of code :
`EntrezGene <- ViSEAGO::EntrezGene2GO()`
Nevertheless, after a minute I get this error :
```
Erreur dans download.file("ftp://ftp.ncbi.nih.gov/gene/DATA/gene2go.gz", :
impossible d'ouvrir l'URL 'ftp://ftp.ncbi.nih.gov/gene/DATA/gene2go.gz'
De plus : Messages d'avis :
1: Dans download.file("ftp://ftp.ncbi.nih.gov/gene/DATA/gene2go.gz", :
taille téléchargée 0 != taille déclarée 0
2: Dans download.file("ftp://ftp.ncbi.nih.gov/gene/DATA/gene2go.gz", :
URL ‘ftp://ftp.ncbi.nih.gov/gene/DATA/gene2go.gz’: délais maximal de 60 secondes atteint
```
I am unable to proceed with the analysis. Please can you inform if I am missing something. If not, please update the function.
Thank you in advance.