Il n'y  a plus de contrainte sur la taille des motifs lus. (les suffixes des fichiers wam sont crees en fonction de la taille lue)

Ajout d un message pour signaler que plugin a ne pas utiliser. Non teste depuis les modification faites dans WAM
Utiliser SignalWAM a la place

Add some debugging msg

Dans  compte2probas, cas particulier ou a l'ordre 0, pas assez d'info pour calculer une proba=> VAL[i] = 0
Ajout de commentaires + reindentation de quelques blocs

motiffile (multifasta file),
pat (the signal pattern, for instance GC or AT),
uc (upstream context lg),
dc (downstream context lg),
markovOrder,
outfileprefix

Add MarkovIMM.CodingPot parameter. Value between 1 and 100. Allow to reduce coding potential (No effect if value=100)

Release 4.1d: add MarkovIMM.CodingPot parameter. Value between 1 and 100. Allow to reduce coding potential (No effect if value=100)

- penalize UTR > 150nt
-RNA min length=50

(It can happen when the sequence starts with a stop codon on reverse strand for instance)
This avoids to display an initial state with a length=0.
Important note: we will need this information to detect incomplete gene