diff --git a/R/HiC2Tree.R b/R/HiC2Tree.R
index 8ed773f647e0cbef5a3483e59ad51f2852fdc42d..d9a40f5c359f22cfbcf5a8b715c54e604fa32d01 100644
--- a/R/HiC2Tree.R
+++ b/R/HiC2Tree.R
@@ -28,30 +28,43 @@
 #' }
 #'
 #' @examples
-#' replicat <- 1:3
+#' replicates <- 1:3
 #' cond <- c("90", "110")
-#'
-#' all_begins <- interaction(expand.grid(replicat, cond), sep = "-")
+#' all_begins <- interaction(expand.grid(replicates, cond), sep = "-")
 #' all_begins <- as.character(all_begins)
 #'
-#' nb_chr <- 2
+#' # single chromosome
+#' nb_chr <- 1
 #' chromosomes <- 1:nb_chr
-#
-#' all_mat_chr <- lapply(chromosomes, function(chr){
+#' all_mat_chr <- lapply(chromosomes, function(chr) {
 #'   all_mat <- lapply(all_begins, function(ab) {
 #'     mat_file <- paste0("Rep", ab, "-chr", chr, "_200000.bed")
 #'   })
 #'   all_mat <- unlist(all_mat)
 #' })
-#'
 #' index <- system.file("extdata", "index.200000.longest18chr.abs.bed",
-#' package = "treediff")
-#' format <- rep(rep("HiC-Pro", 6), nb_chr)
+#'                      package = "treediff")
+#' format <- rep("HiC-Pro", length(replicates) * length(cond) * nb_chr)
 #' binsize <- 200000
 #' files <- system.file("extdata", unlist(all_mat_chr), package = "treediff")
 #' replicates <- c(3, 3)
-#'
 #' HiC2Tree(files, format, binsize, index, chromosomes, replicates)
+#' 
+#' \dontrun{
+#' # two chromosomes
+#' nb_chr <- 2
+#' chromosomes <- 1:nb_chr
+#' all_mat_chr <- lapply(chromosomes, function(chr) {
+#'   all_mat <- lapply(all_begins, function(ab) {
+#'     mat_file <- paste0("Rep", ab, "-chr", chr, "_200000.bed")
+#'   })
+#'   all_mat <- unlist(all_mat)
+#' })
+#' files <- system.file("extdata", unlist(all_mat_chr), package = "treediff")
+#' format <- rep("HiC-Pro", length(replicates) * length(cond) * nb_chr)
+#' replicates <- c(3, 3)
+#' HiC2Tree(files, format, binsize, index, chromosomes, replicates)
+#' }
 #'
 #' @export
 
@@ -132,30 +145,27 @@ HiC2Tree <- function(files, format, binsize = NULL, index = NULL,
 #' @importFrom SummarizedExperiment assay
 #'
 #' @examples
-#' replicat <- 1:3
-#' cond <- c("90", "110")
-#'
-#' all_begins <- interaction(expand.grid(replicat, cond), sep = "-")
+#' \dontrun{
+#' replicates <- 1:2
+#' cond <- "90"
+#' all_begins <- interaction(expand.grid(replicates, cond), sep = "-")
 #' all_begins <- as.character(all_begins)
-#'
+#' 
 #' nb_chr <- 2
 #' chromosomes <- 1:nb_chr
-#
 #' all_mat_chr <- lapply(chromosomes, function(chr) {
 #'   all_mat <- lapply(all_begins, function(ab) {
 #'     mat_file <- paste0("Rep", ab, "-chr", chr, "_200000.bed")
 #'   })
 #'   all_mat <- unlist(all_mat)
 #' })
-#'
 #' index <- system.file("extdata", "index.200000.longest18chr.abs.bed",
-#' package = "treediff")
-#' format <- rep(rep("HiC-Pro", 6), nb_chr)
+#'                      package = "treediff")
+#' format <- rep("HiC-Pro", length(replicates) * length(cond) * nb_chr)
 #' binsize <- 200000
 #' files <- system.file("extdata", unlist(all_mat_chr), package = "treediff")
-#' replicates <- c(3,3)
-#'
 #' HiCDOCDataSet(files, format, binsize, chromosomes, index)
+#' }
 #'
 #' @export
 
@@ -276,6 +286,7 @@ HiCDOCDataSet <- function(files, format, binsize = NULL, chromosomes,
 #' mat <- cbind(chromosome, index1, index2, m)
 #'
 #' normalizeCount(mat)
+#' 
 normalizeCount <- function(count_matrice){
   UseMethod("normalizeCount")
 }
diff --git a/inst/extdata/Rep1-110-chr1_200000.bed b/inst/extdata/Rep1-110-chr1_200000.bed
index 9244e86d5e00aedf46eced1505529e0b7a2ee69b..dcba79aadf8e258798d31396dd84ef2e2ce6e5f6 100644
--- a/inst/extdata/Rep1-110-chr1_200000.bed
+++ b/inst/extdata/Rep1-110-chr1_200000.bed
@@ -1,1000 +1,21 @@
-1	1	400
-1	2	424
-1	3	419
-1	4	201
-1	5	142
-1	6	110
-1	7	103
-1	8	117
-1	9	66
-1	10	77
-1	11	53
-1	12	56
-1	13	37
-1	14	38
-1	15	38
-1	16	21
-1	17	18
-1	18	21
-1	19	10
-1	20	14
-1	21	20
-1	22	24
-1	23	21
-1	24	19
-1	25	30
-1	26	21
-1	27	12
-1	28	22
-1	29	21
-1	30	9
-1	31	15
-1	32	15
-1	33	27
-1	34	33
-1	35	27
-1	36	21
-1	37	25
-1	38	32
-1	39	26
-1	40	23
-1	41	31
-1	42	17
-1	43	25
-1	44	19
-1	45	19
-1	46	27
-1	47	17
-1	48	20
-1	49	10
-1	50	18
-1	51	14
-1	52	10
-1	53	9
-1	54	3
-1	55	9
-1	56	9
-1	57	11
-1	58	9
-1	59	7
-1	60	5
-1	61	8
-1	62	6
-1	63	8
-1	64	7
-1	65	7
-1	66	5
-1	67	2
-1	68	5
-1	69	9
-1	70	8
-1	71	17
-1	72	13
-1	73	13
-1	74	7
-1	75	7
-1	76	10
-1	77	14
-1	78	15
-1	79	5
-1	80	8
-1	81	14
-1	82	13
-1	83	12
-1	84	8
-1	85	17
-1	86	11
-1	87	9
-1	88	6
-1	89	12
-1	90	9
-1	91	9
-1	92	5
-1	93	2
-1	94	4
-1	95	4
-1	96	4
-1	97	6
-1	98	3
-1	99	6
-1	100	8
-1	101	7
-1	102	12
-1	103	8
-1	104	6
-1	105	10
-1	106	11
-1	107	2
-1	108	8
-1	109	8
-1	110	9
-1	111	9
-1	112	9
-1	113	11
-1	114	4
-1	115	8
-1	117	4
-1	118	5
-1	119	5
-1	120	5
-1	121	6
-1	122	5
-1	123	8
-1	124	3
-1	125	3
-1	126	3
-1	127	1
-1	128	6
-1	129	4
-1	130	4
-1	131	2
-1	132	1
-1	133	2
-1	134	4
-1	135	5
-1	136	3
-1	137	7
-1	138	6
-1	139	5
-1	140	8
-1	141	16
-1	142	10
-1	143	8
-1	144	2
-1	145	4
-1	146	6
-1	147	8
-1	148	7
-1	149	9
-1	150	3
-1	151	1
-1	152	13
-1	153	6
-1	154	12
-1	155	6
-1	156	4
-1	157	5
-1	158	10
-1	159	9
-1	160	5
-1	161	9
-1	162	7
-1	163	7
-1	164	12
-1	165	5
-1	166	3
-1	167	10
-1	168	4
-1	169	11
-1	170	10
-1	171	8
-1	172	11
-1	173	4
-1	174	9
-1	175	3
-1	176	6
-1	177	2
-1	179	1
-1	180	5
-1	181	7
-1	182	4
-1	183	1
-1	184	6
-1	185	1
-1	186	4
-1	187	6
-1	188	4
-1	189	6
-1	190	4
-1	191	7
-1	192	3
-1	193	4
-1	194	2
-1	195	6
-1	196	4
-1	197	5
-1	198	5
-1	199	5
-1	200	4
-1	201	3
-1	202	8
-1	203	1
-1	204	5
-1	205	3
-1	206	3
-1	207	5
-1	209	4
-1	210	4
-1	211	2
-1	212	2
-1	213	1
-1	214	2
-1	215	3
-1	216	5
-1	217	9
-1	218	11
-1	219	7
-1	220	3
-1	221	5
-1	222	9
-1	223	9
-1	224	8
-1	225	8
-1	226	4
-1	227	4
-1	228	6
-1	230	1
-1	231	1
-1	232	4
-1	233	5
-1	234	7
-1	235	3
-1	236	7
-1	237	1
-1	238	6
-1	239	2
-1	240	4
-1	241	7
-1	243	3
-1	244	3
-1	245	6
-1	246	2
-1	247	2
-1	248	4
-1	249	1
-1	250	3
-1	251	6
-1	252	1
-1	253	3
-1	254	4
-1	255	3
-1	256	2
-1	257	4
-1	258	1
-1	259	2
-1	261	6
-1	262	4
-1	263	6
-1	264	3
-1	265	6
-1	266	3
-1	267	2
-1	268	2
-1	269	7
-1	270	6
-1	271	6
-1	272	11
-1	273	5
-1	274	3
-1	275	1
-1	276	1
-1	277	4
-1	278	2
-1	279	10
-1	280	5
-1	281	9
-1	282	9
-1	283	3
-1	284	3
-1	285	6
-1	286	12
-1	287	7
-1	288	8
-1	289	7
-1	290	12
-1	291	8
-1	292	8
-1	293	5
-1	294	6
-1	295	3
-1	296	2
-1	297	7
-1	298	1
-1	299	7
-1	300	2
-1	301	2
-1	303	2
-1	304	1
-1	305	2
-1	307	1
-1	309	1
-1	310	4
-1	311	1
-1	312	1
-1	313	4
-1	314	2
-1	315	1
-1	316	2
-1	317	3
-1	318	4
-1	319	4
-1	320	1
-1	321	2
-1	322	2
-1	323	2
-1	324	2
-1	325	1
-1	328	2
-1	329	3
-1	330	7
-1	331	4
-1	332	3
-1	333	3
-1	334	1
-1	335	2
-1	336	3
-1	337	7
-1	338	6
-1	340	1
-1	341	2
-1	342	6
-1	343	6
-1	344	2
-1	346	1
-1	347	4
-1	350	2
-1	351	2
-1	353	1
-1	354	4
-1	356	3
-1	357	2
-1	358	10
-1	359	1
-1	360	2
-1	361	7
-1	362	3
-1	363	7
-1	364	2
-1	365	3
-1	367	2
-1	368	9
-1	369	5
-1	370	2
-1	371	5
-1	372	10
-1	373	12
-1	374	15
-1	375	13
-1	376	8
-1	377	11
-1	378	8
-1	379	4
-1	380	9
-1	381	1
-1	382	8
-1	383	1
-1	384	6
-1	385	6
-1	386	6
-1	387	10
-1	388	8
-1	389	8
-1	390	12
-1	391	13
-1	392	6
-1	393	5
-1	394	7
-1	395	9
-1	396	2
-1	397	6
-1	398	8
-1	399	10
-1	400	8
-1	402	4
-1	403	3
-1	404	2
-1	406	2
-1	407	1
-1	408	3
-1	409	6
-1	410	4
-1	411	3
-1	412	2
-1	413	3
-1	414	3
-1	416	2
-1	417	5
-1	418	1
-1	419	3
-1	420	5
-1	421	6
-1	422	3
-1	423	3
-1	425	3
-1	426	2
-1	427	1
-1	428	1
-1	429	3
-1	430	2
-1	431	6
-1	433	3
-1	434	1
-1	435	3
-1	436	4
-1	437	5
-1	439	2
-1	440	2
-1	441	1
-1	442	1
-1	443	3
-1	444	1
-1	445	2
-1	446	1
-1	447	3
-1	448	4
-1	449	2
-1	450	5
-1	451	1
-1	452	3
-1	453	7
-1	454	10
-1	455	2
-1	456	6
-1	457	4
-1	458	1
-1	459	5
-1	461	3
-1	462	4
-1	463	5
-1	464	1
-1	466	2
-1	467	4
-1	468	2
-1	471	2
-1	472	8
-1	473	7
-1	474	5
-1	475	5
-1	476	2
-1	477	3
-1	478	4
-1	479	3
-1	480	4
-1	481	1
-1	482	2
-1	483	2
-1	484	5
-1	485	2
-1	486	3
-1	487	2
-1	488	4
-1	489	7
-1	490	4
-1	491	6
-1	492	4
-1	493	5
-1	494	7
-1	495	9
-1	496	10
-1	497	3
-1	498	3
-1	499	1
-1	500	3
-1	501	2
-1	502	1
-1	503	4
-1	504	5
-1	505	6
-1	506	1
-1	508	1
-1	509	1
-1	510	2
-1	511	1
-1	512	2
-1	514	2
-1	515	1
-1	516	1
-1	517	1
-1	518	3
-1	519	3
-1	520	1
-1	521	1
-1	522	2
-1	523	1
-1	524	4
-1	525	5
-1	526	2
-1	527	2
-1	528	5
-1	529	2
-1	530	5
-1	531	2
-1	532	1
-1	533	1
-1	534	1
-1	535	2
-1	536	5
-1	537	4
-1	538	8
-1	539	5
-1	540	10
-1	541	9
-1	542	6
-1	543	13
-1	544	16
-1	545	13
-1	546	4
-1	547	11
-1	548	10
-1	549	12
-1	550	3
-1	551	5
-1	552	8
-1	553	2
-1	554	7
-1	555	6
-1	556	6
-1	557	11
-1	558	5
-1	559	2
-1	561	2
-1	562	2
-1	563	4
-1	564	2
-1	565	2
-1	566	3
-1	567	3
-1	568	2
-1	569	5
-1	570	5
-1	571	3
-1	572	8
-1	573	5
-1	574	6
-1	575	8
-1	576	8
-1	577	3
-1	578	3
-1	579	2
-1	580	3
-1	581	8
-1	582	5
-1	583	4
-1	584	1
-1	585	1
-1	586	1
-1	587	3
-1	589	2
-1	590	2
-1	591	1
-1	592	1
-1	593	1
-1	594	1
-1	595	3
-1	596	3
-1	598	3
-1	599	2
-1	600	1
-1	601	3
-1	603	1
-1	604	2
-1	605	3
-1	606	3
-1	607	3
-1	608	4
-1	609	2
-1	611	3
-1	612	3
-1	613	2
-1	614	4
-1	615	3
-1	616	2
-1	617	6
-1	618	2
-1	619	3
-1	620	3
-1	621	7
-1	622	4
-1	623	3
-1	624	1
-1	625	1
-1	626	1
-1	627	5
-1	628	1
-1	630	1
-1	631	4
-1	632	2
-1	633	3
-1	634	1
-1	635	1
-1	636	1
-1	637	2
-1	638	4
-1	639	4
-1	640	7
-1	641	6
-1	642	6
-1	643	4
-1	644	14
-1	645	10
-1	646	6
-1	647	10
-1	648	9
-1	649	14
-1	650	15
-1	651	10
-1	652	9
-1	653	15
-1	654	6
-1	655	5
-1	656	6
-1	657	7
-1	658	1
-1	659	6
-1	660	8
-1	661	3
-1	662	1
-1	663	7
-1	664	2
-1	665	2
-1	666	3
-1	667	2
-1	669	1
-1	670	1
-1	671	1
-1	672	3
-1	673	1
-1	675	2
-1	676	2
-1	678	2
-1	679	3
-1	681	2
-1	682	1
-1	683	5
-1	684	2
-1	685	3
-1	686	5
-1	687	2
-1	688	8
-1	689	5
-1	690	6
-1	691	2
-1	692	6
-1	693	6
-1	694	3
-1	695	5
-1	696	7
-1	697	2
-1	698	9
-1	699	7
-1	700	2
-1	701	2
-1	703	3
-1	704	2
-1	705	3
-1	706	3
-1	707	1
-1	708	5
-1	709	5
-1	710	6
-1	711	2
-1	712	1
-1	713	2
-1	714	3
-1	715	4
-1	716	2
-1	717	1
-1	718	2
-1	719	4
-1	720	3
-1	722	3
-1	723	1
-1	724	2
-1	725	3
-1	726	2
-1	727	6
-1	728	2
-1	729	6
-1	730	9
-1	731	1
-1	732	1
-1	733	1
-1	734	1
-1	735	1
-1	736	1
-1	737	2
-1	738	1
-1	739	3
-1	740	3
-1	741	4
-1	742	2
-1	743	1
-1	744	4
-1	745	4
-1	746	3
-1	748	3
-1	749	2
-1	750	2
-1	752	1
-1	753	2
-1	755	2
-1	756	2
-1	760	1
-1	762	2
-1	763	1
-1	764	2
-1	766	2
-1	770	3
-1	771	1
-1	772	1
-1	773	4
-1	774	3
-1	775	2
-1	776	2
-1	778	2
-1	779	1
-1	780	1
-1	781	1
-1	783	2
-1	784	2
-1	787	2
-1	790	1
-1	791	4
-1	792	1
-1	793	6
-1	794	1
-1	795	6
-1	797	4
-1	798	2
-1	800	2
-1	801	1
-1	803	1
-1	805	1
-1	806	2
-1	807	1
-1	808	2
-1	809	3
-1	810	3
-1	811	7
-1	812	9
-1	813	7
-1	814	3
-1	815	2
-1	816	4
-1	817	4
-1	818	8
-1	819	4
-1	820	7
-1	821	5
-1	822	5
-1	823	8
-1	824	5
-1	825	3
-1	826	8
-1	827	6
-1	828	6
-1	829	6
-1	830	5
-1	831	6
-1	832	8
-1	833	6
-1	834	10
-1	835	8
-1	836	4
-1	837	6
-1	838	6
-1	839	6
-1	840	5
-1	841	6
-1	842	6
-1	843	3
-1	844	3
-1	845	3
-1	846	7
-1	847	5
-1	848	4
-1	849	6
-1	850	3
-1	853	1
-1	855	1
-1	856	1
-1	858	1
-1	859	1
-1	860	1
-1	861	1
-1	862	1
-1	863	2
-1	864	4
-1	865	2
-1	866	3
-1	867	3
-1	868	2
-1	869	2
-1	870	1
-1	873	1
-1	875	4
-1	876	2
-1	877	2
-1	878	3
-1	879	1
-1	880	4
-1	881	1
-1	883	3
-1	884	3
-1	885	1
-1	887	1
-1	888	1
-1	890	1
-1	891	2
-1	895	1
-1	897	1
-1	898	6
-1	899	5
-1	900	3
-1	901	6
-1	902	4
-1	903	3
-1	904	2
-1	905	6
-1	906	1
-1	907	3
-1	908	3
-1	909	2
-1	910	1
-1	911	2
-1	912	3
-1	913	2
-1	914	7
-1	915	1
-1	916	2
-1	917	4
-1	918	3
-1	920	3
-1	921	1
-1	922	2
-1	923	3
-1	924	4
-1	925	2
-1	926	3
-1	927	3
-1	929	1
-1	930	1
-1	934	2
-1	935	3
-1	937	2
-1	938	1
-1	939	3
-1	940	2
-1	941	1
-1	942	1
-1	943	4
-1	944	2
-1	945	1
-1	946	2
-1	947	1
-1	948	2
-1	949	2
-1	950	1
-1	951	6
-1	952	2
-1	954	3
-1	957	4
-1	959	1
-1	960	2
-1	961	1
-1	962	1
-1	963	1
-1	964	2
-1	965	1
-1	966	2
-1	967	2
-1	968	3
-1	970	1
-1	971	2
-1	972	1
-1	973	2
-1	975	1
-1	980	1
-1	982	3
-1	983	2
-1	986	1
-1	987	2
-1	989	1
-1	990	1
-1	993	2
-1	994	1
-1	996	3
-1	997	2
-1	999	2
-1	1000	1
-1	1001	1
-1	1004	1
-1	1008	1
-1	1009	1
-1	1010	1
-1	1011	3
-1	1012	3
-1	1013	2
-1	1014	1
-1	1015	3
-1	1016	1
-1	1017	1
-1	1018	1
-1	1019	3
-1	1020	1
-1	1021	1
-1	1022	1
-1	1023	1
-1	1025	2
-1	1026	1
-1	1028	1
-1	1029	2
-1	1031	1
-1	1032	2
-1	1033	2
-1	1034	1
-1	1035	3
-1	1036	1
-1	1037	3
-1	1038	2
-1	1039	3
-1	1040	3
-1	1041	4
-1	1042	8
-1	1043	2
-1	1044	5
-1	1045	8
-1	1046	6
-1	1047	4
-1	1048	1
-1	1049	1
-1	1050	1
-1	1051	1
-1	1052	1
-1	1056	1
-1	1057	1
-1	1058	1
-1	1059	2
-1	1060	1
-1	1061	6
-1	1062	1
-1	1065	1
-1	1066	4
-1	1067	3
-1	1068	2
-1	1069	2
-1	1071	2
-1	1072	2
-1	1073	2
-1	1075	3
-1	1077	1
-1	1078	1
-1	1079	1
-1	1080	1
-1	1081	1
-1	1082	1
-1	1083	3
-1	1084	1
-1	1085	1
-1	1086	2
-1	1087	2
-1	1088	1
-1	1090	2
-1	1092	1
-1	1093	3
-1	1096	3
-1	1097	1
-1	1098	2
-1	1099	3
-1	1100	1
-1	1102	1
-1	1103	1
-1	1104	4
-1	1105	4
-1	1106	3
-1	1107	3
-1	1108	1
-1	1109	2
-1	1110	1
-1	1111	3
-1	1115	1
-1	1116	2
-1	1117	2
-1	1118	1
-1	1119	3
-1	1120	1
-1	1121	1
-1	1122	1
-1	1125	1
-1	1126	3
-1	1127	1
+1125	1125	598
+1125	1126	767
+1125	1127	472
+1125	1128	267
+1125	1129	198
+1125	1130	268
+1126	1126	593
+1126	1127	693
+1126	1128	266
+1126	1129	328
+1126	1130	330
+1127	1127	517
+1127	1128	512
+1127	1129	304
+1127	1130	343
+1128	1128	457
+1128	1129	343
+1128	1130	340
+1129	1129	606
+1129	1130	897
+1130	1130	519
diff --git a/inst/extdata/Rep1-90-chr1_200000.bed b/inst/extdata/Rep1-90-chr1_200000.bed
index ef2f75db87ff714df86c0e98ac899f98704af9da..e29a499c671be5a289371c03cd0cc76a044c02b4 100644
--- a/inst/extdata/Rep1-90-chr1_200000.bed
+++ b/inst/extdata/Rep1-90-chr1_200000.bed
@@ -1,1000 +1,21 @@
-1	1	1200
-1	2	852
-1	3	956
-1	4	324
-1	5	233
-1	6	171
-1	7	152
-1	8	146
-1	9	101
-1	10	124
-1	11	66
-1	12	87
-1	13	64
-1	14	53
-1	15	52
-1	16	37
-1	17	27
-1	18	20
-1	19	20
-1	20	23
-1	21	22
-1	22	40
-1	23	29
-1	24	34
-1	25	41
-1	26	24
-1	27	18
-1	28	28
-1	29	25
-1	30	17
-1	31	23
-1	32	20
-1	33	32
-1	34	28
-1	35	31
-1	36	45
-1	37	35
-1	38	46
-1	39	29
-1	40	44
-1	41	43
-1	42	33
-1	43	31
-1	44	18
-1	45	33
-1	46	30
-1	47	28
-1	48	23
-1	49	30
-1	50	19
-1	51	15
-1	52	8
-1	53	6
-1	54	5
-1	55	16
-1	56	11
-1	57	13
-1	58	18
-1	59	11
-1	60	8
-1	61	10
-1	62	15
-1	63	16
-1	64	10
-1	65	5
-1	66	7
-1	67	6
-1	68	5
-1	69	4
-1	70	8
-1	71	9
-1	72	8
-1	73	15
-1	74	5
-1	75	13
-1	76	16
-1	77	13
-1	78	14
-1	79	17
-1	80	22
-1	81	20
-1	82	25
-1	83	19
-1	84	21
-1	85	16
-1	86	14
-1	87	14
-1	88	11
-1	89	4
-1	90	3
-1	91	3
-1	92	8
-1	93	2
-1	94	5
-1	95	5
-1	96	2
-1	97	3
-1	98	4
-1	99	11
-1	100	9
-1	101	7
-1	102	9
-1	103	13
-1	104	7
-1	105	8
-1	106	12
-1	107	13
-1	108	9
-1	109	17
-1	110	12
-1	111	5
-1	112	13
-1	113	9
-1	114	8
-1	115	9
-1	116	5
-1	117	5
-1	118	4
-1	119	10
-1	120	4
-1	121	9
-1	122	4
-1	123	3
-1	124	2
-1	125	7
-1	126	11
-1	127	8
-1	128	9
-1	129	8
-1	130	5
-1	131	8
-1	132	7
-1	133	11
-1	134	9
-1	135	5
-1	136	6
-1	137	8
-1	138	9
-1	139	7
-1	140	9
-1	141	11
-1	142	11
-1	143	10
-1	144	9
-1	145	13
-1	146	9
-1	147	8
-1	148	9
-1	149	12
-1	150	6
-1	151	10
-1	152	6
-1	153	8
-1	154	11
-1	155	10
-1	156	6
-1	157	9
-1	158	11
-1	159	11
-1	160	10
-1	161	11
-1	162	8
-1	163	14
-1	164	9
-1	165	8
-1	166	6
-1	167	7
-1	168	6
-1	169	13
-1	170	10
-1	171	13
-1	172	14
-1	173	10
-1	174	9
-1	175	10
-1	176	3
-1	177	6
-1	178	4
-1	179	5
-1	180	3
-1	181	4
-1	182	1
-1	183	11
-1	185	3
-1	186	4
-1	187	7
-1	188	4
-1	189	4
-1	190	9
-1	191	4
-1	192	3
-1	193	2
-1	194	5
-1	195	2
-1	197	9
-1	198	5
-1	199	2
-1	200	4
-1	201	8
-1	202	4
-1	203	4
-1	204	9
-1	205	3
-1	206	2
-1	207	1
-1	208	2
-1	209	4
-1	210	1
-1	211	1
-1	212	1
-1	213	2
-1	214	10
-1	215	2
-1	216	1
-1	217	10
-1	218	5
-1	219	5
-1	220	4
-1	221	7
-1	222	3
-1	223	6
-1	224	9
-1	225	8
-1	226	6
-1	227	7
-1	228	5
-1	229	3
-1	230	2
-1	231	1
-1	233	4
-1	234	6
-1	235	3
-1	236	5
-1	237	4
-1	238	5
-1	239	2
-1	240	4
-1	241	3
-1	242	2
-1	243	1
-1	244	1
-1	245	6
-1	246	4
-1	247	5
-1	248	7
-1	249	3
-1	250	7
-1	251	7
-1	252	4
-1	253	12
-1	254	3
-1	255	7
-1	256	3
-1	257	8
-1	258	2
-1	259	7
-1	260	4
-1	261	3
-1	262	6
-1	263	4
-1	264	6
-1	265	3
-1	266	4
-1	267	4
-1	268	6
-1	269	2
-1	270	4
-1	271	6
-1	272	6
-1	273	6
-1	274	7
-1	275	1
-1	276	3
-1	277	3
-1	278	10
-1	279	4
-1	280	6
-1	281	5
-1	282	4
-1	283	2
-1	284	4
-1	285	4
-1	286	6
-1	287	10
-1	288	3
-1	289	4
-1	290	11
-1	291	13
-1	292	3
-1	293	8
-1	294	1
-1	295	1
-1	296	1
-1	297	7
-1	298	3
-1	299	5
-1	300	1
-1	301	2
-1	302	3
-1	303	5
-1	304	6
-1	305	4
-1	306	5
-1	309	1
-1	310	2
-1	311	1
-1	312	3
-1	313	4
-1	315	4
-1	317	2
-1	318	4
-1	319	6
-1	320	5
-1	321	3
-1	322	4
-1	323	4
-1	324	2
-1	325	4
-1	327	1
-1	328	5
-1	329	2
-1	330	3
-1	331	5
-1	332	5
-1	333	7
-1	334	5
-1	335	4
-1	336	4
-1	337	2
-1	338	3
-1	339	5
-1	340	1
-1	341	3
-1	342	2
-1	343	5
-1	344	2
-1	345	5
-1	346	3
-1	347	4
-1	348	4
-1	349	3
-1	351	2
-1	352	2
-1	354	4
-1	355	1
-1	356	2
-1	357	1
-1	358	5
-1	359	4
-1	360	6
-1	361	5
-1	362	4
-1	363	7
-1	364	4
-1	365	6
-1	366	3
-1	367	2
-1	368	5
-1	369	13
-1	370	4
-1	371	5
-1	372	10
-1	373	11
-1	374	6
-1	375	10
-1	376	9
-1	377	4
-1	378	16
-1	379	8
-1	380	4
-1	381	5
-1	382	7
-1	383	6
-1	384	9
-1	385	8
-1	386	7
-1	387	8
-1	388	13
-1	389	12
-1	390	8
-1	391	11
-1	392	12
-1	393	7
-1	394	8
-1	395	7
-1	396	10
-1	397	14
-1	398	3
-1	399	10
-1	400	2
-1	401	3
-1	402	3
-1	403	2
-1	405	2
-1	406	5
-1	407	1
-1	408	4
-1	409	5
-1	410	3
-1	411	4
-1	413	2
-1	414	4
-1	415	1
-1	416	3
-1	417	3
-1	419	3
-1	420	3
-1	421	3
-1	422	4
-1	423	3
-1	424	2
-1	425	3
-1	426	1
-1	427	3
-1	428	3
-1	429	4
-1	430	4
-1	431	2
-1	432	6
-1	433	3
-1	434	1
-1	435	1
-1	436	1
-1	437	4
-1	438	1
-1	439	1
-1	441	2
-1	442	3
-1	443	2
-1	444	2
-1	445	3
-1	446	1
-1	447	1
-1	448	1
-1	449	2
-1	451	8
-1	452	9
-1	453	12
-1	454	3
-1	455	6
-1	456	4
-1	457	7
-1	458	4
-1	459	8
-1	460	1
-1	461	6
-1	462	4
-1	463	4
-1	464	2
-1	465	1
-1	469	3
-1	470	3
-1	471	2
-1	473	3
-1	474	4
-1	475	2
-1	476	6
-1	477	5
-1	478	2
-1	479	6
-1	480	9
-1	481	3
-1	482	2
-1	483	3
-1	484	6
-1	485	6
-1	486	5
-1	487	2
-1	488	4
-1	489	10
-1	490	4
-1	491	3
-1	492	4
-1	493	2
-1	494	4
-1	495	10
-1	496	5
-1	497	3
-1	498	4
-1	499	4
-1	500	3
-1	501	2
-1	502	4
-1	503	5
-1	504	5
-1	505	2
-1	506	2
-1	507	2
-1	508	4
-1	509	3
-1	511	1
-1	512	2
-1	514	2
-1	515	2
-1	516	5
-1	519	3
-1	522	4
-1	523	3
-1	524	2
-1	525	4
-1	526	1
-1	527	4
-1	528	9
-1	529	4
-1	530	2
-1	531	4
-1	533	2
-1	534	3
-1	535	4
-1	536	5
-1	537	4
-1	538	2
-1	539	6
-1	540	7
-1	541	7
-1	542	8
-1	543	10
-1	544	12
-1	545	14
-1	546	11
-1	547	10
-1	548	13
-1	549	8
-1	550	4
-1	551	8
-1	552	1
-1	553	3
-1	554	4
-1	555	9
-1	556	8
-1	557	3
-1	558	11
-1	559	2
-1	560	3
-1	561	3
-1	562	1
-1	563	3
-1	564	5
-1	565	5
-1	566	2
-1	567	7
-1	568	4
-1	569	9
-1	570	1
-1	571	1
-1	572	3
-1	573	9
-1	574	8
-1	575	5
-1	576	10
-1	577	6
-1	578	4
-1	579	3
-1	580	3
-1	582	1
-1	583	2
-1	584	1
-1	586	1
-1	587	1
-1	589	1
-1	590	1
-1	591	1
-1	592	2
-1	595	2
-1	596	1
-1	597	2
-1	598	5
-1	599	1
-1	600	2
-1	601	2
-1	602	1
-1	603	3
-1	605	1
-1	606	2
-1	607	2
-1	608	3
-1	609	2
-1	610	2
-1	611	5
-1	612	5
-1	613	9
-1	614	3
-1	615	2
-1	616	5
-1	617	5
-1	618	4
-1	619	1
-1	620	2
-1	621	1
-1	622	3
-1	623	3
-1	624	3
-1	625	2
-1	628	2
-1	630	1
-1	631	2
-1	632	3
-1	633	6
-1	634	3
-1	635	4
-1	636	3
-1	637	7
-1	638	4
-1	639	4
-1	640	6
-1	641	10
-1	642	10
-1	643	11
-1	644	8
-1	645	20
-1	646	18
-1	647	6
-1	648	7
-1	649	10
-1	650	15
-1	651	6
-1	652	11
-1	653	5
-1	654	5
-1	655	10
-1	656	5
-1	657	9
-1	658	4
-1	659	5
-1	660	4
-1	661	5
-1	662	7
-1	663	2
-1	664	6
-1	665	3
-1	666	2
-1	667	2
-1	668	5
-1	669	1
-1	670	2
-1	671	4
-1	672	3
-1	673	2
-1	674	2
-1	675	2
-1	676	3
-1	677	1
-1	679	1
-1	681	1
-1	682	2
-1	683	3
-1	684	4
-1	685	4
-1	686	3
-1	687	7
-1	688	3
-1	689	5
-1	690	4
-1	691	6
-1	692	6
-1	693	5
-1	694	9
-1	695	5
-1	696	9
-1	697	3
-1	698	6
-1	699	3
-1	700	2
-1	701	1
-1	702	1
-1	703	2
-1	704	3
-1	705	1
-1	706	1
-1	707	1
-1	708	1
-1	709	3
-1	710	2
-1	712	1
-1	713	1
-1	714	1
-1	717	3
-1	718	2
-1	719	2
-1	720	1
-1	722	2
-1	723	3
-1	724	6
-1	725	3
-1	726	2
-1	727	4
-1	728	5
-1	729	4
-1	730	3
-1	731	4
-1	732	4
-1	733	1
-1	734	4
-1	735	3
-1	737	4
-1	738	5
-1	739	4
-1	740	7
-1	741	1
-1	742	2
-1	743	4
-1	744	4
-1	745	8
-1	746	5
-1	747	2
-1	748	1
-1	749	2
-1	750	1
-1	752	3
-1	754	1
-1	757	3
-1	759	2
-1	764	2
-1	769	2
-1	770	1
-1	772	2
-1	773	2
-1	774	1
-1	775	2
-1	776	1
-1	777	1
-1	778	1
-1	779	4
-1	780	3
-1	782	1
-1	784	1
-1	785	2
-1	787	1
-1	788	4
-1	789	2
-1	790	2
-1	791	2
-1	792	2
-1	794	4
-1	795	7
-1	796	6
-1	797	1
-1	798	2
-1	799	1
-1	801	3
-1	802	1
-1	805	1
-1	807	6
-1	808	4
-1	809	4
-1	810	1
-1	811	4
-1	812	10
-1	813	11
-1	814	7
-1	815	2
-1	816	12
-1	817	5
-1	818	3
-1	819	13
-1	820	7
-1	821	7
-1	822	11
-1	823	10
-1	824	8
-1	825	6
-1	826	14
-1	827	14
-1	828	7
-1	829	4
-1	830	3
-1	831	7
-1	832	15
-1	833	9
-1	834	9
-1	835	6
-1	836	4
-1	837	7
-1	838	6
-1	839	11
-1	840	6
-1	841	5
-1	842	4
-1	843	9
-1	844	4
-1	845	3
-1	846	6
-1	847	6
-1	848	2
-1	849	2
-1	852	3
-1	853	2
-1	854	1
-1	856	2
-1	857	1
-1	858	1
-1	859	1
-1	860	1
-1	861	1
-1	862	1
-1	863	1
-1	865	2
-1	866	2
-1	870	2
-1	874	1
-1	876	1
-1	877	2
-1	878	1
-1	879	1
-1	880	1
-1	883	1
-1	885	4
-1	886	1
-1	887	1
-1	888	1
-1	889	1
-1	891	1
-1	894	1
-1	895	2
-1	897	1
-1	898	4
-1	899	2
-1	900	4
-1	901	3
-1	902	3
-1	903	2
-1	904	6
-1	905	5
-1	906	3
-1	907	10
-1	908	2
-1	909	4
-1	910	3
-1	911	2
-1	912	4
-1	913	2
-1	914	4
-1	915	1
-1	916	2
-1	917	1
-1	918	2
-1	919	4
-1	920	5
-1	921	4
-1	922	4
-1	923	1
-1	925	4
-1	926	2
-1	927	4
-1	929	2
-1	930	1
-1	931	2
-1	932	1
-1	935	1
-1	938	3
-1	939	2
-1	940	5
-1	942	4
-1	943	6
-1	944	3
-1	945	3
-1	946	3
-1	948	2
-1	949	1
-1	950	2
-1	951	4
-1	952	3
-1	953	1
-1	954	2
-1	956	1
-1	957	3
-1	958	2
-1	959	2
-1	962	1
-1	963	1
-1	964	1
-1	967	3
-1	968	3
-1	969	1
-1	970	4
-1	971	1
-1	973	1
-1	974	2
-1	975	2
-1	977	1
-1	980	1
-1	981	1
-1	982	2
-1	983	1
-1	984	1
-1	985	1
-1	988	4
-1	990	2
-1	991	2
-1	992	1
-1	993	2
-1	996	2
-1	1003	1
-1	1005	2
-1	1007	2
-1	1008	1
-1	1009	2
-1	1011	4
-1	1012	1
-1	1013	1
-1	1014	7
-1	1015	4
-1	1016	1
-1	1017	1
-1	1018	1
-1	1019	4
-1	1020	1
-1	1021	5
-1	1022	2
-1	1024	1
-1	1025	3
-1	1028	1
-1	1029	1
-1	1030	3
-1	1032	3
-1	1033	2
-1	1034	3
-1	1035	2
-1	1036	1
-1	1037	2
-1	1038	2
-1	1039	6
-1	1040	2
-1	1041	6
-1	1042	5
-1	1043	7
-1	1044	3
-1	1045	7
-1	1046	4
-1	1047	2
-1	1049	2
-1	1050	2
-1	1051	1
-1	1053	2
-1	1054	2
-1	1055	1
-1	1056	1
-1	1057	1
-1	1060	2
-1	1063	2
-1	1065	1
-1	1066	1
-1	1067	1
-1	1068	3
-1	1070	5
-1	1071	1
-1	1072	1
-1	1073	1
-1	1075	3
-1	1076	1
-1	1077	1
-1	1078	1
-1	1081	1
-1	1082	2
-1	1083	1
-1	1084	3
-1	1085	4
-1	1086	4
-1	1088	2
-1	1089	1
-1	1092	1
-1	1093	1
-1	1094	1
-1	1095	1
-1	1097	4
-1	1098	3
-1	1100	3
-1	1101	3
-1	1103	1
-1	1104	3
-1	1105	2
-1	1106	4
-1	1107	3
-1	1108	3
-1	1109	2
-1	1111	2
-1	1112	1
-1	1114	1
-1	1117	1
-1	1118	2
-1	1119	3
-1	1120	4
-1	1122	1
-1	1124	3
-1	1125	2
-1	1126	3
-1	1127	1
-1	1128	1
-1	1129	3
-1	1130	2
-1	1132	2
-1	1136	3
-1	1137	1
-1	1139	2
-1	1140	1
-1	1145	1
-1	1146	2
-1	1147	1
-1	1148	3
-1	1149	1
+1125	1125	1586
+1125	1126	1927
+1125	1127	919
+1125	1128	475
+1125	1129	512
+1125	1130	508
+1126	1126	2165
+1126	1127	1785
+1126	1128	603
+1126	1129	799
+1126	1130	769
+1127	1127	1466
+1127	1128	1156
+1127	1129	860
+1127	1130	768
+1128	1128	1299
+1128	1129	955
+1128	1130	785
+1129	1129	2036
+1129	1130	2490
+1130	1130	1704
diff --git a/inst/extdata/Rep2-110-chr1_200000.bed b/inst/extdata/Rep2-110-chr1_200000.bed
index 50bd00bcea4d3f27221c69412e9c78c113279fd7..a2c8e942a419335563d58a3fd1805f2137b7b4ac 100644
--- a/inst/extdata/Rep2-110-chr1_200000.bed
+++ b/inst/extdata/Rep2-110-chr1_200000.bed
@@ -1,1000 +1,21 @@
-1	1	437
-1	2	304
-1	3	348
-1	4	125
-1	5	61
-1	6	75
-1	7	56
-1	8	40
-1	9	39
-1	10	39
-1	11	30
-1	12	26
-1	13	23
-1	14	16
-1	15	20
-1	16	14
-1	17	9
-1	18	4
-1	19	5
-1	20	8
-1	21	13
-1	22	19
-1	23	10
-1	24	14
-1	25	13
-1	26	8
-1	27	9
-1	28	6
-1	29	8
-1	30	2
-1	31	7
-1	32	10
-1	33	8
-1	34	13
-1	35	15
-1	36	16
-1	37	15
-1	38	20
-1	39	10
-1	40	20
-1	41	12
-1	42	14
-1	43	19
-1	44	12
-1	45	16
-1	46	7
-1	47	14
-1	48	17
-1	49	8
-1	50	11
-1	51	6
-1	52	9
-1	53	7
-1	54	6
-1	55	5
-1	56	4
-1	57	3
-1	58	6
-1	59	5
-1	60	5
-1	61	2
-1	62	3
-1	63	4
-1	64	2
-1	66	1
-1	67	6
-1	69	3
-1	70	4
-1	71	6
-1	72	4
-1	73	6
-1	74	3
-1	75	1
-1	76	3
-1	77	5
-1	78	9
-1	79	8
-1	80	1
-1	81	13
-1	82	10
-1	83	6
-1	84	6
-1	85	1
-1	86	8
-1	87	6
-1	88	4
-1	89	2
-1	90	2
-1	91	1
-1	92	3
-1	93	5
-1	94	2
-1	95	2
-1	96	3
-1	97	2
-1	98	2
-1	99	2
-1	100	1
-1	101	2
-1	102	2
-1	103	3
-1	104	5
-1	105	1
-1	106	8
-1	107	3
-1	108	2
-1	109	6
-1	110	4
-1	111	5
-1	112	8
-1	113	6
-1	114	4
-1	115	2
-1	116	1
-1	118	1
-1	119	1
-1	120	3
-1	121	3
-1	122	1
-1	123	3
-1	124	1
-1	125	2
-1	126	3
-1	127	6
-1	130	2
-1	131	2
-1	132	3
-1	133	1
-1	134	2
-1	135	2
-1	136	2
-1	137	4
-1	138	4
-1	139	4
-1	140	6
-1	141	12
-1	142	5
-1	143	5
-1	144	3
-1	145	3
-1	146	1
-1	147	1
-1	148	3
-1	149	4
-1	150	2
-1	151	3
-1	152	2
-1	153	1
-1	154	7
-1	155	3
-1	156	3
-1	157	4
-1	158	4
-1	159	2
-1	160	2
-1	161	6
-1	162	3
-1	163	2
-1	164	3
-1	165	6
-1	166	3
-1	168	2
-1	169	6
-1	170	5
-1	171	6
-1	172	6
-1	173	4
-1	175	2
-1	176	2
-1	177	1
-1	178	3
-1	179	2
-1	180	1
-1	182	2
-1	183	3
-1	184	1
-1	185	2
-1	186	3
-1	187	2
-1	188	1
-1	189	1
-1	190	1
-1	191	1
-1	192	1
-1	193	3
-1	194	3
-1	195	2
-1	196	1
-1	197	2
-1	198	3
-1	199	1
-1	200	4
-1	202	2
-1	203	1
-1	204	2
-1	205	2
-1	206	5
-1	209	1
-1	210	1
-1	212	2
-1	215	2
-1	216	1
-1	217	4
-1	218	8
-1	219	4
-1	220	2
-1	221	3
-1	222	2
-1	223	3
-1	224	6
-1	225	2
-1	226	4
-1	227	5
-1	228	2
-1	230	3
-1	232	1
-1	233	1
-1	235	2
-1	237	1
-1	238	2
-1	239	3
-1	243	1
-1	247	1
-1	248	2
-1	250	3
-1	251	2
-1	252	2
-1	253	1
-1	254	1
-1	255	3
-1	257	3
-1	258	2
-1	259	2
-1	260	1
-1	262	1
-1	264	7
-1	266	2
-1	267	2
-1	268	1
-1	269	3
-1	270	8
-1	271	3
-1	272	3
-1	273	4
-1	274	1
-1	275	2
-1	278	2
-1	279	2
-1	280	3
-1	281	3
-1	282	3
-1	283	2
-1	284	3
-1	285	2
-1	286	3
-1	287	5
-1	288	3
-1	289	2
-1	290	2
-1	291	2
-1	292	5
-1	293	3
-1	296	1
-1	298	2
-1	300	2
-1	301	3
-1	302	2
-1	305	1
-1	306	1
-1	307	1
-1	309	1
-1	312	1
-1	313	2
-1	315	2
-1	316	2
-1	317	1
-1	318	1
-1	319	1
-1	320	1
-1	321	3
-1	330	4
-1	331	3
-1	332	4
-1	333	2
-1	336	1
-1	337	1
-1	338	2
-1	339	1
-1	340	1
-1	341	4
-1	342	1
-1	343	1
-1	344	1
-1	345	1
-1	346	1
-1	349	1
-1	350	1
-1	352	1
-1	353	1
-1	356	1
-1	357	1
-1	358	5
-1	360	3
-1	361	1
-1	362	4
-1	363	2
-1	364	2
-1	365	1
-1	367	6
-1	368	3
-1	369	5
-1	370	2
-1	372	3
-1	373	2
-1	374	5
-1	375	4
-1	376	5
-1	377	3
-1	378	4
-1	379	4
-1	380	3
-1	381	2
-1	383	3
-1	384	4
-1	385	3
-1	386	6
-1	387	3
-1	388	6
-1	389	3
-1	390	5
-1	391	7
-1	392	3
-1	393	1
-1	394	2
-1	395	1
-1	396	3
-1	397	3
-1	398	1
-1	399	3
-1	400	3
-1	401	1
-1	402	3
-1	403	2
-1	404	4
-1	406	2
-1	407	1
-1	408	3
-1	409	1
-1	410	1
-1	411	1
-1	412	2
-1	413	1
-1	414	2
-1	415	1
-1	416	1
-1	417	1
-1	419	1
-1	420	4
-1	421	3
-1	422	1
-1	423	1
-1	424	1
-1	425	3
-1	426	1
-1	427	2
-1	429	1
-1	430	1
-1	431	1
-1	433	1
-1	435	2
-1	437	2
-1	438	1
-1	439	1
-1	440	1
-1	441	1
-1	442	1
-1	444	2
-1	447	1
-1	448	1
-1	449	1
-1	451	3
-1	452	2
-1	453	3
-1	454	4
-1	456	2
-1	457	4
-1	458	1
-1	459	3
-1	461	2
-1	462	3
-1	463	3
-1	464	2
-1	465	1
-1	466	1
-1	468	1
-1	470	2
-1	471	1
-1	473	3
-1	474	3
-1	476	1
-1	477	1
-1	478	1
-1	479	3
-1	480	2
-1	481	3
-1	482	1
-1	483	1
-1	484	1
-1	485	4
-1	486	2
-1	488	3
-1	489	6
-1	490	1
-1	491	1
-1	492	4
-1	493	2
-1	494	2
-1	495	3
-1	496	3
-1	497	3
-1	498	2
-1	499	3
-1	500	2
-1	501	3
-1	502	1
-1	503	3
-1	504	4
-1	505	1
-1	507	1
-1	510	1
-1	511	2
-1	512	1
-1	513	1
-1	514	2
-1	519	1
-1	520	2
-1	523	2
-1	524	3
-1	525	6
-1	526	2
-1	527	1
-1	528	1
-1	529	1
-1	532	1
-1	534	3
-1	535	1
-1	538	2
-1	540	7
-1	541	3
-1	542	2
-1	543	3
-1	544	4
-1	545	2
-1	546	6
-1	547	6
-1	548	7
-1	549	5
-1	550	3
-1	551	1
-1	552	2
-1	553	3
-1	554	3
-1	556	2
-1	557	1
-1	558	2
-1	560	1
-1	561	1
-1	562	1
-1	563	2
-1	564	3
-1	567	1
-1	569	1
-1	570	3
-1	571	2
-1	572	1
-1	573	4
-1	574	3
-1	575	3
-1	576	6
-1	577	1
-1	578	1
-1	579	1
-1	582	1
-1	583	3
-1	584	1
-1	586	2
-1	590	1
-1	592	1
-1	594	2
-1	598	4
-1	599	1
-1	600	2
-1	601	1
-1	602	3
-1	606	1
-1	607	1
-1	608	1
-1	609	1
-1	610	1
-1	611	6
-1	613	1
-1	614	2
-1	616	3
-1	618	1
-1	620	1
-1	621	1
-1	622	2
-1	623	1
-1	627	1
-1	630	1
-1	632	1
-1	633	1
-1	634	2
-1	635	1
-1	636	1
-1	637	1
-1	639	2
-1	640	3
-1	641	1
-1	642	3
-1	643	3
-1	644	2
-1	645	6
-1	646	7
-1	647	4
-1	648	1
-1	649	3
-1	650	3
-1	651	1
-1	652	7
-1	653	7
-1	654	1
-1	655	2
-1	656	2
-1	657	7
-1	658	3
-1	660	2
-1	661	4
-1	662	2
-1	663	2
-1	664	2
-1	665	1
-1	666	2
-1	667	1
-1	669	2
-1	670	2
-1	672	2
-1	673	1
-1	675	1
-1	676	1
-1	680	1
-1	681	3
-1	682	4
-1	685	1
-1	686	4
-1	687	1
-1	688	3
-1	689	2
-1	690	3
-1	691	2
-1	692	3
-1	693	2
-1	697	2
-1	698	5
-1	699	3
-1	700	3
-1	702	3
-1	703	1
-1	704	2
-1	708	1
-1	709	1
-1	710	2
-1	711	1
-1	718	1
-1	719	1
-1	720	3
-1	721	1
-1	722	1
-1	723	2
-1	726	2
-1	727	5
-1	728	1
-1	729	1
-1	730	3
-1	731	1
-1	732	4
-1	733	1
-1	734	1
-1	735	1
-1	737	1
-1	738	3
-1	739	1
-1	741	1
-1	742	2
-1	743	2
-1	745	1
-1	746	2
-1	747	1
-1	748	1
-1	749	3
-1	750	4
-1	756	2
-1	757	1
-1	763	1
-1	764	1
-1	766	1
-1	767	1
-1	770	1
-1	772	1
-1	776	2
-1	780	1
-1	781	1
-1	783	3
-1	784	1
-1	789	2
-1	791	3
-1	792	3
-1	793	3
-1	794	1
-1	795	2
-1	796	1
-1	799	1
-1	801	1
-1	802	1
-1	807	3
-1	808	1
-1	809	1
-1	811	4
-1	812	1
-1	814	2
-1	815	2
-1	816	6
-1	817	3
-1	818	6
-1	819	5
-1	820	3
-1	821	5
-1	822	7
-1	823	1
-1	824	1
-1	825	2
-1	826	2
-1	827	4
-1	828	3
-1	829	1
-1	830	1
-1	831	4
-1	832	5
-1	833	1
-1	834	5
-1	835	1
-1	837	1
-1	838	3
-1	839	2
-1	840	2
-1	841	1
-1	843	1
-1	844	3
-1	845	7
-1	846	2
-1	847	1
-1	848	4
-1	849	1
-1	850	2
-1	854	1
-1	855	1
-1	856	1
-1	858	1
-1	859	1
-1	860	1
-1	865	1
-1	873	1
-1	874	1
-1	875	1
-1	880	1
-1	883	2
-1	886	1
-1	887	1
-1	896	1
-1	898	1
-1	899	1
-1	901	1
-1	902	1
-1	903	2
-1	906	5
-1	907	3
-1	909	1
-1	910	1
-1	911	3
-1	912	2
-1	913	2
-1	914	2
-1	915	2
-1	916	3
-1	917	4
-1	918	3
-1	920	2
-1	921	1
-1	922	1
-1	923	2
-1	924	2
-1	925	3
-1	926	1
-1	933	2
-1	935	1
-1	936	1
-1	938	1
-1	939	1
-1	940	2
-1	941	2
-1	942	1
-1	943	1
-1	945	1
-1	946	1
-1	947	1
-1	949	3
-1	950	5
-1	951	1
-1	953	3
-1	956	1
-1	957	2
-1	960	2
-1	962	1
-1	963	1
-1	964	2
-1	970	1
-1	972	1
-1	974	1
-1	976	1
-1	977	1
-1	981	1
-1	985	1
-1	986	1
-1	988	1
-1	992	1
-1	994	1
-1	997	1
-1	998	1
-1	1003	1
-1	1006	1
-1	1008	1
-1	1010	1
-1	1011	2
-1	1012	2
-1	1013	1
-1	1014	1
-1	1016	1
-1	1018	1
-1	1023	1
-1	1024	1
-1	1029	2
-1	1030	1
-1	1032	1
-1	1033	1
-1	1034	1
-1	1035	2
-1	1039	2
-1	1041	3
-1	1042	5
-1	1043	1
-1	1044	2
-1	1045	2
-1	1046	2
-1	1047	1
-1	1048	2
-1	1050	1
-1	1052	1
-1	1056	1
-1	1058	1
-1	1060	1
-1	1066	1
-1	1068	1
-1	1069	2
-1	1070	1
-1	1071	1
-1	1073	1
-1	1075	1
-1	1077	3
-1	1080	1
-1	1082	1
-1	1083	2
-1	1084	2
-1	1087	1
-1	1094	1
-1	1096	1
-1	1097	1
-1	1098	2
-1	1104	2
-1	1105	1
-1	1106	1
-1	1107	1
-1	1108	2
-1	1109	1
-1	1111	1
-1	1112	1
-1	1114	1
-1	1117	2
-1	1118	1
-1	1119	3
-1	1121	1
-1	1122	2
-1	1124	2
-1	1127	1
-1	1128	1
-1	1130	1
-1	1131	1
-1	1133	1
-1	1134	1
-1	1135	1
-1	1141	2
-1	1142	1
-1	1146	1
-1	1148	1
-1	1149	3
-1	1152	2
-1	1153	1
-1	1154	1
-1	1155	1
-1	1157	1
-1	1159	2
-1	1161	1
-1	1162	1
-1	1163	3
-1	1164	2
-1	1166	1
-1	1167	2
-1	1171	1
-1	1172	2
-1	1175	1
-1	1176	4
-1	1178	1
-1	1180	1
-1	1181	3
-1	1182	2
-1	1183	4
-1	1184	2
-1	1185	1
-1	1187	1
-1	1188	1
-1	1189	2
-1	1190	2
-1	1191	1
-1	1192	2
-1	1193	3
-1	1194	1
-1	1195	1
-1	1196	1
-1	1197	4
-1	1198	2
-1	1199	1
-1	1200	2
-1	1201	5
-1	1203	4
-1	1204	1
-1	1207	3
-1	1209	1
-1	1210	2
-1	1212	2
-1	1215	1
-1	1216	2
-1	1217	1
-1	1224	1
-1	1228	1
-1	1230	1
-1	1233	1
-1	1234	1
-1	1235	1
-1	1236	3
-1	1239	1
-1	1240	2
-1	1241	2
-1	1242	3
-1	1243	1
-1	1244	2
-1	1245	2
-1	1246	2
-1	1247	2
-1	1248	3
-1	1250	3
-1	1252	3
-1	1253	1
-1	1254	1
-1	1255	2
-1	1256	1
-1	1257	5
-1	1259	3
-1	1260	2
-1	1261	1
-1	1262	1
-1	1266	1
-1	1267	1
-1	1269	2
-1	1270	4
-1	1273	2
-1	1274	7
-1	1275	2
-1	1276	2
-1	1277	6
-1	1278	2
-1	1279	1
-1	1280	1
-1	1281	1
-1	1282	2
-1	1284	4
-1	1285	3
-1	1286	1
-1	1288	1
-1	1289	1
-1	1295	1
-1	1298	2
-1	1301	1
-1	1303	1
-1	1305	2
-1	1306	3
-1	1307	3
-1	1308	1
-1	1310	1
-1	1311	2
-1	1312	3
-1	1315	1
-1	1317	1
-1	1318	1
-1	1319	4
-1	1320	1
-1	1321	1
-1	1322	1
-1	1323	6
-1	1324	4
-1	1325	1
-1	1326	5
-1	1327	3
-1	1328	1
-1	1329	7
-1	1330	3
-1	1331	6
-1	1332	4
-1	1333	3
-1	1334	2
-1	1335	3
-1	1336	2
-1	1337	4
-1	1338	6
-1	1339	3
-1	1340	7
-1	1341	6
-1	1342	4
-1	1343	3
-1	1344	5
-1	1345	5
-1	1346	4
-1	1347	3
-1	1348	6
-1	1349	1
-1	1350	3
-1	1351	7
-1	1352	6
-1	1353	4
-1	1354	8
-1	1355	8
-1	1356	8
-1	1357	4
-1	1358	7
-1	1359	5
-1	1360	6
-1	1361	8
-1	1362	10
-1	1363	9
-1	1364	6
-1	1365	5
-1	1366	1
-1	1367	1
-1	1368	6
-1	1369	2
-1	1370	6
-1	1371	5
-1	1372	3
-2	2	332
-2	3	319
-2	4	83
-2	5	71
-2	6	53
-2	7	42
-2	8	48
-2	9	37
-2	10	37
-2	11	24
-2	12	26
-2	13	18
-2	14	13
-2	15	19
-2	16	16
-2	17	14
-2	18	6
-2	19	8
-2	20	7
-2	21	6
-2	22	11
-2	23	7
-2	24	11
-2	25	17
+1125	1125	665
+1125	1126	882
+1125	1127	378
+1125	1128	179
+1125	1129	208
+1125	1130	228
+1126	1126	1000
+1126	1127	811
+1126	1128	218
+1126	1129	293
+1126	1130	314
+1127	1127	684
+1127	1128	455
+1127	1129	272
+1127	1130	324
+1128	1128	601
+1128	1129	322
+1128	1130	339
+1129	1129	899
+1129	1130	1038
+1130	1130	733
diff --git a/inst/extdata/Rep2-90-chr1_200000.bed b/inst/extdata/Rep2-90-chr1_200000.bed
index 6178398451ae649e434d6e29fb490efe961e2348..49f8f8ae5687888051eef3a3bc7897f0977f55b4 100644
--- a/inst/extdata/Rep2-90-chr1_200000.bed
+++ b/inst/extdata/Rep2-90-chr1_200000.bed
@@ -1,1000 +1,21 @@
-1	1	1204
-1	2	1027
-1	3	1203
-1	4	365
-1	5	346
-1	6	226
-1	7	215
-1	8	188
-1	9	136
-1	10	140
-1	11	90
-1	12	92
-1	13	68
-1	14	57
-1	15	56
-1	16	35
-1	17	37
-1	18	38
-1	19	18
-1	20	19
-1	21	25
-1	22	38
-1	23	19
-1	24	26
-1	25	38
-1	26	30
-1	27	21
-1	28	16
-1	29	31
-1	30	22
-1	31	27
-1	32	19
-1	33	36
-1	34	31
-1	35	52
-1	36	27
-1	37	43
-1	38	61
-1	39	39
-1	40	53
-1	41	49
-1	42	49
-1	43	41
-1	44	25
-1	45	23
-1	46	20
-1	47	36
-1	48	39
-1	49	26
-1	50	24
-1	51	14
-1	52	13
-1	53	7
-1	54	11
-1	55	20
-1	56	14
-1	57	11
-1	58	23
-1	59	17
-1	60	19
-1	61	17
-1	62	10
-1	63	7
-1	64	3
-1	65	8
-1	66	6
-1	67	10
-1	68	8
-1	69	6
-1	70	5
-1	71	8
-1	72	7
-1	73	21
-1	74	6
-1	75	12
-1	76	21
-1	77	20
-1	78	23
-1	79	14
-1	80	27
-1	81	20
-1	82	10
-1	83	15
-1	84	13
-1	85	23
-1	86	17
-1	87	9
-1	88	14
-1	89	10
-1	90	14
-1	91	11
-1	92	9
-1	93	4
-1	94	7
-1	95	9
-1	96	3
-1	97	2
-1	98	7
-1	99	6
-1	100	3
-1	101	3
-1	102	4
-1	103	8
-1	104	9
-1	105	5
-1	106	7
-1	107	12
-1	108	13
-1	109	17
-1	110	12
-1	111	13
-1	112	15
-1	113	23
-1	114	12
-1	115	6
-1	116	6
-1	117	4
-1	118	1
-1	119	1
-1	120	1
-1	121	3
-1	122	3
-1	123	4
-1	124	3
-1	125	4
-1	126	8
-1	127	9
-1	128	3
-1	129	8
-1	130	12
-1	131	4
-1	132	5
-1	133	14
-1	134	17
-1	135	11
-1	136	11
-1	137	10
-1	138	10
-1	139	6
-1	140	9
-1	141	15
-1	142	13
-1	143	11
-1	144	10
-1	145	15
-1	146	12
-1	147	6
-1	148	7
-1	149	6
-1	150	4
-1	151	5
-1	152	5
-1	153	3
-1	154	10
-1	155	5
-1	156	9
-1	157	14
-1	158	11
-1	159	10
-1	160	7
-1	161	15
-1	162	12
-1	163	7
-1	164	17
-1	165	14
-1	166	8
-1	167	5
-1	168	5
-1	169	9
-1	170	7
-1	171	7
-1	172	5
-1	173	5
-1	174	9
-1	175	4
-1	176	4
-1	177	2
-1	178	6
-1	179	4
-1	180	4
-1	181	7
-1	182	7
-1	183	7
-1	184	2
-1	185	5
-1	186	7
-1	187	2
-1	188	12
-1	189	8
-1	190	6
-1	191	4
-1	194	2
-1	195	3
-1	196	8
-1	197	3
-1	198	4
-1	199	3
-1	200	1
-1	201	1
-1	202	1
-1	203	3
-1	204	6
-1	205	3
-1	206	3
-1	207	4
-1	208	2
-1	209	2
-1	210	1
-1	211	2
-1	212	1
-1	213	6
-1	214	3
-1	215	4
-1	216	5
-1	217	8
-1	218	2
-1	219	12
-1	220	2
-1	221	5
-1	222	12
-1	223	6
-1	224	6
-1	225	7
-1	226	3
-1	227	2
-1	228	5
-1	230	5
-1	231	3
-1	233	1
-1	234	3
-1	235	2
-1	236	2
-1	237	3
-1	238	2
-1	239	2
-1	240	1
-1	242	3
-1	243	2
-1	244	3
-1	245	1
-1	246	3
-1	247	3
-1	248	3
-1	249	2
-1	250	3
-1	251	4
-1	252	3
-1	253	4
-1	255	1
-1	256	4
-1	257	5
-1	258	2
-1	259	1
-1	260	3
-1	261	2
-1	262	4
-1	263	6
-1	264	7
-1	265	10
-1	266	2
-1	267	4
-1	268	5
-1	269	9
-1	270	8
-1	271	10
-1	272	6
-1	273	6
-1	274	6
-1	275	7
-1	276	2
-1	277	1
-1	278	6
-1	279	12
-1	280	13
-1	281	8
-1	282	7
-1	283	3
-1	284	2
-1	285	5
-1	286	9
-1	287	9
-1	288	8
-1	289	11
-1	290	7
-1	291	12
-1	292	2
-1	293	9
-1	294	6
-1	295	7
-1	296	6
-1	297	1
-1	298	4
-1	300	3
-1	301	4
-1	302	1
-1	303	5
-1	304	3
-1	305	3
-1	306	4
-1	307	1
-1	309	3
-1	310	1
-1	311	1
-1	312	1
-1	313	1
-1	314	2
-1	315	2
-1	316	3
-1	318	1
-1	319	8
-1	320	3
-1	321	6
-1	322	2
-1	326	2
-1	327	6
-1	328	2
-1	329	3
-1	330	3
-1	331	6
-1	332	7
-1	333	2
-1	334	1
-1	335	6
-1	336	6
-1	337	2
-1	338	10
-1	339	6
-1	340	2
-1	341	6
-1	342	4
-1	343	3
-1	344	3
-1	347	1
-1	348	2
-1	351	1
-1	352	4
-1	353	1
-1	354	3
-1	355	2
-1	356	5
-1	357	1
-1	358	6
-1	359	8
-1	360	12
-1	361	11
-1	362	9
-1	363	6
-1	364	5
-1	365	2
-1	366	4
-1	367	5
-1	368	5
-1	369	13
-1	370	5
-1	371	4
-1	372	8
-1	373	5
-1	374	12
-1	375	11
-1	376	7
-1	377	9
-1	378	5
-1	379	5
-1	380	8
-1	381	5
-1	382	5
-1	383	3
-1	384	7
-1	385	4
-1	386	5
-1	387	8
-1	388	13
-1	389	18
-1	390	5
-1	391	19
-1	392	11
-1	393	7
-1	394	7
-1	395	2
-1	396	4
-1	397	13
-1	398	3
-1	399	8
-1	400	11
-1	401	5
-1	403	3
-1	404	3
-1	406	1
-1	407	2
-1	408	2
-1	409	4
-1	410	3
-1	411	3
-1	412	1
-1	413	2
-1	414	2
-1	415	4
-1	416	1
-1	417	6
-1	418	4
-1	419	4
-1	420	3
-1	421	2
-1	422	5
-1	423	3
-1	424	2
-1	426	3
-1	427	1
-1	428	3
-1	429	1
-1	430	5
-1	431	1
-1	432	1
-1	433	1
-1	434	1
-1	435	5
-1	436	2
-1	437	3
-1	438	3
-1	442	1
-1	443	1
-1	444	2
-1	445	1
-1	446	1
-1	448	3
-1	449	2
-1	450	3
-1	451	4
-1	452	2
-1	453	7
-1	454	9
-1	455	7
-1	456	5
-1	457	6
-1	458	5
-1	459	4
-1	460	1
-1	461	8
-1	462	4
-1	463	7
-1	464	10
-1	465	4
-1	466	3
-1	467	2
-1	468	2
-1	469	1
-1	470	1
-1	471	2
-1	472	2
-1	473	5
-1	474	4
-1	475	3
-1	476	2
-1	477	4
-1	478	1
-1	479	4
-1	480	7
-1	481	4
-1	482	10
-1	483	4
-1	484	7
-1	485	5
-1	486	4
-1	487	4
-1	488	7
-1	489	9
-1	490	6
-1	491	6
-1	492	10
-1	493	8
-1	494	6
-1	495	5
-1	496	6
-1	497	4
-1	498	4
-1	499	5
-1	500	2
-1	501	5
-1	502	2
-1	503	1
-1	504	4
-1	505	2
-1	506	2
-1	507	2
-1	509	1
-1	510	1
-1	511	1
-1	512	2
-1	513	1
-1	514	1
-1	515	2
-1	516	3
-1	517	1
-1	519	4
-1	520	1
-1	521	1
-1	522	1
-1	523	2
-1	524	2
-1	525	9
-1	526	8
-1	527	5
-1	528	5
-1	529	5
-1	530	4
-1	531	3
-1	532	5
-1	533	4
-1	534	2
-1	535	4
-1	536	6
-1	537	7
-1	538	4
-1	539	6
-1	540	10
-1	541	11
-1	542	9
-1	543	10
-1	544	11
-1	545	7
-1	546	13
-1	547	8
-1	548	15
-1	549	10
-1	550	6
-1	551	7
-1	552	5
-1	553	3
-1	554	10
-1	555	5
-1	556	4
-1	557	6
-1	558	8
-1	559	1
-1	560	3
-1	561	1
-1	562	6
-1	563	1
-1	564	17
-1	565	8
-1	566	4
-1	567	3
-1	568	10
-1	569	5
-1	570	3
-1	571	6
-1	572	3
-1	573	1
-1	574	4
-1	575	5
-1	576	6
-1	577	6
-1	578	1
-1	579	3
-1	580	4
-1	581	6
-1	582	4
-1	583	2
-1	585	1
-1	586	1
-1	589	4
-1	591	1
-1	592	1
-1	593	1
-1	594	4
-1	597	2
-1	598	2
-1	599	4
-1	601	2
-1	602	2
-1	604	2
-1	606	3
-1	607	3
-1	608	2
-1	609	1
-1	610	5
-1	611	3
-1	612	4
-1	613	1
-1	614	3
-1	615	1
-1	616	1
-1	617	3
-1	618	3
-1	619	3
-1	620	5
-1	621	1
-1	622	4
-1	623	3
-1	625	1
-1	626	1
-1	627	3
-1	628	1
-1	629	1
-1	631	3
-1	632	2
-1	633	3
-1	634	6
-1	635	1
-1	636	2
-1	637	3
-1	638	3
-1	639	5
-1	640	10
-1	641	10
-1	642	7
-1	643	7
-1	644	18
-1	645	7
-1	646	15
-1	647	10
-1	648	12
-1	649	12
-1	650	12
-1	651	8
-1	652	6
-1	653	13
-1	654	4
-1	655	12
-1	656	10
-1	657	9
-1	658	1
-1	659	4
-1	660	5
-1	661	3
-1	662	5
-1	663	5
-1	664	8
-1	665	3
-1	666	2
-1	667	1
-1	669	1
-1	670	1
-1	671	4
-1	672	1
-1	673	3
-1	678	1
-1	681	3
-1	682	2
-1	683	4
-1	684	3
-1	686	6
-1	687	3
-1	688	6
-1	689	8
-1	690	8
-1	691	4
-1	692	3
-1	693	6
-1	694	5
-1	695	4
-1	696	2
-1	697	1
-1	698	8
-1	699	2
-1	700	3
-1	701	3
-1	702	3
-1	703	2
-1	704	2
-1	706	2
-1	707	2
-1	708	3
-1	709	2
-1	710	4
-1	712	2
-1	713	1
-1	715	1
-1	716	4
-1	717	1
-1	718	2
-1	719	2
-1	720	1
-1	721	1
-1	722	3
-1	723	5
-1	724	1
-1	725	3
-1	726	3
-1	727	3
-1	728	2
-1	729	2
-1	730	5
-1	731	8
-1	732	3
-1	733	5
-1	734	1
-1	735	2
-1	736	4
-1	737	1
-1	738	3
-1	739	4
-1	740	3
-1	741	3
-1	742	4
-1	743	3
-1	744	2
-1	745	4
-1	746	2
-1	747	2
-1	748	5
-1	749	1
-1	750	1
-1	751	1
-1	752	1
-1	753	1
-1	754	3
-1	755	1
-1	758	1
-1	759	1
-1	763	1
-1	766	2
-1	769	1
-1	770	1
-1	771	1
-1	774	1
-1	775	2
-1	776	2
-1	780	2
-1	782	4
-1	787	1
-1	789	1
-1	791	1
-1	792	2
-1	793	3
-1	794	4
-1	795	3
-1	796	2
-1	797	1
-1	798	6
-1	799	2
-1	800	1
-1	801	4
-1	802	1
-1	806	2
-1	807	5
-1	808	3
-1	809	4
-1	810	4
-1	811	6
-1	812	10
-1	813	5
-1	814	5
-1	815	8
-1	816	10
-1	817	12
-1	818	8
-1	819	13
-1	820	10
-1	821	5
-1	822	6
-1	823	8
-1	824	9
-1	825	6
-1	826	7
-1	827	10
-1	828	7
-1	829	5
-1	830	11
-1	831	10
-1	832	13
-1	833	10
-1	834	9
-1	835	4
-1	836	6
-1	837	6
-1	838	8
-1	839	7
-1	840	8
-1	841	7
-1	842	12
-1	843	3
-1	844	5
-1	845	3
-1	846	4
-1	847	7
-1	848	3
-1	849	2
-1	850	2
-1	851	1
-1	852	2
-1	853	3
-1	855	1
-1	856	1
-1	857	1
-1	860	2
-1	863	1
-1	864	1
-1	865	1
-1	868	2
-1	869	1
-1	870	1
-1	872	1
-1	873	1
-1	874	1
-1	875	1
-1	876	2
-1	877	1
-1	878	1
-1	879	2
-1	880	1
-1	881	2
-1	882	1
-1	885	1
-1	895	1
-1	899	1
-1	900	1
-1	901	4
-1	902	4
-1	904	6
-1	905	4
-1	906	4
-1	907	9
-1	908	1
-1	909	7
-1	910	6
-1	911	3
-1	912	4
-1	913	4
-1	914	7
-1	915	3
-1	916	6
-1	917	5
-1	918	8
-1	919	5
-1	920	6
-1	921	3
-1	922	3
-1	923	3
-1	924	5
-1	925	1
-1	926	3
-1	927	2
-1	928	1
-1	929	5
-1	930	4
-1	931	2
-1	932	1
-1	933	1
-1	934	3
-1	935	1
-1	936	2
-1	937	2
-1	938	2
-1	939	2
-1	940	6
-1	942	1
-1	943	3
-1	944	3
-1	945	2
-1	947	3
-1	948	1
-1	949	2
-1	950	6
-1	951	3
-1	952	1
-1	953	4
-1	954	2
-1	955	2
-1	956	1
-1	957	1
-1	958	3
-1	959	3
-1	960	1
-1	961	2
-1	962	1
-1	965	1
-1	968	3
-1	969	1
-1	970	3
-1	971	1
-1	972	3
-1	973	4
-1	974	1
-1	975	1
-1	976	2
-1	977	1
-1	980	2
-1	981	1
-1	983	1
-1	984	1
-1	985	3
-1	986	2
-1	988	1
-1	993	2
-1	994	1
-1	996	2
-1	998	1
-1	999	2
-1	1000	3
-1	1001	2
-1	1002	1
-1	1004	3
-1	1005	1
-1	1006	1
-1	1007	1
-1	1008	1
-1	1009	2
-1	1010	1
-1	1011	2
-1	1012	1
-1	1013	1
-1	1014	4
-1	1015	2
-1	1017	5
-1	1018	1
-1	1019	5
-1	1020	2
-1	1021	2
-1	1022	3
-1	1023	1
-1	1024	5
-1	1025	3
-1	1026	1
-1	1027	5
-1	1028	1
-1	1029	3
-1	1030	1
-1	1032	6
-1	1033	2
-1	1034	3
-1	1035	2
-1	1036	2
-1	1037	4
-1	1038	3
-1	1039	2
-1	1040	2
-1	1041	3
-1	1042	6
-1	1043	8
-1	1044	4
-1	1045	6
-1	1046	1
-1	1047	4
-1	1049	1
-1	1050	2
-1	1054	2
-1	1055	1
-1	1058	2
-1	1059	2
-1	1064	2
-1	1065	1
-1	1066	2
-1	1068	1
-1	1069	4
-1	1070	1
-1	1072	3
-1	1073	2
-1	1076	2
-1	1077	3
-1	1078	3
-1	1079	1
-1	1080	1
-1	1082	1
-1	1083	4
-1	1084	2
-1	1085	2
-1	1086	1
-1	1087	3
-1	1088	3
-1	1089	1
-1	1092	5
-1	1094	2
-1	1096	2
-1	1097	3
-1	1098	2
-1	1099	4
-1	1100	3
-1	1101	2
-1	1102	1
-1	1103	1
-1	1104	1
-1	1105	4
-1	1106	1
-1	1107	4
-1	1108	2
-1	1109	3
-1	1110	2
-1	1111	1
-1	1112	1
-1	1113	2
-1	1114	3
-1	1115	2
-1	1116	1
-1	1117	1
-1	1119	1
-1	1120	1
-1	1122	4
-1	1124	1
-1	1126	1
-1	1127	2
-1	1129	2
-1	1130	3
-1	1131	2
-1	1136	1
-1	1139	1
-1	1141	1
-1	1142	1
-1	1143	3
-1	1144	1
+1125	1125	1104
+1125	1126	1366
+1125	1127	576
+1125	1128	305
+1125	1129	398
+1125	1130	340
+1126	1126	1561
+1126	1127	1179
+1126	1128	426
+1126	1129	640
+1126	1130	526
+1127	1127	928
+1127	1128	827
+1127	1129	646
+1127	1130	534
+1128	1128	889
+1128	1129	714
+1128	1130	540
+1129	1129	1544
+1129	1130	1855
+1130	1130	1157
diff --git a/inst/extdata/Rep3-110-chr1_200000.bed b/inst/extdata/Rep3-110-chr1_200000.bed
index 1989898d42f0ce2d99708cf19e8927ecb61fb54e..eb68ee467c76007a8d7b347a848ac6cf186d51b2 100644
--- a/inst/extdata/Rep3-110-chr1_200000.bed
+++ b/inst/extdata/Rep3-110-chr1_200000.bed
@@ -1,1000 +1,21 @@
-1	1	848
-1	2	652
-1	3	790
-1	4	300
-1	5	211
-1	6	143
-1	7	136
-1	8	120
-1	9	94
-1	10	108
-1	11	88
-1	12	55
-1	13	66
-1	14	41
-1	15	40
-1	16	23
-1	17	20
-1	18	8
-1	19	13
-1	20	24
-1	21	14
-1	22	33
-1	23	24
-1	24	35
-1	25	34
-1	26	34
-1	27	20
-1	28	20
-1	29	21
-1	30	30
-1	31	23
-1	32	22
-1	33	21
-1	34	20
-1	35	36
-1	36	25
-1	37	35
-1	38	30
-1	39	25
-1	40	31
-1	41	31
-1	42	41
-1	43	26
-1	44	27
-1	45	28
-1	46	19
-1	47	19
-1	48	30
-1	49	21
-1	50	20
-1	51	20
-1	52	13
-1	53	5
-1	54	11
-1	55	8
-1	56	8
-1	57	10
-1	58	17
-1	59	7
-1	60	8
-1	61	11
-1	62	10
-1	63	10
-1	64	3
-1	65	4
-1	66	4
-1	67	6
-1	68	6
-1	69	7
-1	70	16
-1	71	11
-1	72	12
-1	73	14
-1	74	8
-1	75	5
-1	76	14
-1	77	11
-1	78	16
-1	79	14
-1	80	13
-1	81	17
-1	82	19
-1	83	16
-1	84	9
-1	85	22
-1	86	11
-1	87	9
-1	88	15
-1	89	7
-1	90	3
-1	91	6
-1	92	4
-1	93	7
-1	94	9
-1	95	3
-1	96	3
-1	97	2
-1	98	5
-1	99	23
-1	100	4
-1	101	3
-1	102	11
-1	103	7
-1	104	12
-1	105	9
-1	106	11
-1	107	14
-1	108	4
-1	109	11
-1	110	13
-1	111	10
-1	112	13
-1	113	7
-1	114	8
-1	115	4
-1	116	2
-1	117	2
-1	118	1
-1	119	1
-1	120	4
-1	121	3
-1	122	5
-1	123	8
-1	124	4
-1	126	8
-1	127	6
-1	128	5
-1	129	8
-1	130	5
-1	131	9
-1	132	9
-1	133	12
-1	134	8
-1	135	5
-1	136	6
-1	137	6
-1	138	7
-1	139	8
-1	140	9
-1	141	11
-1	142	14
-1	143	8
-1	144	7
-1	145	8
-1	146	4
-1	147	6
-1	148	2
-1	149	7
-1	150	7
-1	151	3
-1	152	9
-1	153	11
-1	154	10
-1	155	6
-1	156	3
-1	157	9
-1	158	8
-1	159	1
-1	160	5
-1	161	3
-1	162	8
-1	163	7
-1	164	6
-1	165	9
-1	166	13
-1	167	3
-1	168	14
-1	169	9
-1	170	16
-1	171	11
-1	172	13
-1	173	2
-1	174	5
-1	175	5
-1	176	3
-1	177	4
-1	178	2
-1	179	6
-1	180	9
-1	181	6
-1	182	2
-1	183	2
-1	184	3
-1	185	5
-1	186	5
-1	187	4
-1	188	8
-1	189	6
-1	190	7
-1	191	6
-1	192	4
-1	193	2
-1	194	1
-1	195	1
-1	196	10
-1	197	7
-1	198	5
-1	199	3
-1	200	3
-1	201	6
-1	202	9
-1	203	7
-1	204	3
-1	205	1
-1	206	3
-1	207	4
-1	208	6
-1	209	4
-1	210	1
-1	211	4
-1	212	2
-1	213	1
-1	214	5
-1	215	2
-1	216	5
-1	217	14
-1	218	9
-1	219	9
-1	220	1
-1	221	6
-1	222	6
-1	223	10
-1	224	13
-1	225	2
-1	226	6
-1	227	6
-1	228	2
-1	229	3
-1	230	4
-1	231	6
-1	232	4
-1	233	2
-1	234	4
-1	236	3
-1	237	6
-1	238	6
-1	239	5
-1	240	1
-1	241	4
-1	242	5
-1	243	2
-1	245	4
-1	246	5
-1	247	2
-1	248	4
-1	249	2
-1	250	3
-1	251	6
-1	252	8
-1	253	4
-1	254	3
-1	255	6
-1	256	1
-1	257	8
-1	258	4
-1	259	3
-1	260	5
-1	261	4
-1	262	4
-1	263	7
-1	264	8
-1	265	7
-1	266	3
-1	267	5
-1	268	10
-1	269	4
-1	270	5
-1	271	3
-1	272	7
-1	273	9
-1	274	9
-1	275	2
-1	276	7
-1	277	4
-1	278	4
-1	279	9
-1	280	8
-1	281	7
-1	282	7
-1	283	5
-1	284	3
-1	285	3
-1	286	12
-1	287	6
-1	288	9
-1	289	8
-1	290	10
-1	291	10
-1	292	7
-1	293	9
-1	294	1
-1	295	1
-1	296	1
-1	297	3
-1	298	4
-1	299	6
-1	300	5
-1	301	4
-1	302	4
-1	303	3
-1	304	2
-1	305	3
-1	306	2
-1	307	2
-1	308	3
-1	310	2
-1	311	1
-1	312	4
-1	313	6
-1	314	1
-1	316	2
-1	317	1
-1	318	1
-1	319	2
-1	320	5
-1	321	4
-1	322	9
-1	323	4
-1	324	1
-1	325	4
-1	326	3
-1	327	2
-1	328	4
-1	329	3
-1	330	6
-1	331	2
-1	332	4
-1	333	9
-1	334	2
-1	335	4
-1	336	7
-1	337	3
-1	338	4
-1	339	3
-1	340	3
-1	341	1
-1	342	2
-1	343	1
-1	344	1
-1	345	3
-1	346	2
-1	347	6
-1	349	4
-1	351	4
-1	353	2
-1	354	3
-1	355	3
-1	356	7
-1	357	5
-1	358	5
-1	359	3
-1	360	3
-1	361	10
-1	362	1
-1	363	6
-1	364	2
-1	365	2
-1	366	2
-1	367	11
-1	368	6
-1	369	9
-1	370	5
-1	371	4
-1	372	9
-1	373	3
-1	374	17
-1	375	15
-1	376	10
-1	377	18
-1	378	12
-1	379	5
-1	380	5
-1	381	1
-1	382	7
-1	383	3
-1	384	4
-1	385	5
-1	386	6
-1	387	13
-1	388	8
-1	389	7
-1	390	5
-1	391	12
-1	392	5
-1	393	6
-1	394	4
-1	395	5
-1	396	2
-1	397	6
-1	398	8
-1	399	14
-1	401	6
-1	402	2
-1	403	3
-1	405	2
-1	406	4
-1	407	6
-1	408	2
-1	409	3
-1	410	3
-1	411	5
-1	412	3
-1	413	2
-1	415	4
-1	416	4
-1	417	1
-1	418	2
-1	419	2
-1	420	2
-1	421	1
-1	422	8
-1	423	4
-1	424	2
-1	425	6
-1	426	1
-1	427	3
-1	428	5
-1	429	2
-1	430	9
-1	431	1
-1	432	4
-1	433	2
-1	434	4
-1	435	7
-1	436	6
-1	437	4
-1	438	3
-1	441	2
-1	442	1
-1	444	1
-1	445	2
-1	447	4
-1	449	6
-1	450	3
-1	451	5
-1	452	4
-1	453	12
-1	454	6
-1	455	3
-1	456	3
-1	457	3
-1	458	2
-1	459	3
-1	460	3
-1	461	6
-1	462	10
-1	463	2
-1	466	1
-1	467	2
-1	468	3
-1	469	2
-1	470	3
-1	471	2
-1	472	6
-1	473	12
-1	474	5
-1	475	2
-1	476	5
-1	477	1
-1	478	9
-1	479	2
-1	480	2
-1	481	4
-1	482	2
-1	483	3
-1	484	8
-1	485	5
-1	486	5
-1	487	3
-1	488	3
-1	489	5
-1	490	6
-1	491	9
-1	492	9
-1	493	8
-1	494	9
-1	495	5
-1	496	7
-1	497	5
-1	498	5
-1	499	3
-1	500	2
-1	501	3
-1	502	4
-1	503	6
-1	504	1
-1	505	3
-1	506	1
-1	507	1
-1	508	4
-1	509	1
-1	510	2
-1	512	1
-1	513	3
-1	514	1
-1	515	1
-1	516	1
-1	518	4
-1	519	7
-1	520	4
-1	521	2
-1	522	3
-1	523	6
-1	524	5
-1	525	6
-1	526	4
-1	527	2
-1	528	3
-1	529	1
-1	530	1
-1	531	8
-1	532	3
-1	533	2
-1	534	4
-1	535	3
-1	536	10
-1	537	1
-1	538	6
-1	539	11
-1	540	8
-1	541	7
-1	542	7
-1	543	18
-1	544	11
-1	545	12
-1	546	9
-1	547	6
-1	548	14
-1	549	14
-1	550	5
-1	551	4
-1	552	6
-1	553	3
-1	554	9
-1	555	4
-1	556	4
-1	557	4
-1	558	7
-1	560	6
-1	561	4
-1	563	5
-1	564	7
-1	565	5
-1	566	3
-1	567	4
-1	568	6
-1	569	2
-1	570	2
-1	571	6
-1	572	6
-1	573	7
-1	574	5
-1	575	12
-1	576	10
-1	577	5
-1	578	3
-1	579	7
-1	580	1
-1	581	3
-1	582	7
-1	583	6
-1	585	2
-1	586	1
-1	587	3
-1	588	3
-1	589	5
-1	590	3
-1	594	2
-1	595	2
-1	596	1
-1	597	3
-1	598	2
-1	599	1
-1	600	3
-1	601	1
-1	602	1
-1	603	3
-1	604	1
-1	605	3
-1	606	1
-1	607	4
-1	608	1
-1	609	2
-1	611	3
-1	613	2
-1	614	1
-1	615	1
-1	616	2
-1	617	3
-1	618	2
-1	619	2
-1	620	1
-1	621	1
-1	622	2
-1	623	1
-1	626	1
-1	627	1
-1	628	1
-1	629	1
-1	630	2
-1	631	3
-1	632	2
-1	633	1
-1	634	3
-1	636	1
-1	637	2
-1	638	4
-1	639	8
-1	640	7
-1	641	3
-1	642	5
-1	643	4
-1	644	8
-1	645	11
-1	646	7
-1	647	4
-1	648	9
-1	649	7
-1	650	3
-1	651	7
-1	652	5
-1	653	5
-1	654	6
-1	655	6
-1	656	10
-1	657	6
-1	658	4
-1	659	4
-1	660	1
-1	661	6
-1	662	4
-1	663	8
-1	664	5
-1	665	2
-1	666	3
-1	667	1
-1	668	2
-1	669	1
-1	670	1
-1	671	1
-1	672	2
-1	675	1
-1	676	3
-1	678	2
-1	680	1
-1	681	2
-1	682	7
-1	683	4
-1	684	2
-1	685	2
-1	686	2
-1	687	7
-1	688	3
-1	689	12
-1	690	6
-1	691	5
-1	692	10
-1	693	7
-1	694	8
-1	695	6
-1	696	4
-1	697	1
-1	698	4
-1	699	4
-1	700	1
-1	703	1
-1	704	1
-1	705	3
-1	707	5
-1	708	3
-1	709	1
-1	710	6
-1	711	1
-1	712	1
-1	713	1
-1	714	1
-1	715	1
-1	716	1
-1	717	2
-1	718	3
-1	719	4
-1	720	3
-1	721	1
-1	722	2
-1	723	3
-1	724	4
-1	725	3
-1	726	4
-1	727	6
-1	728	3
-1	729	4
-1	730	3
-1	731	4
-1	732	5
-1	733	3
-1	734	3
-1	735	1
-1	736	2
-1	737	1
-1	739	7
-1	740	5
-1	742	1
-1	743	3
-1	744	5
-1	745	4
-1	746	6
-1	747	3
-1	749	5
-1	750	2
-1	753	1
-1	755	1
-1	756	1
-1	757	2
-1	758	2
-1	759	1
-1	760	3
-1	761	3
-1	762	1
-1	763	1
-1	764	2
-1	767	1
-1	769	1
-1	771	1
-1	773	1
-1	774	3
-1	775	3
-1	776	2
-1	777	1
-1	778	3
-1	779	1
-1	780	2
-1	781	2
-1	783	2
-1	785	1
-1	786	3
-1	788	3
-1	790	2
-1	791	3
-1	792	3
-1	793	6
-1	794	5
-1	795	2
-1	796	2
-1	797	1
-1	798	2
-1	800	1
-1	801	1
-1	802	1
-1	805	2
-1	806	2
-1	807	1
-1	808	7
-1	809	3
-1	810	5
-1	811	7
-1	812	8
-1	813	2
-1	814	4
-1	815	2
-1	816	6
-1	817	7
-1	818	9
-1	819	13
-1	820	8
-1	821	8
-1	822	7
-1	823	7
-1	824	3
-1	825	5
-1	826	6
-1	827	10
-1	828	6
-1	829	7
-1	830	5
-1	831	7
-1	832	12
-1	833	5
-1	834	4
-1	835	9
-1	836	8
-1	837	6
-1	838	3
-1	839	7
-1	840	4
-1	841	3
-1	842	9
-1	843	11
-1	844	1
-1	845	6
-1	846	6
-1	847	3
-1	848	10
-1	849	1
-1	851	2
-1	852	2
-1	853	2
-1	855	1
-1	856	2
-1	857	2
-1	858	1
-1	859	1
-1	862	1
-1	863	2
-1	864	1
-1	865	3
-1	866	2
-1	868	1
-1	869	2
-1	871	1
-1	872	1
-1	874	2
-1	875	1
-1	876	1
-1	877	4
-1	878	2
-1	880	1
-1	881	1
-1	882	2
-1	883	1
-1	884	1
-1	885	2
-1	886	3
-1	887	1
-1	891	1
-1	892	1
-1	893	1
-1	895	1
-1	896	1
-1	897	2
-1	899	4
-1	900	3
-1	901	3
-1	902	2
-1	903	2
-1	904	2
-1	905	3
-1	906	1
-1	908	3
-1	909	2
-1	910	7
-1	911	1
-1	912	5
-1	913	3
-1	914	6
-1	915	2
-1	916	3
-1	917	1
-1	918	2
-1	919	2
-1	920	6
-1	921	3
-1	922	1
-1	923	1
-1	924	1
-1	925	4
-1	926	4
-1	927	3
-1	928	3
-1	929	2
-1	931	1
-1	932	1
-1	933	3
-1	934	1
-1	936	1
-1	938	3
-1	939	1
-1	940	3
-1	941	2
-1	942	5
-1	943	1
-1	944	1
-1	945	1
-1	946	3
-1	947	2
-1	948	4
-1	949	6
-1	950	6
-1	951	4
-1	952	3
-1	953	1
-1	954	3
-1	955	1
-1	957	3
-1	958	1
-1	959	4
-1	960	1
-1	961	1
-1	962	2
-1	963	1
-1	965	2
-1	966	3
-1	967	2
-1	968	1
-1	969	2
-1	970	3
-1	971	2
-1	972	1
-1	973	2
-1	974	1
-1	976	2
-1	977	3
-1	981	1
-1	982	3
-1	983	1
-1	985	2
-1	986	3
-1	988	2
-1	991	4
-1	992	1
-1	994	2
-1	995	1
-1	996	1
-1	998	1
-1	999	2
-1	1000	1
-1	1002	2
-1	1003	3
-1	1005	3
-1	1006	1
-1	1007	3
-1	1008	3
-1	1010	1
-1	1011	3
-1	1013	3
-1	1015	2
-1	1016	1
-1	1018	3
-1	1019	1
-1	1020	2
-1	1022	2
-1	1023	3
-1	1024	1
-1	1025	1
-1	1026	1
-1	1027	5
-1	1028	7
-1	1029	1
-1	1030	3
-1	1031	2
-1	1032	1
-1	1033	1
-1	1034	5
-1	1036	4
-1	1038	2
-1	1039	1
-1	1040	3
-1	1041	3
-1	1042	4
-1	1043	5
-1	1044	12
-1	1045	5
-1	1046	1
-1	1047	1
-1	1048	1
-1	1053	2
-1	1054	1
-1	1056	1
-1	1058	1
-1	1059	2
-1	1060	2
-1	1062	1
-1	1063	1
-1	1064	1
-1	1066	2
-1	1068	3
-1	1069	1
-1	1070	1
-1	1073	3
-1	1075	5
-1	1077	1
-1	1078	4
-1	1079	6
-1	1081	3
-1	1082	1
-1	1083	3
-1	1084	2
-1	1086	2
-1	1087	1
-1	1088	6
-1	1089	3
-1	1091	2
-1	1092	2
-1	1094	1
-1	1095	1
-1	1096	3
-1	1097	1
-1	1099	4
-1	1100	2
-1	1101	1
-1	1102	5
-1	1103	2
-1	1104	2
-1	1105	3
-1	1106	2
-1	1107	4
-1	1108	5
-1	1109	5
-1	1110	2
-1	1111	1
-1	1113	3
+1125	1125	1336
+1125	1126	1628
+1125	1127	862
+1125	1128	404
+1125	1129	404
+1125	1130	410
+1126	1126	1781
+1126	1127	1439
+1126	1128	519
+1126	1129	677
+1126	1130	642
+1127	1127	1236
+1127	1128	974
+1127	1129	578
+1127	1130	687
+1128	1128	1049
+1128	1129	683
+1128	1130	680
+1129	1129	1602
+1129	1130	1940
+1130	1130	1332
diff --git a/inst/extdata/Rep3-90-chr1_200000.bed b/inst/extdata/Rep3-90-chr1_200000.bed
index 9805cba6d91be4740060d5099c582d1241b951ae..73c1942060a1b60a1c2c31b720af1f6073c618dd 100644
--- a/inst/extdata/Rep3-90-chr1_200000.bed
+++ b/inst/extdata/Rep3-90-chr1_200000.bed
@@ -1,1000 +1,21 @@
-1	1	1015
-1	2	774
-1	3	829
-1	4	254
-1	5	173
-1	6	149
-1	7	133
-1	8	128
-1	9	101
-1	10	99
-1	11	61
-1	12	64
-1	13	45
-1	14	46
-1	15	21
-1	16	16
-1	17	30
-1	18	17
-1	19	8
-1	20	16
-1	21	18
-1	22	18
-1	23	15
-1	24	20
-1	25	18
-1	26	17
-1	27	7
-1	28	18
-1	29	18
-1	30	18
-1	31	19
-1	32	15
-1	33	19
-1	34	18
-1	35	29
-1	36	17
-1	37	24
-1	38	29
-1	39	26
-1	40	31
-1	41	35
-1	42	15
-1	43	21
-1	44	22
-1	45	17
-1	46	15
-1	47	18
-1	48	22
-1	49	10
-1	50	18
-1	51	9
-1	52	6
-1	53	6
-1	54	9
-1	55	7
-1	56	9
-1	57	9
-1	58	8
-1	59	6
-1	60	3
-1	61	5
-1	62	8
-1	63	3
-1	64	7
-1	65	1
-1	66	3
-1	67	8
-1	68	6
-1	69	5
-1	70	10
-1	71	6
-1	72	8
-1	73	3
-1	74	4
-1	75	5
-1	76	12
-1	77	6
-1	78	10
-1	79	7
-1	80	17
-1	81	10
-1	82	15
-1	83	10
-1	84	10
-1	85	12
-1	86	14
-1	87	10
-1	88	8
-1	89	10
-1	90	6
-1	91	8
-1	92	8
-1	93	1
-1	94	6
-1	95	4
-1	96	3
-1	98	3
-1	99	6
-1	100	1
-1	101	7
-1	102	7
-1	103	7
-1	104	11
-1	105	5
-1	106	10
-1	107	10
-1	108	7
-1	109	7
-1	110	7
-1	111	9
-1	112	10
-1	113	8
-1	114	3
-1	115	5
-1	116	5
-1	117	1
-1	119	12
-1	120	2
-1	121	4
-1	122	6
-1	123	7
-1	124	2
-1	126	3
-1	127	7
-1	128	4
-1	129	4
-1	130	13
-1	131	4
-1	132	7
-1	133	3
-1	134	4
-1	135	4
-1	136	11
-1	137	3
-1	138	10
-1	140	12
-1	141	10
-1	142	10
-1	143	8
-1	144	9
-1	145	11
-1	146	4
-1	147	6
-1	148	4
-1	149	9
-1	150	6
-1	151	7
-1	152	9
-1	153	7
-1	154	8
-1	155	7
-1	156	2
-1	157	6
-1	158	6
-1	159	8
-1	160	4
-1	161	7
-1	162	7
-1	163	8
-1	164	8
-1	165	9
-1	166	1
-1	167	3
-1	168	4
-1	169	12
-1	170	3
-1	171	9
-1	172	6
-1	173	1
-1	174	6
-1	175	5
-1	177	5
-1	178	1
-1	179	1
-1	180	2
-1	181	3
-1	182	6
-1	183	2
-1	184	7
-1	185	4
-1	186	3
-1	187	1
-1	188	4
-1	189	3
-1	190	10
-1	191	8
-1	193	4
-1	194	1
-1	195	4
-1	196	1
-1	197	2
-1	198	4
-1	199	1
-1	200	1
-1	201	7
-1	202	4
-1	203	3
-1	204	6
-1	206	3
-1	207	1
-1	208	3
-1	209	2
-1	210	1
-1	211	3
-1	212	2
-1	213	3
-1	214	5
-1	215	1
-1	216	2
-1	217	7
-1	218	5
-1	219	7
-1	220	9
-1	221	8
-1	222	6
-1	223	8
-1	224	6
-1	225	4
-1	226	3
-1	227	5
-1	228	2
-1	230	2
-1	231	1
-1	232	1
-1	234	3
-1	235	2
-1	237	2
-1	238	1
-1	239	1
-1	240	4
-1	241	5
-1	242	2
-1	243	1
-1	244	1
-1	245	3
-1	246	3
-1	247	4
-1	248	4
-1	249	1
-1	250	2
-1	251	7
-1	252	3
-1	253	4
-1	254	4
-1	255	6
-1	256	4
-1	257	4
-1	258	3
-1	259	3
-1	260	2
-1	262	2
-1	263	2
-1	264	3
-1	265	1
-1	266	3
-1	267	1
-1	268	5
-1	269	2
-1	270	7
-1	271	5
-1	272	6
-1	273	4
-1	274	1
-1	275	3
-1	276	4
-1	277	5
-1	278	5
-1	279	7
-1	280	3
-1	281	7
-1	282	7
-1	283	2
-1	284	2
-1	285	5
-1	286	5
-1	287	4
-1	288	5
-1	289	7
-1	290	4
-1	291	7
-1	292	4
-1	293	8
-1	294	2
-1	295	2
-1	296	7
-1	298	2
-1	299	3
-1	300	1
-1	301	2
-1	302	1
-1	303	2
-1	304	1
-1	305	1
-1	306	4
-1	307	2
-1	308	1
-1	309	1
-1	310	1
-1	311	1
-1	312	2
-1	313	5
-1	314	1
-1	316	1
-1	319	3
-1	321	1
-1	322	1
-1	323	3
-1	324	1
-1	325	2
-1	327	3
-1	328	2
-1	329	2
-1	330	1
-1	331	2
-1	332	5
-1	333	3
-1	335	4
-1	336	4
-1	337	1
-1	338	4
-1	339	1
-1	340	2
-1	341	2
-1	343	7
-1	344	7
-1	345	1
-1	349	3
-1	351	3
-1	353	1
-1	354	1
-1	357	2
-1	358	1
-1	359	1
-1	360	1
-1	361	8
-1	362	5
-1	363	1
-1	364	4
-1	365	2
-1	366	1
-1	367	3
-1	368	5
-1	369	5
-1	370	7
-1	371	3
-1	372	6
-1	373	3
-1	374	6
-1	375	8
-1	376	4
-1	377	8
-1	378	5
-1	379	3
-1	380	5
-1	381	2
-1	382	5
-1	383	5
-1	384	4
-1	385	1
-1	386	7
-1	387	9
-1	388	5
-1	389	7
-1	390	5
-1	391	8
-1	392	3
-1	393	3
-1	394	3
-1	395	2
-1	396	4
-1	397	8
-1	398	4
-1	399	5
-1	400	6
-1	401	2
-1	402	4
-1	404	1
-1	405	2
-1	407	2
-1	409	3
-1	410	3
-1	411	1
-1	412	1
-1	413	2
-1	415	4
-1	416	2
-1	417	3
-1	418	2
-1	421	1
-1	422	3
-1	424	1
-1	425	2
-1	426	2
-1	427	1
-1	429	1
-1	431	3
-1	432	2
-1	433	3
-1	434	2
-1	435	3
-1	436	3
-1	437	2
-1	438	1
-1	440	1
-1	441	2
-1	445	1
-1	446	2
-1	447	1
-1	449	1
-1	450	2
-1	451	8
-1	452	3
-1	453	4
-1	454	5
-1	455	2
-1	456	3
-1	457	5
-1	458	3
-1	459	6
-1	460	1
-1	461	7
-1	462	9
-1	463	2
-1	464	2
-1	468	1
-1	469	1
-1	471	1
-1	473	2
-1	474	3
-1	475	2
-1	476	3
-1	478	5
-1	479	2
-1	480	1
-1	481	5
-1	483	3
-1	484	4
-1	485	2
-1	486	4
-1	487	1
-1	488	1
-1	489	4
-1	490	3
-1	491	1
-1	492	3
-1	493	3
-1	494	8
-1	495	5
-1	496	2
-1	497	1
-1	498	3
-1	499	3
-1	500	2
-1	501	4
-1	502	1
-1	503	2
-1	504	5
-1	505	1
-1	506	2
-1	507	1
-1	509	1
-1	510	2
-1	511	1
-1	513	2
-1	517	3
-1	519	2
-1	524	4
-1	525	5
-1	527	2
-1	529	2
-1	530	3
-1	531	2
-1	532	2
-1	533	2
-1	534	1
-1	535	9
-1	536	1
-1	537	6
-1	538	4
-1	539	7
-1	540	8
-1	541	5
-1	542	4
-1	543	9
-1	544	7
-1	545	9
-1	546	4
-1	547	8
-1	548	11
-1	549	5
-1	550	2
-1	551	7
-1	552	2
-1	553	2
-1	554	6
-1	555	3
-1	556	3
-1	557	1
-1	558	6
-1	560	1
-1	561	3
-1	562	5
-1	563	2
-1	564	2
-1	566	2
-1	567	3
-1	568	4
-1	569	2
-1	570	1
-1	571	2
-1	572	3
-1	573	4
-1	574	4
-1	575	3
-1	576	5
-1	577	2
-1	578	5
-1	579	2
-1	580	2
-1	581	2
-1	584	1
-1	587	2
-1	592	3
-1	593	1
-1	596	2
-1	599	1
-1	600	2
-1	601	2
-1	602	2
-1	604	1
-1	605	2
-1	606	4
-1	607	3
-1	608	4
-1	609	3
-1	610	1
-1	611	2
-1	612	2
-1	614	3
-1	616	3
-1	618	2
-1	619	2
-1	620	2
-1	621	2
-1	622	2
-1	623	3
-1	626	1
-1	627	3
-1	630	2
-1	632	4
-1	633	3
-1	635	1
-1	636	2
-1	637	2
-1	638	4
-1	639	2
-1	640	4
-1	641	10
-1	642	4
-1	643	2
-1	644	4
-1	645	11
-1	646	9
-1	647	9
-1	648	8
-1	649	9
-1	650	8
-1	651	12
-1	652	7
-1	653	3
-1	654	8
-1	655	5
-1	656	6
-1	657	3
-1	658	3
-1	659	3
-1	660	6
-1	661	6
-1	662	4
-1	663	5
-1	664	3
-1	665	2
-1	666	1
-1	667	3
-1	668	2
-1	670	2
-1	671	3
-1	672	2
-1	673	2
-1	675	2
-1	677	2
-1	678	1
-1	679	1
-1	680	1
-1	682	1
-1	683	4
-1	685	1
-1	686	1
-1	688	5
-1	689	1
-1	690	4
-1	691	6
-1	692	4
-1	693	2
-1	694	5
-1	695	3
-1	696	3
-1	697	4
-1	698	7
-1	699	4
-1	701	1
-1	702	1
-1	704	1
-1	705	1
-1	706	2
-1	707	1
-1	708	3
-1	709	2
-1	710	2
-1	716	2
-1	718	1
-1	720	4
-1	722	2
-1	723	3
-1	724	2
-1	725	1
-1	726	3
-1	728	2
-1	729	1
-1	730	4
-1	731	4
-1	732	3
-1	734	1
-1	735	2
-1	736	2
-1	737	1
-1	738	1
-1	739	3
-1	740	3
-1	741	2
-1	742	2
-1	743	3
-1	744	2
-1	745	3
-1	746	2
-1	747	2
-1	748	5
-1	749	3
-1	750	2
-1	751	1
-1	752	1
-1	754	1
-1	756	2
-1	759	1
-1	760	1
-1	762	3
-1	766	4
-1	767	1
-1	768	1
-1	770	3
-1	772	1
-1	774	1
-1	775	1
-1	776	1
-1	780	1
-1	781	1
-1	782	1
-1	788	2
-1	789	1
-1	790	1
-1	791	3
-1	792	1
-1	794	1
-1	795	1
-1	798	3
-1	799	1
-1	800	1
-1	802	1
-1	803	1
-1	807	3
-1	808	1
-1	809	1
-1	810	1
-1	811	2
-1	812	3
-1	813	3
-1	814	4
-1	815	5
-1	816	7
-1	817	5
-1	818	4
-1	819	6
-1	820	3
-1	821	5
-1	822	2
-1	823	3
-1	824	2
-1	825	6
-1	826	5
-1	827	5
-1	828	6
-1	829	7
-1	830	5
-1	831	7
-1	832	8
-1	833	9
-1	834	5
-1	835	6
-1	836	1
-1	837	5
-1	838	6
-1	839	6
-1	840	2
-1	841	2
-1	842	7
-1	843	3
-1	844	2
-1	845	6
-1	846	2
-1	847	2
-1	848	2
-1	849	2
-1	850	2
-1	851	1
-1	852	1
-1	853	4
-1	855	3
-1	856	1
-1	857	2
-1	859	1
-1	860	2
-1	861	2
-1	863	1
-1	866	1
-1	867	1
-1	868	2
-1	870	1
-1	876	2
-1	877	3
-1	879	1
-1	880	1
-1	881	1
-1	883	1
-1	884	4
-1	885	1
-1	887	2
-1	891	1
-1	892	1
-1	895	1
-1	898	2
-1	900	5
-1	901	3
-1	903	2
-1	905	2
-1	906	6
-1	907	3
-1	908	3
-1	909	4
-1	910	8
-1	911	3
-1	912	1
-1	913	2
-1	914	2
-1	915	3
-1	916	3
-1	917	2
-1	918	2
-1	919	1
-1	920	1
-1	921	1
-1	922	1
-1	923	2
-1	924	1
-1	926	2
-1	927	1
-1	928	1
-1	932	1
-1	933	1
-1	934	1
-1	936	1
-1	937	2
-1	941	1
-1	942	1
-1	943	1
-1	945	1
-1	947	1
-1	948	3
-1	949	2
-1	950	2
-1	951	3
-1	952	1
-1	953	3
-1	954	2
-1	955	2
-1	957	1
-1	960	1
-1	961	2
-1	965	3
-1	967	1
-1	968	3
-1	970	1
-1	972	2
-1	973	2
-1	974	1
-1	975	3
-1	976	1
-1	978	1
-1	979	1
-1	981	1
-1	983	1
-1	984	1
-1	986	1
-1	988	1
-1	990	2
-1	991	1
-1	992	1
-1	996	1
-1	1002	1
-1	1003	1
-1	1004	1
-1	1007	2
-1	1008	1
-1	1011	2
-1	1013	1
-1	1014	1
-1	1015	1
-1	1017	1
-1	1019	1
-1	1020	5
-1	1021	1
-1	1024	2
-1	1025	1
-1	1029	1
-1	1030	1
-1	1031	2
-1	1034	3
-1	1035	2
-1	1036	1
-1	1037	5
-1	1038	1
-1	1039	3
-1	1041	2
-1	1042	6
-1	1043	3
-1	1044	4
-1	1045	2
-1	1046	2
-1	1047	2
-1	1048	2
-1	1049	1
-1	1052	1
-1	1055	1
-1	1056	2
-1	1057	1
-1	1059	1
-1	1064	1
-1	1065	1
-1	1066	1
-1	1067	2
-1	1068	2
-1	1069	3
-1	1071	1
-1	1076	1
-1	1079	4
-1	1081	1
-1	1084	1
-1	1086	1
-1	1088	1
-1	1090	1
-1	1092	1
-1	1093	1
-1	1094	2
-1	1096	1
-1	1099	1
-1	1103	1
-1	1105	1
-1	1106	4
-1	1107	3
-1	1108	2
-1	1112	1
-1	1113	1
-1	1114	1
-1	1115	1
-1	1116	3
-1	1118	2
-1	1121	1
-1	1124	1
-1	1126	1
-1	1129	2
-1	1131	1
-1	1132	1
-1	1133	1
-1	1134	1
-1	1135	1
-1	1139	1
-1	1141	1
-1	1142	3
-1	1144	1
-1	1145	1
-1	1146	1
-1	1147	1
-1	1148	1
-1	1149	2
-1	1150	1
-1	1152	1
-1	1155	2
-1	1162	2
-1	1163	1
-1	1164	2
-1	1166	1
-1	1167	1
-1	1168	2
-1	1171	4
-1	1172	4
-1	1173	2
-1	1174	2
-1	1175	1
-1	1176	1
-1	1178	2
-1	1179	3
-1	1180	2
-1	1181	5
-1	1182	6
-1	1183	1
-1	1184	2
-1	1185	4
-1	1186	5
-1	1187	2
-1	1188	2
-1	1190	2
-1	1191	2
-1	1192	1
-1	1193	2
-1	1194	1
-1	1195	8
-1	1196	6
-1	1197	4
-1	1198	2
-1	1199	3
-1	1200	1
-1	1201	1
-1	1202	1
-1	1203	5
-1	1204	1
-1	1205	6
-1	1206	2
-1	1207	2
-1	1208	2
-1	1209	4
-1	1210	2
-1	1211	1
-1	1212	1
-1	1213	2
-1	1214	2
-1	1215	1
-1	1218	1
-1	1219	1
-1	1224	1
-1	1229	1
-1	1230	1
-1	1234	1
-1	1235	2
-1	1236	1
-1	1237	2
-1	1239	2
-1	1240	1
-1	1241	3
-1	1242	2
-1	1243	3
-1	1244	2
-1	1245	1
-1	1246	4
-1	1247	3
-1	1248	2
-1	1249	3
-1	1250	2
-1	1251	2
-1	1252	3
-1	1253	6
-1	1254	6
-1	1255	1
-1	1256	6
-1	1257	3
-1	1258	3
-1	1259	2
-1	1260	5
-1	1261	7
-1	1262	2
-1	1263	8
-1	1264	2
-1	1265	5
-1	1266	3
-1	1267	6
-1	1268	4
-1	1269	2
-1	1270	3
-1	1271	7
-1	1272	4
-1	1273	1
-1	1274	2
+1125	1125	1571
+1125	1126	1767
+1125	1127	789
+1125	1128	378
+1125	1129	469
+1125	1130	395
+1126	1126	2259
+1126	1127	1808
+1126	1128	531
+1126	1129	726
+1126	1130	631
+1127	1127	1538
+1127	1128	1019
+1127	1129	864
+1127	1130	732
+1128	1128	1242
+1128	1129	887
+1128	1130	690
+1129	1129	2186
+1129	1130	2533
+1130	1130	1819
diff --git a/man/HiC2Tree.Rd b/man/HiC2Tree.Rd
index 1318ae5bd1f156632eec58da467911b559026a77..a5936a4d7e6e9a739ece96cf323ac6c496b87101 100644
--- a/man/HiC2Tree.Rd
+++ b/man/HiC2Tree.Rd
@@ -42,28 +42,42 @@ analysis, and the number of replicates. It returns a list containing all
 trees, metadata, index and treediff results.
 }
 \examples{
-replicat <- 1:3
+replicates <- 1:3
 cond <- c("90", "110")
-
-all_begins <- interaction(expand.grid(replicat, cond), sep = "-")
+all_begins <- interaction(expand.grid(replicates, cond), sep = "-")
 all_begins <- as.character(all_begins)
 
-nb_chr <- 2
+# single chromosome
+nb_chr <- 1
 chromosomes <- 1:nb_chr
-all_mat_chr <- lapply(chromosomes, function(chr){
+all_mat_chr <- lapply(chromosomes, function(chr) {
   all_mat <- lapply(all_begins, function(ab) {
     mat_file <- paste0("Rep", ab, "-chr", chr, "_200000.bed")
   })
   all_mat <- unlist(all_mat)
 })
-
 index <- system.file("extdata", "index.200000.longest18chr.abs.bed",
-package = "treediff")
-format <- rep(rep("HiC-Pro", 6), nb_chr)
+                     package = "treediff")
+format <- rep("HiC-Pro", length(replicates) * length(cond) * nb_chr)
 binsize <- 200000
 files <- system.file("extdata", unlist(all_mat_chr), package = "treediff")
 replicates <- c(3, 3)
+HiC2Tree(files, format, binsize, index, chromosomes, replicates)
 
+\dontrun{
+# two chromosomes
+nb_chr <- 2
+chromosomes <- 1:nb_chr
+all_mat_chr <- lapply(chromosomes, function(chr) {
+  all_mat <- lapply(all_begins, function(ab) {
+    mat_file <- paste0("Rep", ab, "-chr", chr, "_200000.bed")
+  })
+  all_mat <- unlist(all_mat)
+})
+files <- system.file("extdata", unlist(all_mat_chr), package = "treediff")
+format <- rep("HiC-Pro", length(replicates) * length(cond) * nb_chr)
+replicates <- c(3, 3)
 HiC2Tree(files, format, binsize, index, chromosomes, replicates)
+}
 
 }
diff --git a/man/HiCDOCDataSet.Rd b/man/HiCDOCDataSet.Rd
index 71e8920e4c57de1537c94a7888cd37251b7c37e6..e7b524e676428eb571ee56d3460276cf9ca78cb2 100644
--- a/man/HiCDOCDataSet.Rd
+++ b/man/HiCDOCDataSet.Rd
@@ -39,10 +39,10 @@ in different formats, such as tabular, cooler, juicer or HiC-Pro. It returns
 a list of interaction matrices.
 }
 \examples{
-replicat <- 1:3
-cond <- c("90", "110")
-
-all_begins <- interaction(expand.grid(replicat, cond), sep = "-")
+\dontrun{
+replicates <- 1:2
+cond <- "90"
+all_begins <- interaction(expand.grid(replicates, cond), sep = "-")
 all_begins <- as.character(all_begins)
 
 nb_chr <- 2
@@ -53,14 +53,12 @@ all_mat_chr <- lapply(chromosomes, function(chr) {
   })
   all_mat <- unlist(all_mat)
 })
-
 index <- system.file("extdata", "index.200000.longest18chr.abs.bed",
-package = "treediff")
-format <- rep(rep("HiC-Pro", 6), nb_chr)
+                     package = "treediff")
+format <- rep("HiC-Pro", length(replicates) * length(cond) * nb_chr)
 binsize <- 200000
 files <- system.file("extdata", unlist(all_mat_chr), package = "treediff")
-replicates <- c(3,3)
-
 HiCDOCDataSet(files, format, binsize, chromosomes, index)
+}
 
 }
diff --git a/man/normalizeCount.Rd b/man/normalizeCount.Rd
index 63ac28a4903b93f619e80772132acb1efe9c13b4..4ba5423aefb99e9422d10b0356f0979927a24a1c 100644
--- a/man/normalizeCount.Rd
+++ b/man/normalizeCount.Rd
@@ -32,4 +32,5 @@ m <- data.frame("mat_1" =  sample(1:500, nb_row, replace = TRUE),
 mat <- cbind(chromosome, index1, index2, m)
 
 normalizeCount(mat)
+
 }