diff --git a/Filtre_CIGAR.sh b/Filtre_CIGAR.sh
index 73f058c5bb5dcf3c0524abdf778537d8f06ab90e..2e2089dcc5035fc2301ae643792d68a379ef3d91 100644
--- a/Filtre_CIGAR.sh
+++ b/Filtre_CIGAR.sh
@@ -22,7 +22,7 @@ awk '$0~"^@"' $i > $name\_filtered_CIGAR_$1\_id_$2\_length_paired.sam
 #attention la sortie awk convertit les tab en espace, besoin d'un sed pour remplacer les espaces en tabulation
 
 awk '$0!~"^@"' $i | awk '{if($6!="*"){print $0}}' | awk '{a=$6;gsub("M","_M;",a);gsub("I","_I;",a);gsub("D","_D;",a);gsub("S","_S;",a);print $0,a}' | awk -v name=$name id=$1 len=$2'{split($NF,tab3,";");tab2["M"]=0;sum=0;for (i=1;i<=length(tab3);i++){split(tab3[i],tab,"_");sum=sum+tab[1];tab2[tab[2]]=tab2[tab[2]]+tab[1]};print tab2["M"]/sum >> name"_freq.txt";if(tab2["M"]/sum>id && sum > len){print $0}}' | awk '{$NF="";print $0}' | awk '$2==99 || $2==147' |sed 's/ /\t/g'>> $name\_filtered_CIGAR_$1\_id_$2\_length_paired.sam
-
+done
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 #Lancer le script avec cette commande :