error in tdf identification (analysis.tdf and folder.d)
Bug report
Version of X!TandemPipeline
0.4.8
Error message
Error in X!TandemPipeline : Error while running X!Tandem job : error executing pappso::TandemWrapperRun : Error reading /data/temp_tdf/xtpwrp.vrgNow/output_tandem.xml X!Tandem output file : Parse error at line 1, column 1 : unexpected end of file
Error in X!Tandem : X! TANDEM Alanine (2017.2.1.4)
Loading spectra (mzXML). loaded. No input spectra met the acceptance criteria.
File used
/gorgone/pappso/jouy/raw/2020_Tims_TOF/20201102_HeLa/11-2-2020_1_QC_HeLa10ng_219.d
Steps to reproduce
Run an identification with this file (works with the mgf one)
What is the expected correct behavior?
(What you should see instead)
Optional
Relevant logs and/or screenshots
L'identification fonctionne sur un TDF de test que j'ai et qui date du 10 aout 2020, en comparant les fichiers temporaire je n'ai vu aucunes différences majeures. X!Tandem n'arrive pas à lire les spectres du mzXML. Est ce que ça serait une modification dans le binaire décrivant chaque spectre (à voir)?
Même en lancant X!Tandem sur le terminal avec les fichiers produits par le wrapper ne fonctionne pas. Donc la corruption pourrait provenir soit du input_tandem.xml ou du msdata.mzxml mais j'ai vérifié ces fichiers et j'ai trouvé (deuxième lecture peut-être nécessaire).
J'ai regardé un peu le code de X!Tandem pour essayer de comprendre ce qui provoque ce bug mais c'est complexe à l'intérieur. l'erreur est envoyé depuis la fonction main dans tandem.cpp ligne 240.
Possible fixes
(If you can, link to the line of code that might be responsible for the problem)