xtpcpp issueshttps://forgemia.inra.fr/pappso/xtpcpp/-/issues2021-11-08T13:47:56+01:00https://forgemia.inra.fr/pappso/xtpcpp/-/issues/74deeprot-studio show delta mass for all spectrum even if it not selected2021-11-08T13:47:56+01:00Thierry Balliaudeeprot-studio show delta mass for all spectrum even if it not selected# Bug report
after loading and filtering data from deeprot with 1% fdr deeprot studio seems to show delta mass for all spectra not for filtered ones
## Version of X!TandemPipeline
(Which version of X!TandemPipeline bug)
0.4.42
## Error...# Bug report
after loading and filtering data from deeprot with 1% fdr deeprot studio seems to show delta mass for all spectra not for filtered ones
## Version of X!TandemPipeline
(Which version of X!TandemPipeline bug)
0.4.42
## Error message
(If an error message or a warning pop-up past-it here)
no error
## File used
(Copy the file path used when the bug occured)
/gorgone/pappso/moulon/users/thierry/20211021_stresspep/deeprot/sample11_5_10.mzid
## Steps to reproduce
(How one can reproduce the issue - **very important**)
load sample, check deeprot Studio apply filter (valid peptides drop from 3950 to 21 and the graph do not change (only red spot disappear)
## What is the expected correct behavior?
(What you should see instead)
## Optional
### Relevant logs and/or screenshots
(Paste any relevant logs - please use code blocks (```) to format console output,
logs, and code as it's very hard to read otherwise.)
### Possible fixes
(If you can, link to the line of code that might be responsible for the problem)Langella OlivierLangella Olivierhttps://forgemia.inra.fr/pappso/xtpcpp/-/issues/72masschroq via xtpcpp does not produce peptide quantification result2021-09-21T15:48:38+02:00Thierry Balliaumasschroq via xtpcpp does not produce peptide quantification result# Bug report
## Version of X!TandemPipeline
0.4.39
## Error message
no error produce quantification end without error
## File used
/gorgone/pappso/moulon/users/thierry/20210909_zivy_67/xtp/20210920_zivy_67.xpip
## Steps to reproduce...# Bug report
## Version of X!TandemPipeline
0.4.39
## Error message
no error produce quantification end without error
## File used
/gorgone/pappso/moulon/users/thierry/20210909_zivy_67/xtp/20210920_zivy_67.xpip
## Steps to reproduce
start quantification with xtpcpp
## What is the expected correct behavior?
peptides quantification file with resulthttps://forgemia.inra.fr/pappso/xtpcpp/-/issues/71choose between normal analysis, fractioning and labeling in MCQR spectral cou...2021-08-04T07:49:33+02:00Langella Olivierchoose between normal analysis, fractioning and labeling in MCQR spectral counting parameter window# New Feature request
## Feature description
1. ability to choose a metadata templates that does not contains fractioning or labeling informations
2. use informations given by the user in the first tab (screenshot here) ![fract_label...# New Feature request
## Feature description
1. ability to choose a metadata templates that does not contains fractioning or labeling informations
2. use informations given by the user in the first tab (screenshot here) ![fract_label](/uploads/52a100a1b779c1e883214e842a7608e6/fract_label.png)
to select the right metadata pattern.
## Feature position
MCQR parameters window
## New Widget description
Not a lot of change
## Expected Result
get a metadata ODS file more easily
thanks ;)Renne ThomasRenne Thomashttps://forgemia.inra.fr/pappso/xtpcpp/-/issues/69masschroq via condor from xtpcpp start with wrong parameters2021-07-01T15:32:11+02:00Thierry Balliaumasschroq via condor from xtpcpp start with wrong parameters# Bug report
Lorsqu'on lance masschroq via condor depuis xtpcpp les parametre de qunatité de memoire et de cpu renseigner ne sont pas rpis en compte
## Version of X!TandemPipeline
(Which version of X!TandemPipeline bug)
0.4.34
## Er...# Bug report
Lorsqu'on lance masschroq via condor depuis xtpcpp les parametre de qunatité de memoire et de cpu renseigner ne sont pas rpis en compte
## Version of X!TandemPipeline
(Which version of X!TandemPipeline bug)
0.4.34
## Error message
pasde message d'erreur
## File used
/gorgone/pappso/moulon/users/thierry/20201007_baldet_concombre_72/xtpcpp/20201029_baldet_concombre_72_cucurbit_clean.xpip
## Steps to reproduce
(How one can reproduce the issue - **very important**)
## What is the expected correct behavior?
(What you should see instead)
## Optional
### Relevant logs and/or screenshots
(Paste any relevant logs - please use code blocks (```) to format console output,
logs, and code as it's very hard to read otherwise.)
### Possible fixes
(If you can, link to the line of code that might be responsible for the problem)https://forgemia.inra.fr/pappso/xtpcpp/-/issues/64ouverture de la page du site web disgracieuse2021-06-25T15:47:15+02:00Rusconi Filippoouverture de la page du site web disgracieuseBonjour,
l'ouverture _manu militari_ de la page du site quand une version nouvelle existe est gênante: pour moi cela fait changer de bureau à chaque fois. Le programme devrait enregistrer QSettings, la dernière version pour laquelle l'u...Bonjour,
l'ouverture _manu militari_ de la page du site quand une version nouvelle existe est gênante: pour moi cela fait changer de bureau à chaque fois. Le programme devrait enregistrer QSettings, la dernière version pour laquelle l'utilisateur a été pointé vers la nouvelle version et ne refaire cette danse du ventre que quand une version encore plus récente a été publiée.
La manière de faire actuelle revient à punir l'utilisateur de n'avoir pas mis à jour. Mais l'utilisateur a ses raisons...
Idéalement, il y aurait un gros bouton à texte dans la boîte de dialogue qui avertit d'une nouvelle version qui dit "Download". Si l'utilisateur clique, alors tout se passe comme maintenant, sinon on ne fait rien.
Ciao!
FilippoRenne ThomasRenne Thomashttps://forgemia.inra.fr/pappso/xtpcpp/-/issues/62GUI2021-06-02T08:52:14+02:00Rusconi FilippoGUILes fenêtres qui s'ouvrent lorsque l'on ouvre des résultats X!Tandem comportent un titre qui n'est pas très rassurant: untitled - Protein list. Peut-être faudrait-il trouver le moyen de mettre quelque chose de plus convaincant ? Peut-on ...Les fenêtres qui s'ouvrent lorsque l'on ouvre des résultats X!Tandem comportent un titre qui n'est pas très rassurant: untitled - Protein list. Peut-être faudrait-il trouver le moyen de mettre quelque chose de plus convaincant ? Peut-on ouvrir plusieurs sessions simultanément ? Non, je ne crois pas, donc il n'est pas nécessaire d'avoir autre chose qu'un titre comme "X!TandemPipeline - Protein list" et pour la fenêtre des paramètres, pour l'instant elle a un nom bizarre. Il suffirait de mettre "X!TandemPipeline - Parameters" ou quelque chose comme ça.
Qu'en dis-tu ?
Merci
FilippoLangella OlivierLangella Olivierhttps://forgemia.inra.fr/pappso/xtpcpp/-/issues/60Probleme de nommage des fichier brute dans l'export mcqr2021-06-01T10:27:29+02:00Thierry BalliauProbleme de nommage des fichier brute dans l'export mcqr# Bug report
Le nom des fichiers exporter dans le cadre d'échantillons issue du timstof pro en interrogation tdf finisse par "/analysis.tdf" ce qui pose probleme lors de l'import des données dans mcqr car le nom du msrnfile se retrouve e...# Bug report
Le nom des fichiers exporter dans le cadre d'échantillons issue du timstof pro en interrogation tdf finisse par "/analysis.tdf" ce qui pose probleme lors de l'import des données dans mcqr car le nom du msrnfile se retrouve etre analysis.tdf pour tout les échantillons
## Version of X!TandemPipeline
0.4.30
## Error message
no error
## File used
/gorgone/pappso/moulon/users/thierry/20210517_robert_28/xtpcpp/QC_timstof_tdf_all.xpip
## Steps to reproduce
exporter les données avec le menu "spectral counting mcq" dans le menu export files de file
## What is the expected correct behavior?
faire finir le nom du fichier par le nom du prertoire plutot pque par le nom du fichier tdf
## Optional
### Relevant logs and/or screenshots
ceci peut etre gerer par mcqr mais je ne suis pas sur que ce soit relevant de le faire a ce niveau
en attendant un correctif ils suffit d'ouvrir le fichier de resultats spectral counting et de supprimer "/analysis.tdf" dans le champ msrunfilehttps://forgemia.inra.fr/pappso/xtpcpp/-/issues/56Error while running MasschroQ job: MasschroQ process failed to start2021-03-26T10:08:55+01:00Marlene DavantureError while running MasschroQ job: MasschroQ process failed to start# Bug report
## Version of X!TandemPipeline
0.4.24
## Error message
Error while running MasschroQ job: MasschroQ process failed to start
## File used
Projet Xpip:
/gorgone/pappso/moulon/users/Marlene/20200928_Finomics_05/20210303_Fin...# Bug report
## Version of X!TandemPipeline
0.4.24
## Error message
Error while running MasschroQ job: MasschroQ process failed to start
## File used
Projet Xpip:
/gorgone/pappso/moulon/users/Marlene/20200928_Finomics_05/20210303_Finomics_05_Fcroiss/xtandem/20210303_Finomics_05_Fcroiss.xpip
Fichier masschroqML:
/gorgone/pappso/moulon/users/Marlene/20200928_Finomics_05/20210303_Finomics_05_Fcroiss/masschroq/20210303_Finomics_05_Fcroiss.masschroqml
## Steps to reproduce
1)Tableau de bord / File/MasschroQ/
2) fenetre masschroq parameters/ masschroq/ run masschroq through condor (memory :5000)/number of cpu:1
## What is the expected correct behavior?
(What you should see instead)
## Optional
### Relevant logs and/or screenshots
(Paste any relevant logs - please use code blocks (```) to format console output,
logs, and code as it's very hard to read otherwise.)
### Possible fixes
(If you can, link to the line of code that might be responsible for the problem)Renne ThomasRenne Thomashttps://forgemia.inra.fr/pappso/xtpcpp/-/issues/51Masschroq tooltip just tell condor process stop without precision (especially...2021-02-16T17:33:09+01:00Thierry BalliauMasschroq tooltip just tell condor process stop without precision (especially when there is a problem in execution)# New Feature request
masschroq run tooltip in condor can tell if the statut off execution is ok or not (perharps seeing error message if is not ok)
## Feature description
## Feature position
masschroq condor run execution windows
##...# New Feature request
masschroq run tooltip in condor can tell if the statut off execution is ok or not (perharps seeing error message if is not ok)
## Feature description
## Feature position
masschroq condor run execution windows
## Expected Result
the tooltip say if the status is ok or the error message if is not ok( stocked in masschroq.error file in condor directoryhttps://forgemia.inra.fr/pappso/xtpcpp/-/issues/50Waiting dialog when the engine detail opening2021-02-09T11:35:50+01:00Renne ThomasWaiting dialog when the engine detail opening# New Feature request
## Feature description
Add a waiting dialog to indicate the soft is working and allow the stop of the loading
## Feature position
Open when the engine detail cell is clicked
## New Widget description
Very slow du...# New Feature request
## Feature description
Add a waiting dialog to indicate the soft is working and allow the stop of the loading
## Feature position
Open when the engine detail cell is clicked
## New Widget description
Very slow due to the mzXML opening.Renne ThomasRenne Thomashttps://forgemia.inra.fr/pappso/xtpcpp/-/issues/45possibilité de recuperer les informations nécéssaires pour le calcul de l'iba...2020-12-18T09:46:47+01:00Thierry Balliaupossibilité de recuperer les informations nécéssaires pour le calcul de l'ibaq, pai et nsaf dans les sortie# New Feature request
On voudrait ajouter le calcul de l'ibaq et d'autres indice (nsaf, pai ....) dans le paquet MCQR.
pour se faire on a besoin d'avoir le nombre de peptide theorique dans les sortie de masschroq et donc que cette inform...# New Feature request
On voudrait ajouter le calcul de l'ibaq et d'autres indice (nsaf, pai ....) dans le paquet MCQR.
pour se faire on a besoin d'avoir le nombre de peptide theorique dans les sortie de masschroq et donc que cette information soit fourit par xtpcpp. Je pause ca la pour qu'on est une trace mais il faudrait surmeent en replarler de vive voie
## Feature description
(Describe shortly the feature)
il faudrait pouvoir recuperer un tableau comportant plusieur colonne dont l'accession de la proteine, le nombre de peptide theorique ainsi que le nombre d'acide aminée
## Feature position
(Where the new feature is located, *for a new widget describe its position according the other widget in the window*)
pour l'ibaq il faudrait que ce tableau soit créer par masschroq mais il faut pour cela que xtandem lui fournisse la bonne information
## New Widget description
(*Optional, what the new widget should look like*)
## Expected Result
(What is the expected result: description or example)Renne ThomasRenne Thomashttps://forgemia.inra.fr/pappso/xtpcpp/-/issues/38error in tdf identification (analysis.tdf and folder.d)2020-11-10T16:31:05+01:00Renne Thomaserror in tdf identification (analysis.tdf and folder.d)# Bug report
## Version of X!TandemPipeline
0.4.8
## Error message
**Error in X!TandemPipeline :**
Error while running X!Tandem job :
error executing pappso::TandemWrapperRun :
Error reading /data/temp_tdf/xtpwrp.vrgNow/output_tandem....# Bug report
## Version of X!TandemPipeline
0.4.8
## Error message
**Error in X!TandemPipeline :**
Error while running X!Tandem job :
error executing pappso::TandemWrapperRun :
Error reading /data/temp_tdf/xtpwrp.vrgNow/output_tandem.xml X!Tandem output file :
Parse error at line 1, column 1 :
unexpected end of file
**Error in X!Tandem :**
X! TANDEM Alanine (2017.2.1.4)
Loading spectra (mzXML). loaded.
No input spectra met the acceptance criteria.
## File used
/gorgone/pappso/jouy/raw/2020_Tims_TOF/20201102_HeLa/11-2-2020_1_QC_HeLa10ng_219.d
## Steps to reproduce
Run an identification with this file (works with the mgf one)
## What is the expected correct behavior?
(What you should see instead)
## Optional
### Relevant logs and/or screenshots
L'identification fonctionne sur un TDF de test que j'ai et qui date du 10 aout 2020, en comparant les fichiers temporaire je n'ai vu aucunes différences majeures. X!Tandem n'arrive pas à lire les spectres du mzXML. Est ce que ça serait une modification dans le binaire décrivant chaque spectre (à voir)?
Même en lancant X!Tandem sur le terminal avec les fichiers produits par le wrapper ne fonctionne pas. Donc la corruption pourrait provenir soit du input_tandem.xml ou du msdata.mzxml mais j'ai vérifié ces fichiers et j'ai trouvé (deuxième lecture peut-être nécessaire).
J'ai regardé un peu le code de X!Tandem pour essayer de comprendre ce qui provoque ce bug mais c'est complexe à l'intérieur.
l'erreur est envoyé depuis la fonction main dans tandem.cpp ligne 240.
### Possible fixes
(If you can, link to the line of code that might be responsible for the problem)Renne ThomasRenne Thomashttps://forgemia.inra.fr/pappso/xtpcpp/-/issues/37Feature request to export the theoretical peptides non-identified during the ...2020-12-17T10:43:15+01:00Aaron Millan-Oropezaaaron.millan-oropeza@inra.frFeature request to export the theoretical peptides non-identified during the interrogation# New Feature request
Export of the peptides **non-identified**
## Feature description
In a common identification step, we can observe the detected peptides-z in the export files of X!Tandempipeline C++. It will be very informative for ...# New Feature request
Export of the peptides **non-identified**
## Feature description
In a common identification step, we can observe the detected peptides-z in the export files of X!Tandempipeline C++. It will be very informative for other methods of quantification to have access to the **non-identified peptides** that are theoretically digested (in silico) **from the fasta database**.
## Feature position
I could be useful in the export tab section.
## Expected Result
A list (csv/txt file) of the non-identified peptides
Thanks :monkey_face:Renne ThomasRenne Thomashttps://forgemia.inra.fr/pappso/xtpcpp/-/issues/24setting psimod value for different amino acid with the same mass modification2020-12-15T18:38:02+01:00Thierry Balliausetting psimod value for different amino acid with the same mass modification# New Feature request
possibility to set different psi-mod for the same modification mass
## Feature description
currently the psi-mod option for setting spepcfique term to mass modification apply the psi mod for the mass without taking...# New Feature request
possibility to set different psi-mod for the same modification mass
## Feature description
currently the psi-mod option for setting spepcfique term to mass modification apply the psi mod for the mass without taking in account the amino acid
this result with some missunderstanding of the modification mass (for exemple the oxydation of amino acid is referred with the term specific of L-methionine sulfoxide even if the oxydatino is for another mass
## Feature position
i think it can be done on modifications editor with small modification The problem is for n-terminal modifications that can be tricky
## New Widget description
(*Optional, what the new widget should look like*)
## Expected Result
the expectetion is to put the good psi_mod term without using generic modificationsRenne ThomasRenne Thomashttps://forgemia.inra.fr/pappso/xtpcpp/-/issues/21implementation of filters for misscleavage number in result2020-03-20T09:24:15+01:00Thierry Balliauimplementation of filters for misscleavage number in result# New Feature request
## Feature description
The aim is to add the the possibility to filter result from xtandem based on the number of misscleavage observe in identified peptide sequence. The information is present in xtandem result on...# New Feature request
## Feature description
The aim is to add the the possibility to filter result from xtandem based on the number of misscleavage observe in identified peptide sequence. The information is present in xtandem result on the domain tag
## Feature position
the best place is on filter tab
## Expected Result
a box to fix the maximum number of misscleavage allowedhttps://forgemia.inra.fr/pappso/xtpcpp/-/issues/20fdr value is calculate in combine mode for individual mode2020-04-07T09:43:35+02:00Thierry Balliaufdr value is calculate in combine mode for individual mode# Bug report
## Version of X!TandemPipeline
0.3.26
## Error message
no error show
## File used
/gorgone/pappso/moulon/users/thierry/20200316_sleiman_15/xtpoutput/20200316_sleiman_15.xpip
## Steps to reproduce
After loading the xpip...# Bug report
## Version of X!TandemPipeline
0.3.26
## Error message
no error show
## File used
/gorgone/pappso/moulon/users/thierry/20200316_sleiman_15/xtpoutput/20200316_sleiman_15.xpip
## Steps to reproduce
After loading the xpip files the same value of fdr is display for both samples. After export in ods files in groups sheet fdr values is different for each samples.
## What is the expected correct behavior?
fdr tab show true value in individual mode and change value for each samplehttps://forgemia.inra.fr/pappso/xtpcpp/-/issues/19negatif job count in condor View (very minor bug)2020-12-15T18:38:35+01:00Thierry Balliaunegatif job count in condor View (very minor bug)# Bug report
## Version of X!TandemPipeline
0.3.6
## Error message
no error show
## File used
/gorgone/pappso/moulon/users/thierry/reinterro_jamet_semi_tryptique/brachipodium/mzxml/*
## Steps to reproduce
during interrogation proces...# Bug report
## Version of X!TandemPipeline
0.3.6
## Error message
no error show
## File used
/gorgone/pappso/moulon/users/thierry/reinterro_jamet_semi_tryptique/brachipodium/mzxml/*
## Steps to reproduce
during interrogation process launch with condor, some value are negative (see screenshot for example)
## What is the expected correct behavior?
Display correct value
## Optional
### Relevant logs and/or screenshots
![bug_xtp](/uploads/fd05f7dff435367c1cd413d1e772ce27/bug_xtp.JPG)
### Possible fixes
probably a problem of initialisation valueRenne ThomasRenne Thomashttps://forgemia.inra.fr/pappso/xtpcpp/-/issues/150.3.3 Improve XIC window2020-02-07T18:55:17+01:00Marlene Davanture0.3.3 Improve XIC windowfenêtre XIC viewer/ bouton [Edit] = fenêtre Edit Parameters.
Ajouter dans la fenêtre Edit Parameters des XIC, le champ "ni_min_abundance" avec en valeur par défaut à 0.8, min à 0 et max 1 avec un pas de 0.1.fenêtre XIC viewer/ bouton [Edit] = fenêtre Edit Parameters.
Ajouter dans la fenêtre Edit Parameters des XIC, le champ "ni_min_abundance" avec en valeur par défaut à 0.8, min à 0 et max 1 avec un pas de 0.1.Renne ThomasRenne Thomashttps://forgemia.inra.fr/pappso/xtpcpp/-/issues/60.2.40_possiblité d'enlever un fichier xml dun jeu de donnée2019-12-17T15:47:16+01:00Thierry Balliau0.2.40_possiblité d'enlever un fichier xml dun jeu de donnéeil serait interessant de pouvoir enlever des fichier xml apres chargement de ceux ci. En effet lorsqu'on rouvre un fichier xpip on peut modifier les filtre mais pas enlever d'échantillon. Hors il arrive de vouloir supprimer des échantill...il serait interessant de pouvoir enlever des fichier xml apres chargement de ceux ci. En effet lorsqu'on rouvre un fichier xpip on peut modifier les filtre mais pas enlever d'échantillon. Hors il arrive de vouloir supprimer des échantillons d'un jeu de données (blanc, bulk, ...).
ca serait bien aussi de pouvoir en rajouter mais je ne sais pas si ce serait aussi simple.