MassChroQ issueshttps://forgemia.inra.fr/pappso/masschroq/-/issues2022-12-08T09:00:13+01:00https://forgemia.inra.fr/pappso/masschroq/-/issues/18Strange quantification value for tims tof data2022-12-08T09:00:13+01:00Thierry BalliauStrange quantification value for tims tof dataJ'ai observer des données quantitative tres etrange dans une manip de tims tof
les aires retourner par masschroq sont tres faible (1,16) alors que le XIC est propre en visualisation par masschroq.
j'ai extrait les ligne ne question da...J'ai observer des données quantitative tres etrange dans une manip de tims tof
les aires retourner par masschroq sont tres faible (1,16) alors que le XIC est propre en visualisation par masschroq.
j'ai extrait les ligne ne question dans le fichier de sortie de masschroq avec la commande suivante
`cat peptides_q1_All_samples.tsv| grep "ALLDDPVFRPLVEK" > verif_pepc220a1.tsv`
les fichier d'origines sont disponible dans le repertoire
/gorgone/pappso/moulon/users/Marlene/20221123_Balazadeh_41/masschroq/result_20221123_Balazadeh_41.d
le masschroqml se trouve dans le repertoire
/gorgone/pappso/moulon/users/Marlene/20221123_Balazadeh_41/masschroq
je joins une extraction du signal pour le peptide en question via i2masschroq avec d'autre msrun
le msrun impacte est le
/gorgone/pappso/moulon/raw/20221123_Balazadeh_41/11-26-2022_20221123_Balazadeh_41_BULK03_1_4129.d
![XIC_brute_pepc220a1](/uploads/9552d601250a9b438e80c84e754352f3/XIC_brute_pepc220a1.png)
les pic sont plutot joli et bien defini et ne devrai pas poser de probleme a l'extraction et les rt sont tres semblable pour l'ensemble des fichiers
Ce que je ne comprends pas c'est pourquoi on arrive a avoir une valeur si faible alors que le threshold est superieur.Langella OlivierLangella Olivierhttps://forgemia.inra.fr/pappso/masschroq/-/issues/9Uniformisation du nom des fichiers dans les données de sortie2021-09-23T16:50:29+02:00BIENVENUT WillyUniformisation du nom des fichiers dans les données de sortieBonjour,
Serait-il possible d'avoir une uniformité dans l'identification des fichiers sources au niveau des différentes sorties...
Par exemple, si les fichiers raw initiaux sont par exemples
20201126_WIB_Zm_F6_15N_terre_t1-1.xml et 2020...Bonjour,
Serait-il possible d'avoir une uniformité dans l'identification des fichiers sources au niveau des différentes sorties...
Par exemple, si les fichiers raw initiaux sont par exemples
20201126_WIB_Zm_F6_15N_terre_t1-1.xml et 20201126_WIB_Zm_F6_15N_terre_t1-2.xml
Ils deviennent identa0 et identa1 au niveau de la colonne "Indentification Run ID)
Mais lors de l'export des peptide trace (par exemples) cela devient msruna1 et msruna2
Serait-il donc possible d'avoir une seule façon d'identifier le fichier d'origine à tous les niveaux si l'on ne conserve pas le nom complet d'origine. J'ai personnellement une préférence pour msruna1, msruna2...
Merci
WillyLangella OlivierLangella Olivierhttps://forgemia.inra.fr/pappso/masschroq/-/issues/6amelioration du fichier Informations2022-04-25T11:35:38+02:00Thierry Balliauamelioration du fichier Informationspour mieux tracer ce qu'on fait est qu'il serait possible d'ajouter les parametres utilisés das masschroq dans le fichier masschroq information
le fichier pourrait etre sous forme de fichier tabulés
* champ \t valeur
* ms2_tendency_halfw...pour mieux tracer ce qu'on fait est qu'il serait possible d'ajouter les parametres utilisés das masschroq dans le fichier masschroq information
le fichier pourrait etre sous forme de fichier tabulés
* champ \t valeur
* ms2_tendency_halfwindow \t 10
* ms2_smoothing_halfwindow \t 15
* ms1_smoothing_halfwindow \t 0
* ppm_range min \t 10
* ppm range max \t 10
* anti_spike half \t 5
* mean_filter_half_edge \t 2
* minmax_half_edge \t 4
* maxmin_half_edge \t 3
* detection_threshold_on_max \t 50000
* detection_threshold_on_min \t 30000
* mode \t post_matching
* ni_min_abundance \t 0.8
.....
il pourrait aussi etre interessant d'avoir la reference pour l'alignement
ET est qu'il serait aussi possible de changer le nom pour enelver les espaces.
Mon idée est de potentiellement utilsier ce fichier pour les rapport de resultat via scripting et il sera plus facile a lire si il n'y a pas d'espace
merciLangella OlivierLangella Olivierhttps://forgemia.inra.fr/pappso/masschroq/-/issues/4segmentation fault sur fichier fractionnement en condor2020-12-18T13:36:42+01:00Thierry Balliausegmentation fault sur fichier fractionnement en condorle fichier suivant `/gorgone/pappso/moulon/users/thierry/20201112_bourguignon_26_membrane/masschroq/20201130_bourguignon_26_membrane.masschroqml` provoque une fin en segmentation fault durant l'execution via condor avec les parametre sui...le fichier suivant `/gorgone/pappso/moulon/users/thierry/20201112_bourguignon_26_membrane/masschroq/20201130_bourguignon_26_membrane.masschroqml` provoque une fin en segmentation fault durant l'execution via condor avec les parametre suivant
```
masschroq-condor.pl -c 8 -m 20 20201130_bourguignon_26_membrane.masschroqml
```
pas d'erreur reporter dans le log d'erreur `tail -F /gorgone/pappso/tmp/temp_masschroq_condor_jobJrGi/`
mais mail avec segmentation fault mentionnéLangella OlivierLangella Olivierhttps://forgemia.inra.fr/pappso/masschroq/-/issues/3fix library path for the debian package2020-11-25T19:25:00+01:00Langella Olivierfix library path for the debian packageinternal MassChroQ shared library must be placed in :
`/usr/lib/<triplet>/masschroq/libmasschroq.so`
CMakeLists has to be modified.internal MassChroQ shared library must be placed in :
`/usr/lib/<triplet>/masschroq/libmasschroq.so`
CMakeLists has to be modified.Langella OlivierLangella Olivier